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- PDB-4wgl: Crystal structure of a GroEL D83A/R197A double mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wgl
タイトルCrystal structure of a GroEL D83A/R197A double mutant
要素60 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / chaperonin / protein folding (フォールディング)
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Yang, D. / Fei, X. / LaRonde, N.A. / Beckett, D. / Lund, P.A. / Lorimer, G.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a GroEL D83A/R197A double mutant
著者: Yang, D. / Fei, X. / LaRonde, N.A. / Beckett, D. / Lund, P.A. / Lorimer, G.H.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin
C: 60 kDa chaperonin
D: 60 kDa chaperonin
E: 60 kDa chaperonin
F: 60 kDa chaperonin
G: 60 kDa chaperonin
H: 60 kDa chaperonin
I: 60 kDa chaperonin
J: 60 kDa chaperonin
K: 60 kDa chaperonin
L: 60 kDa chaperonin
M: 60 kDa chaperonin
N: 60 kDa chaperonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)801,66214
ポリマ-801,66214
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47720 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area291350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.619, 259.710, 280.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
60 kDa chaperonin / GroEL protein / Protein Cpn60


分子量: 57261.578 Da / 分子数: 14 / 変異: D83A, R197A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: groL, groEL, mopA, b4143, JW4103 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6F5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 25% PEG 3000, 0.1M acetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→190.68 Å / Num. obs: 174190 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.13→3.31 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1xck
解像度: 3.13→123.524 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 2003 1.15 %
Rwork0.1655 --
obs0.1663 174035 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→123.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53844 0 0 0 53844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00954236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22173248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.16820398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.13-3.20830.33071350.251812181X-RAY DIFFRACTION100
3.2083-3.2950.29591510.216812192X-RAY DIFFRACTION100
3.295-3.3920.27581280.20512221X-RAY DIFFRACTION100
3.392-3.50150.27821520.194812186X-RAY DIFFRACTION100
3.5015-3.62660.26371440.191912191X-RAY DIFFRACTION100
3.6266-3.77190.25531440.181612199X-RAY DIFFRACTION100
3.7719-3.94350.23921300.166712276X-RAY DIFFRACTION100
3.9435-4.15150.21671560.150512232X-RAY DIFFRACTION100
4.1515-4.41160.21741390.139312258X-RAY DIFFRACTION100
4.4116-4.75220.22051370.137412253X-RAY DIFFRACTION100
4.7522-5.23040.19591500.137612326X-RAY DIFFRACTION100
5.2304-5.98730.23471470.166712384X-RAY DIFFRACTION100
5.9873-7.54320.23451390.174212427X-RAY DIFFRACTION99
7.5432-123.62010.19851510.151412706X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11370.1496-0.01390.22850.02490.1121-0.04380.11770.1399-0.05810.08150.27840.0382-0.02230.04420.1570.03670.00170.1498-0.0641-0.088428.9363-0.30819.2409
20.0936-0.00820.01320.0649-0.00150.0440.0934-0.05690.0814-0.27720.07910.17430.2217-0.12030.00140.5631-0.0487-0.10250.49280.04950.327725.22473.4384-13.0104
30.08750.0213-0.11710.1391-0.07840.1845-0.0692-0.04980.0925-0.03980.006-0.08310.02130.069-0.08010.1618-0.0025-0.02630.181-0.00670.128137.93090.65118.5196
40.1131-0.02150.01850.1457-0.09580.12020.02840.11940.0543-0.0936-0.06460.026-0.01840.0229-0.05010.15270.01510.00260.1244-0.0330.138114.2595-30.686524.6269
50.2282-0.0598-0.20340.06710.02960.252-0.44530.20160.3229-0.12190.0624-0.0165-0.08190.2723-0.30010.3929-0.2334-0.21770.28930.06490.066719.2554-39.699-5.7967
60.11850.04580.02320.032-0.03980.11830.01920.03450.00540.013-0.01250.06290.10990.0928-0.0440.24670.0321-0.03860.221-0.01490.153120.755-41.415928.6754
70.1251-0.0466-0.11030.1211-0.01320.12850.08820.11830.0545-0.0742-0.04470.00120.05370.08810.13650.21020.006-0.08250.2048-0.04590.1423-21.3539-49.120420.197
80.04940.0083-0.02730.0274-0.00110.0108-0.12530.35880.3437-0.0412-0.07-0.09160.0345-0.2287-0.00010.63390.025-0.14970.93210.0940.8607-16.519-46.9343-11.4013
90.11630.0372-0.02640.06970.02490.0932-0.03450.0615-0.1730.0586-0.1161-0.060.0566-0.0575-0.35510.13310.0136-0.11030.1743-0.09420.0369-22.6703-57.935220.0577
100.04670.0417-0.06780.0887-0.05980.14480.04810.00980.0331-0.04580.11960.02410.04740.03590.11650.06280.0069-0.04670.0921-0.00910.1081-45.0716-19.600124.9485
110.0674-0.0482-0.01090.0631-0.00210.01880.02490.0221-0.0193-0.0708-0.0024-0.01160.08330.0337-0.01020.14090.0223-0.02680.2059-0.01640.0911-50.019-35.376126.384
120.0283-0.03870.03850.0354-0.04150.06270.20880.0426-0.0312-0.1956-0.1910.03230.134-0.0839-0.0010.63990.2073-0.06510.70810.07360.4027-56.9537-25.5892-1.9589
13-0.00190.00130.0070.0004-0.00070.00850.0729-0.02820.0289-0.00910.0621-0.04270.05180.03740.00011.13570.14930.0161.02090.04870.9653-39.3168-24.4651-2.9503
140.05060.01030.00970.02050.00220.0440.19560.04750.0234-0.1997-0.04120.074-0.04490.00940.00230.79810.3232-0.09950.96650.00190.3974-54.4524-35.6457-12.2129
150.0628-0.03160.03130.0572-0.00280.1827-0.01350.0121-0.1161-0.0247-0.06120.11790.1452-0.1401-0.12930.07440.0149-0.09460.1803-0.03630.1702-61.3693-31.118525.8348
160.06590.01170.00830.02440.0070.01870.03750.04470.09490.0079-0.0479-0.06030.01330.10180.03550.14630.0176-0.02820.202-0.00340.2229-49.54667.424825.1164
170.06730.08190.05140.3220.04510.0655-0.06990.0984-0.09620.02760.0186-0.37-0.08330.03350.12410.2521-0.02510.07820.42030.07960.4095-59.35859.0304-3.1174
180.12730.03340.16570.1130.0430.1523-0.1082-0.00560.13790.02740.1343-0.06850.0045-0.12310.0140.18590.010.00980.29380.04160.2611-65.712114.399720.7711
190.0378-0.00740.03090.08030.05580.14430.0690.1149-0.0664-0.0398-0.0401-0.0085-0.0455-0.12520.00810.2161-0.0061-0.0310.2404-0.00390.2849-31.006132.151625.5641
200.0572-0.0536-0.03250.03290.04160.0331-0.0632-0.00190.0828-0.02840.18660.113-0.04970.022200.6393-0.07560.03280.71660.14230.5649-31.470939.6531-6.6938
210.0722-0.01080.04630.03410.02170.1715-0.01530.0290.13540.0271-0.06360.017-0.1232-0.2189-0.11120.12810.0379-0.01060.08670.04730.2271-31.170546.407725.7713
220.0885-0.00290.06620.07790.00180.086-0.0027-0.039-0.069-0.08120.02540.0204-0.0465-0.04840.06880.1547-0.0037-0.03170.1584-0.02590.16963.375130.508124.8402
230.0155-0.01720.00620.0088-0.01880.02970.19990.1734-0.10330.0161-0.09650.24190.02260.0529-0.00010.56530.1809-0.02570.7548-0.01960.61718.862136.2276-8.1936
240.1369-0.04120.11170.0686-0.03420.1213-0.0454-0.02280.134-0.0946-0.0129-0.0969-0.1360.0025-0.03190.2054-0.0255-0.00690.2053-0.03040.256614.401839.562824.5952
250.0619-0.0101-0.03850.06380.0380.07780.0336-0.04070.06720.0313-0.0001-0.05520.0229-0.03340.05130.11660.0176-0.03850.12160.00770.1418-33.5942-39.631962.1276
260.06590.0099-0.07340.08190.02730.03270.0641-0.06340.00240.0781-0.00990.0250.08540.060400.406-0.0112-0.06950.42340.10130.3064-33.4793-47.209294.8162
270.1343-0.0314-0.07350.10790.01090.11150.07080.0119-0.0599-0.0135-0.10820.01920.0456-0.0407-0.09920.1429-0.0275-0.04760.12680.04980.1974-34.8663-53.822662.0166
280.0707-0.0248-0.01690.03610.02330.10740.0377-0.01510.0790.0374-0.0163-0.07210.0177-0.01720.02120.11420.0072-0.02590.13230.01340.16770.7004-40.374961.7727
290.07210.0743-0.0140.1228-0.0150.09570.12170.0270.4106-0.0034-0.02990.6382-0.16010.22310.14830.2395-0.1920.0329-0.0646-0.13830.75076.5828-41.743395.4703
300.0550.06560.01390.116-0.13840.06180.19430.3121-0.2073-0.0618-0.17130.09210.04490.0518-0.0210.0241-0.1424-0.0138-0.24020.06410.107310.0618-52.093471.3219
310.0534-0.01710.02860.185-0.01470.1257-0.06740.0088-0.02580.02720.09280.1161-0.03520.03360.17270.1628-0.00880.00060.1413-0.03280.09529.2466-12.149765.9761
320.0429-0.02930.00830.07540.03360.05560.0304-0.074-0.0523-0.0536-0.02880.1677-0.0886-0.04470.08880.5015-0.22230.10880.2409-0.18030.157425.457-13.879198.7956
330.22830.04030.05020.2656-0.06870.09480.00890.11060.08780.1635-0.00080.0353-0.03590.05970.07680.1036-0.0235-0.00750.02540.00980.037738.9001-14.991369.999
340.03340.0026-0.03080.0364-0.02820.01590.0523-0.04770.0482-0.0143-0.04470.1094-0.01770.0009-0.01620.193-0.0045-0.01680.1087-0.00230.187312.764618.966961.9512
350.2044-0.06590.07180.15490.1130.2211-0.2369-0.1021-0.2930.16910.27760.13850.01610.32430.06440.47210.31640.04650.102-0.04590.207923.969225.025492.1432
360.0875-0.08970.0720.07770.02850.0574-0.04970.0020.10110.06930.0095-0.04550.03730.0976-0.08570.1359-0.0166-0.01740.0743-0.04810.100625.754831.41266.1049
370.1732-0.01130.07940.0726-0.04990.07770.1010.0205-0.1440.0535-0.10710.0034-0.03630.0225-0.00830.1722-0.0343-0.00380.1134-0.01830.1717-17.045940.098967.1877
380.1197-0.0002-0.03930.09730.0050.0612-0.0442-0.1511-0.3034-0.01210.1476-0.19960.2022-0.19110.07030.4873-0.1509-0.03910.40120.05080.4741-12.036235.710497.3439
390.10970.09310.05350.11790.06880.05880.0488-0.1513-0.0723-0.0796-0.1157-0.05250.0328-0.0098-0.1186-0.0029-0.1715-0.0776-0.1889-0.13510.087-17.842448.748567.3532
400.06820.01270.03310.06720.0130.0673-0.0212-0.0249-0.03850.04950.0156-0.0791-0.08050.003-0.00960.2429-0.0249-0.01090.228-0.02970.301-45.032221.2562.4754
410.06630.001-0.04590.1190.00950.01250.225-0.2355-0.16910.1438-0.3073-0.0770.1151-0.0384-0.00390.5448-0.14740.01970.62120.16830.4619-51.674424.554695.8397
420.08130.0056-0.01290.0690.0460.1271-0.0530.02540.13440.1325-0.02090.1371-0.0781-0.0539-0.02740.21150.01820.04390.2172-0.00120.3516-58.500425.845162.7148
430.13480.00210.02150.08530.04960.1415-0.0482-0.13580.0531-0.03040.0212-0.052-0.0778-0.00590.00910.0952-0.0073-0.01840.08770.00150.1009-53.8787-11.957562.6271
440.1165-0.0721-0.07580.04580.05930.03890.19370.04830.04650.14740.088-0.30380.0649-0.08530.00390.53250.0078-0.06850.31040.01390.4091-58.7537-15.424995.5527
450.1273-0.004-0.04510.15180.02720.14-0.0566-0.025-0.0265-0.0566-0.0126-0.08250.0094-0.0277-0.19240.1281-0.0019-0.01020.1820.01270.1603-65.7958-19.558562.9244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 179 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 180 through 355 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 356 through 525 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 134 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 135 through 433 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 434 through 525 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 179 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 180 through 358 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 359 through 525 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 2 through 64 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 65 through 134 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 135 through 255 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 256 through 281 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 282 through 385 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 386 through 525 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 2 through 109 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 110 through 358 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 359 through 525 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 2 through 134 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 135 through 385 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 386 through 525 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 2 through 134 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 135 through 385 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 386 through 525 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 2 through 134 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 135 through 385 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 386 through 525 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'I' and (resid 2 through 134 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 135 through 338 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'I' and (resid 339 through 525 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'J' and (resid 2 through 179 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'J' and (resid 180 through 338 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'J' and (resid 339 through 525 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'K' and (resid 2 through 109 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'K' and (resid 110 through 358 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'K' and (resid 359 through 525 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'L' and (resid 2 through 179 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'L' and (resid 180 through 358 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'L' and (resid 359 through 525 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'M' and (resid 2 through 134 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'M' and (resid 135 through 385 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'M' and (resid 386 through 525 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'N' and (resid 2 through 134 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'N' and (resid 135 through 385 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'N' and (resid 386 through 525 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る