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- PDB-4v9o: Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4v9o
タイトルControl of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • Elongation factor GEF-G
  • Viomycin
キーワードRibosome/antibiotic / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / ribosome (リボソーム) / RNA (リボ核酸) / EF-G (EF-G) / elongation / factor / GTP / GDPCP / viomycin / tRNA (転移RNA) / tranlocation / exit / peptidyl / 50S / 70S / 23S / ribosomal subunit (リボソーム) / Elongation factor G (EF-G) / Ribosome-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding ...ribosome disassembly / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain ...: / Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L10 / EF-G domain III/V-like / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Viomycin / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...Viomycin / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / EF-G / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Streptomyces (ストレプトマイセス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pulk, A. / Cate, J.H.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G.
著者: Pulk, A. / Cate, J.H.
履歴
登録2013年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4KIX, 4KIY, 4KIZ, 4KJ0, 4KJ1, 4KJ2, 4KJ3, 4KJ4
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22014年12月17日Group: Structure summary

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AB: 5S rRNA
AC: 50S ribosomal protein L2
AA: 23S rRNA
AD: 50S ribosomal protein L3
AE: 50S ribosomal protein L4
AF: 50S ribosomal protein L5
AG: 50S ribosomal protein L6
AH: 50S ribosomal protein L9
AI: 50S ribosomal protein L11
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A0: 50S ribosomal protein L32
A1: 50S ribosomal protein L33
A2: 50S ribosomal protein L34
A3: 50S ribosomal protein L35
A4: 50S ribosomal protein L36
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BU: 30S ribosomal protein S21
BV: Elongation factor G
BW: Viomycin
CB: 5S rRNA
CA: 23S rRNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
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CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CI: 50S ribosomal protein L11
CJ: 50S ribosomal protein L13
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CL: 50S ribosomal protein L15
CM: 50S ribosomal protein L16
CN: 50S ribosomal protein L17
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CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
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CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C0: 50S ribosomal protein L32
C1: 50S ribosomal protein L33
C2: 50S ribosomal protein L34
C3: 50S ribosomal protein L35
C4: 50S ribosomal protein L36
C5: 50S ribosomal protein L10
DA: 16S rRNA
DB: 30S ribosomal protein S2
DC: 30S ribosomal protein S3
DD: 30S ribosomal protein S4
DE: 30S ribosomal protein S5
DF: 30S ribosomal protein S6
DG: 30S ribosomal protein S7
DH: 30S ribosomal protein S8
DI: 30S ribosomal protein S9
DJ: 30S ribosomal protein S10
DK: 30S ribosomal protein S11
DL: 30S ribosomal protein S12
DM: 30S ribosomal protein S13
DN: 30S ribosomal protein S14
DO: 30S ribosomal protein S15
DP: 30S ribosomal protein S16
DQ: 30S ribosomal protein S17
DR: 30S ribosomal protein S18
DS: 30S ribosomal protein S19
DT: 30S ribosomal protein S20
DU: 30S ribosomal protein S21
DV: Elongation factor G
DW: Viomycin
EA: 23S rRNA
EB: 5S rRNA
EC: 50S ribosomal protein L2
ED: 50S ribosomal protein L3
EE: 50S ribosomal protein L4
EF: 50S ribosomal protein L5
EG: 50S ribosomal protein L6
EH: 50S ribosomal protein L9
EI: 50S ribosomal protein L11
EJ: 50S ribosomal protein L13
EK: 50S ribosomal protein L14
EL: 50S ribosomal protein L15
EM: 50S ribosomal protein L16
EN: 50S ribosomal protein L17
EO: 50S ribosomal protein L18
EP: 50S ribosomal protein L19
EQ: 50S ribosomal protein L20
ER: 50S ribosomal protein L21
ES: 50S ribosomal protein L22
ET: 50S ribosomal protein L23
EU: 50S ribosomal protein L24
EV: 50S ribosomal protein L25
EW: 50S ribosomal protein L27
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EZ: 50S ribosomal protein L30
E0: 50S ribosomal protein L32
E1: 50S ribosomal protein L33
E2: 50S ribosomal protein L34
E3: 50S ribosomal protein L35
E4: 50S ribosomal protein L36
E5: 50S ribosomal protein L10
FA: 16S rRNA
FB: 30S ribosomal protein S2
FC: 30S ribosomal protein S3
FD: 30S ribosomal protein S4
FE: 30S ribosomal protein S5
FF: 30S ribosomal protein S6
FG: 30S ribosomal protein S7
FH: 30S ribosomal protein S8
FI: 30S ribosomal protein S9
FJ: 30S ribosomal protein S10
FK: 30S ribosomal protein S11
FL: 30S ribosomal protein S12
FM: 30S ribosomal protein S13
FN: 30S ribosomal protein S14
FO: 30S ribosomal protein S15
FP: 30S ribosomal protein S16
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FR: 30S ribosomal protein S18
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FT: 30S ribosomal protein S20
FU: 30S ribosomal protein S21
FV: Elongation factor G
FW: Viomycin
GB: 5S rRNA
GA: 23S rRNA
GC: 50S ribosomal protein L2
GD: 50S ribosomal protein L3
GE: 50S ribosomal protein L4
GF: 50S ribosomal protein L5
GG: 50S ribosomal protein L6
GH: 50S ribosomal protein L9
GI: 50S ribosomal protein L11
GJ: 50S ribosomal protein L13
GK: 50S ribosomal protein L14
GL: 50S ribosomal protein L15
GM: 50S ribosomal protein L16
GN: 50S ribosomal protein L17
GO: 50S ribosomal protein L18
GP: 50S ribosomal protein L19
GQ: 50S ribosomal protein L20
GR: 50S ribosomal protein L21
GS: 50S ribosomal protein L22
GT: 50S ribosomal protein L23
GU: 50S ribosomal protein L24
GV: 50S ribosomal protein L25
GW: 50S ribosomal protein L27
GX: 50S ribosomal protein L28
GY: 50S ribosomal protein L29
GZ: 50S ribosomal protein L30
G0: 50S ribosomal protein L32
G1: 50S ribosomal protein L33
G2: 50S ribosomal protein L34
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G4: 50S ribosomal protein L36
HA: 16S rRNA
HB: 30S ribosomal protein S2
HC: 30S ribosomal protein S3
HD: 30S ribosomal protein S4
HE: 30S ribosomal protein S5
HF: 30S ribosomal protein S6
HG: 30S ribosomal protein S7
HH: 30S ribosomal protein S8
HI: 30S ribosomal protein S9
HJ: 30S ribosomal protein S10
HK: 30S ribosomal protein S11
HL: 30S ribosomal protein S12
HM: 30S ribosomal protein S13
HN: 30S ribosomal protein S14
HO: 30S ribosomal protein S15
HP: 30S ribosomal protein S16
HQ: 30S ribosomal protein S17
HR: 30S ribosomal protein S18
HS: 30S ribosomal protein S19
HT: 30S ribosomal protein S20
HU: 30S ribosomal protein S21
HV: Elongation factor G
HW: Viomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,946,539976
ポリマ－8,926,012220
非ポリマー20,527756
水62,6203476
1
AB: 5S rRNA
AC: 50S ribosomal protein L2
AA: 23S rRNA
AD: 50S ribosomal protein L3
AE: 50S ribosomal protein L4
AF: 50S ribosomal protein L5
AG: 50S ribosomal protein L6
AH: 50S ribosomal protein L9
AI: 50S ribosomal protein L11
AJ: 50S ribosomal protein L13
AK: 50S ribosomal protein L14
AL: 50S ribosomal protein L15
AM: 50S ribosomal protein L16
AN: 50S ribosomal protein L17
AO: 50S ribosomal protein L18
AP: 50S ribosomal protein L19
AQ: 50S ribosomal protein L20
AR: 50S ribosomal protein L21
AS: 50S ribosomal protein L22
AT: 50S ribosomal protein L23
AU: 50S ribosomal protein L24
AV: 50S ribosomal protein L25
AW: 50S ribosomal protein L27
AX: 50S ribosomal protein L28
AY: 50S ribosomal protein L29
AZ: 50S ribosomal protein L30
A0: 50S ribosomal protein L32
A1: 50S ribosomal protein L33
A2: 50S ribosomal protein L34
A3: 50S ribosomal protein L35
A4: 50S ribosomal protein L36
A5: 50S ribosomal protein L10
A6: 50S ribosomal protein L7/L12
BB: 30S ribosomal protein S2
BA: 16S rRNA
BC: 30S ribosomal protein S3
BD: 30S ribosomal protein S4
BE: 30S ribosomal protein S5
BF: 30S ribosomal protein S6
BG: 30S ribosomal protein S7
BH: 30S ribosomal protein S8
BI: 30S ribosomal protein S9
BJ: 30S ribosomal protein S10
BK: 30S ribosomal protein S11
BL: 30S ribosomal protein S12
BM: 30S ribosomal protein S13
BN: 30S ribosomal protein S14
BO: 30S ribosomal protein S15
BP: 30S ribosomal protein S16
BQ: 30S ribosomal protein S17
BR: 30S ribosomal protein S18
BS: 30S ribosomal protein S19
BT: 30S ribosomal protein S20
BU: 30S ribosomal protein S21
BV: Elongation factor G
BW: Viomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,250,301245
ポリマ－2,245,16956
非ポリマー5,132189
水37821
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CB: 5S rRNA
CA: 23S rRNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
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CP: 50S ribosomal protein L19
CQ: 50S ribosomal protein L20
CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C0: 50S ribosomal protein L32
C1: 50S ribosomal protein L33
C2: 50S ribosomal protein L34
C3: 50S ribosomal protein L35
C4: 50S ribosomal protein L36
C5: 50S ribosomal protein L10
DA: 16S rRNA
DB: 30S ribosomal protein S2
DC: 30S ribosomal protein S3
DD: 30S ribosomal protein S4
DE: 30S ribosomal protein S5
DF: 30S ribosomal protein S6
DG: 30S ribosomal protein S7
DH: 30S ribosomal protein S8
DI: 30S ribosomal protein S9
DJ: 30S ribosomal protein S10
DK: 30S ribosomal protein S11
DL: 30S ribosomal protein S12
DM: 30S ribosomal protein S13
DN: 30S ribosomal protein S14
DO: 30S ribosomal protein S15
DP: 30S ribosomal protein S16
DQ: 30S ribosomal protein S17
DR: 30S ribosomal protein S18
DS: 30S ribosomal protein S19
DT: 30S ribosomal protein S20
DU: 30S ribosomal protein S21
DV: Elongation factor G
DW: Viomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,237,992244
ポリマ－2,232,86055
非ポリマー5,132189
水50428
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
EA: 23S rRNA
EB: 5S rRNA
EC: 50S ribosomal protein L2
ED: 50S ribosomal protein L3
EE: 50S ribosomal protein L4
EF: 50S ribosomal protein L5
EG: 50S ribosomal protein L6
EH: 50S ribosomal protein L9
EI: 50S ribosomal protein L11
EJ: 50S ribosomal protein L13
EK: 50S ribosomal protein L14
EL: 50S ribosomal protein L15
EM: 50S ribosomal protein L16
EN: 50S ribosomal protein L17
EO: 50S ribosomal protein L18
EP: 50S ribosomal protein L19
EQ: 50S ribosomal protein L20
ER: 50S ribosomal protein L21
ES: 50S ribosomal protein L22
ET: 50S ribosomal protein L23
EU: 50S ribosomal protein L24
EV: 50S ribosomal protein L25
EW: 50S ribosomal protein L27
EX: 50S ribosomal protein L28
EY: 50S ribosomal protein L29
EZ: 50S ribosomal protein L30
E0: 50S ribosomal protein L32
E1: 50S ribosomal protein L33
E2: 50S ribosomal protein L34
E3: 50S ribosomal protein L35
E4: 50S ribosomal protein L36
E5: 50S ribosomal protein L10
FA: 16S rRNA
FB: 30S ribosomal protein S2
FC: 30S ribosomal protein S3
FD: 30S ribosomal protein S4
FE: 30S ribosomal protein S5
FF: 30S ribosomal protein S6
FG: 30S ribosomal protein S7
FH: 30S ribosomal protein S8
FI: 30S ribosomal protein S9
FJ: 30S ribosomal protein S10
FK: 30S ribosomal protein S11
FL: 30S ribosomal protein S12
FM: 30S ribosomal protein S13
FN: 30S ribosomal protein S14
FO: 30S ribosomal protein S15
FP: 30S ribosomal protein S16
FQ: 30S ribosomal protein S17
FR: 30S ribosomal protein S18
FS: 30S ribosomal protein S19
FT: 30S ribosomal protein S20
FU: 30S ribosomal protein S21
FV: Elongation factor G
FW: Viomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,237,992244
ポリマ－2,232,86055
非ポリマー5,132189
水37821
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
GB: 5S rRNA
GA: 23S rRNA
GC: 50S ribosomal protein L2
GD: 50S ribosomal protein L3
GE: 50S ribosomal protein L4
GF: 50S ribosomal protein L5
GG: 50S ribosomal protein L6
GH: 50S ribosomal protein L9
GI: 50S ribosomal protein L11
GJ: 50S ribosomal protein L13
GK: 50S ribosomal protein L14
GL: 50S ribosomal protein L15
GM: 50S ribosomal protein L16
GN: 50S ribosomal protein L17
GO: 50S ribosomal protein L18
GP: 50S ribosomal protein L19
GQ: 50S ribosomal protein L20
GR: 50S ribosomal protein L21
GS: 50S ribosomal protein L22
GT: 50S ribosomal protein L23
GU: 50S ribosomal protein L24
GV: 50S ribosomal protein L25
GW: 50S ribosomal protein L27
GX: 50S ribosomal protein L28
GY: 50S ribosomal protein L29
GZ: 50S ribosomal protein L30
G0: 50S ribosomal protein L32
G1: 50S ribosomal protein L33
G2: 50S ribosomal protein L34
G3: 50S ribosomal protein L35
G4: 50S ribosomal protein L36
HA: 16S rRNA
HB: 30S ribosomal protein S2
HC: 30S ribosomal protein S3
HD: 30S ribosomal protein S4
HE: 30S ribosomal protein S5
HF: 30S ribosomal protein S6
HG: 30S ribosomal protein S7
HH: 30S ribosomal protein S8
HI: 30S ribosomal protein S9
HJ: 30S ribosomal protein S10
HK: 30S ribosomal protein S11
HL: 30S ribosomal protein S12
HM: 30S ribosomal protein S13
HN: 30S ribosomal protein S14
HO: 30S ribosomal protein S15
HP: 30S ribosomal protein S16
HQ: 30S ribosomal protein S17
HR: 30S ribosomal protein S18
HS: 30S ribosomal protein S19
HT: 30S ribosomal protein S20
HU: 30S ribosomal protein S21
HV: Elongation factor G
HW: Viomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,220,255243
ポリマ－2,215,12354
非ポリマー5,132189
水41423
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)361.6, 361.77, 433.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 103.566, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 12分子 ABCBEBGBAACAEAGABADAFAHA

#1: RNA鎖
5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: AP012306.1
#3: RNA鎖
23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: AP012306.1
#35: RNA鎖
16S rRNA /


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: GenBank: AP012306.1

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 120分子 ACCCECGCADCDEDGDAECEEEGEAFCFEFGFAGCGEGGGAHCHEHGHAICIEIGIAJCJ...

#2: タンパク質
50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60422
#4: タンパク質
50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60438
#5: タンパク質
50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60723
#6: タンパク質
50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P62399
#7: タンパク質
50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG55
#8: タンパク質・ペプチド
50S ribosomal protein L9 /


分子量: 5467.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: truncated C-terminal domain expressing peptide 1-50 residues
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpll / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#9: タンパク質
50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7J7
#10: タンパク質
50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AA10
#11: タンパク質
50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADY3
#12: タンパク質
50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P02413
#13: タンパク質
50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADY7
#14: タンパク質
50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG44
#15: タンパク質
50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0C018
#16: タンパク質
50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7K6
#17: タンパク質
50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L3
#18: タンパク質
50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG48
#19: タンパク質
50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P61175
#20: タンパク質
50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#21: タンパク質
50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60624
#22: タンパク質
50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P68919
#23: タンパク質
50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L8
#24: タンパク質
50S ribosomal protein L28 /


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7M2
#25: タンパク質
50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7M6
#26: タンパク質
50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG51
#27: タンパク質
50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7N4
#28: タンパク質
50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7N9
#29: タンパク質・ペプチド
50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7P5
#30: タンパク質
50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#31: タンパク質・ペプチド
50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L10 /


分子量: 17736.596 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7J3
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L7/L12 / リボソーム


分子量: 12309.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7K2

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 80分子 BBDBFBHBBCDCFCHCBDDDFDHDBEDEFEHEBFDFFFHFBGDGFGHGBHDHFHHHBIDI...

#34: タンパク質
30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7V0
#36: タンパク質
30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7V3
#37: タンパク質
30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7V8
#38: タンパク質
30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7W1
#39: タンパク質
30S ribosomal protein S6 /


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P02358
#40: タンパク質
30S ribosomal protein S7 /


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P02359
#41: タンパク質
30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7W7
#42: タンパク質
30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7X3
#43: タンパク質
30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7R5
#44: タンパク質
30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7R9
#45: タンパク質
30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7S3
#46: タンパク質
30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7S9
#47: タンパク質
30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0AG59
#48: タンパク質
30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#49: タンパク質
30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7T3
#50: タンパク質
30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0AG63
#51: タンパク質
30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7T7
#52: タンパク質
30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7U3
#53: タンパク質
30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7U7
#54: タンパク質
30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P68679

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 BVDVFVHVBWDWFWHW

#55: タンパク質
Elongation factor G / EF-G


分子量: 77676.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: fusA / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6M8
#56: タンパク質・ペプチド
Viomycin / /


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 703.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces (ストレプトマイセス属)
参照: NOR: NOR00633, Viomycin

-
非ポリマー , 4種, 4232分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物
ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#60: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 20

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.0960.14
2
3
4
5
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911マイクロバッチ法6.5PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2912マイクロバッチ法6.5PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2913マイクロバッチ法6.5PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2914マイクロバッチ法6.5PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2915マイクロバッチ法6.5PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.1
シンクロトロンALS 12.3.121.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年12月3日
ADSC QUANTUM 3152CCD2012年11月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→70 Å / Num. obs: 1874109 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(F): 0.84 / Observed criterion σ(I): 0.84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→70 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.89 / σ(F): 0.52
詳細: Zero B values occur for some waters due to scaling from the use of bulk solvent correction in the refinement
Rfactor反射数
Rfree0.2715 8386
Rwork0.2226 -
all-2379999
obs-1874109
原子変位パラメータBiso max: 145.13 Å2 / Biso mean: 19.6361 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26752 63803 144 660 91359

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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