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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4w2e | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Elongation Factor 4 (EF4/LepA) bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / EF4 / LepA / Translation (翻訳) / elogation / acylated P-site tRNA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / translation elongation factor activity / positive regulation of translation / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding ...: / translation elongation factor activity / positive regulation of translation / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gagnon, M.G. / Lin, J. / Steitz, T.A. | |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of elongation factor 4 bound to a clockwise ratcheted ribosome. 著者: Gagnon, M.G. / Lin, J. / Bulkley, D. / Steitz, T.A. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4w2e.cif.gz | 3.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4w2e.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4w2e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/4w2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/4w2e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 6分子 ABxwav
#1: RNA鎖 | 分子量: 947895.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 | ||||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39494.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 | ||||
#33: RNA鎖 | 分子量: 24645.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phenylalanine tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 #34: RNA鎖 | | 分子量: 493652.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 #55: RNA鎖 | | 分子量: 5859.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT-Synthesized mRNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 DEFGHJKNOPQRSTUVWXYZ0123456789y
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#35: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371 |
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#36: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372 |
#37: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373 |
#38: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#39: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#40: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291 |
#41: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS |
#42: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374 |
#43: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#44: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376 |
#45: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#46: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377 |
#47: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS |
#48: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#50: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS |
#51: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#52: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#53: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380 |
#54: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
-非ポリマー , 6種, 1884分子
#57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | ChemComp-ZN / #59: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #60: 化合物 | ChemComp-PHE / | #61: 化合物 | ChemComp-GDP / | #62: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.89→49.94 Å / Num. all: 624922 / Num. obs: 583500 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.988 % / Biso Wilson estimate: 62.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 9.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.76 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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