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- PDB-4v4r: Crystal structure of the whole ribosomal complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4r
タイトルCrystal structure of the whole ribosomal complex.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5'-R(*AP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*AP*U)-3'
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • E-site tRNA (Phe)
  • P-site tRNA (Phe)
  • Peptide chain release factor 1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / release factor (翻訳終結因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム ...translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 1 / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Ribosomal protein L24e / Peptide chain release factor class I ...Peptide chain release factor 1 / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Ribosomal protein L24e / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS14 ...: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Peptide chain release factor 1 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Petry, S. / Brodersen, D.E. / Murphy IV, F.V. / Dunham, C.M. / Selmer, M. / Tarry, M.J. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of the Ribosome in Complex with Release Factors RF1 and RF2 Bound to a Cognate Stop Codon.
著者: Petry, S. / Brodersen, D.E. / Murphy IV, F.V. / Dunham, C.M. / Selmer, M. / Tarry, M.J. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V.
履歴
登録2005年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2B64, 2B66
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 400COMPOUND THIS FILE, 2B64, CONTAINS THE 30S SUBUNIT, TRNAS, MRNA AND RELEASE FACTOR RF1 FROM A ...COMPOUND THIS FILE, 2B64, CONTAINS THE 30S SUBUNIT, TRNAS, MRNA AND RELEASE FACTOR RF1 FROM A CRYSTAL STRUCTURE OF THE WHOLE RIBOSOMAL COMPLEX". THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS ONE 70S RIBOSOME, TRNAS, MRNA AND RELEASE FACTOR RF1 AND ARE DEPOSITED UNDER 2B64 AND 2B66.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
AV: P-site tRNA (Phe)
AW: E-site tRNA (Phe)
AX: 5'-R(*AP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*AP*U)-3'
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein Thx
AY: Peptide chain release factor 1
BB: 5S ribosomal RNA
BA: 23S ribosomal RNA
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BI: 50S ribosomal protein L9
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein 24
BZ: 50S ribosomal protein CTC
BR: 50S ribosomal protein L17
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
B2: 50S ribosomal protein L29
B3: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L27
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
B9: 50S ribosomal protein L36
BK: 50S ribosomal protein L11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,277,81256
ポリマ－2,277,81256
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)518.993, 518.993, 365.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 AAAVAWAXBBBA

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 155076
#2: RNA鎖 P-site tRNA (Phe)


分子量: 24518.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBs tRNAPhe / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS 174
#3: RNA鎖 E-site tRNA (Phe)


分子量: 24743.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBs tRNAPhe / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS 174
#4: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*AP*U)-3'


分子量: 5703.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized and gel-purified (Dharmacon)
#26: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 48271
#27: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 948280.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 48268

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#5: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / / TS9


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P62669, UniProt: P80374*PLUS
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 55981666, UniProt: Q5SHN3*PLUS
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P24321, UniProt: P0DOY7*PLUS
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80382, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P62661, UniProt: P80380*PLUS
#24: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / リボソーム


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P62612, UniProt: Q5SIH3*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AY

#25: タンパク質 Peptide chain release factor 1 / RF-1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 40153.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 遺伝子: prfA / プラスミド: pET42bTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96077

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 BDBEBFBGBHBIBNBOBPBQBSBTBWBXBYBZBRBUBVB2B3B0B4B5B6B7B8B9BK

#28: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 18652.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5L3Z4*PLUS
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 37412.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P20279*PLUS
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 26443.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P12735*PLUS
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P14124*PLUS
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19202.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5L408*PLUS
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 16341.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P02417*PLUS
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P29198*PLUS
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13369.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5L413*PLUS
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P12737*PLUS
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15313.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P14123*PLUS
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P14116*PLUS
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P48286, UniProt: Q5SHP3*PLUS
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P12732*PLUS
#42: タンパク質 50S ribosomal protein 24 / リボソーム


分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P10972*PLUS
#43: タンパク質 50S ribosomal protein CTC / リボソーム


分子量: 27004.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RX88*PLUS
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9Z9H5
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13991.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RSW7*PLUS
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RY64*PLUS
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P10971*PLUS
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P74909, UniProt: Q5SHQ6*PLUS
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RY65*PLUS
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 8597.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RW44*PLUS
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P49228*PLUS
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 9294.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RSS4*PLUS
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RSH2*PLUS
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7261.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RSW6*PLUS
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4265.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9RSK0*PLUS
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 15111.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P29395*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG20K11
2MES11
3magnesium acetate11
4potassium chloride11
5ammonium chloride11
6H2O11
7PEG20K12
8magnesium acetate12
9potassium chloride12
10ammonium chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97889 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月18日
放射モノクロメーター: Khozu monochromator with a McLennon controller containing a LN2 cooled Si111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.9→100 Å / Num. obs: 149562 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 5.9→6.2 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 14940 / Rsym value: 0.831 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J5E, 1NKW

1j5e

1nkw


解像度: 5.9→40 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THIS IS A LOW RESOLUTION STRUCTURE OBTAINED BY USING A MOLECULAR REPLACEMENT MODEL. THE STRUCTURE IS DEPOSITED AS AN ALL-ATOM MODEL ONLY SO THAT OUR REFINEMENT PROCEDURE AND MAPS CAN BE ...詳細: THIS IS A LOW RESOLUTION STRUCTURE OBTAINED BY USING A MOLECULAR REPLACEMENT MODEL. THE STRUCTURE IS DEPOSITED AS AN ALL-ATOM MODEL ONLY SO THAT OUR REFINEMENT PROCEDURE AND MAPS CAN BE REPLICATED. THE CONFORMATION OF INDIVIDUAL ATOMS OR SIDE CHAINS, THE REGISTRY OF THE RESIDUES ALONG THE CHAIN, OR EVEN THE DETAILED PATH OF MAIN CHAINS CANNOT BE ASCERTAINED AT THIS RESOLUTION. Chain AX contains only P atoms and chain AY contains only CA atoms. Some residues are not within link distance. Some C-N distances are more than 2 A and O3*-P distances are more than 3A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.371 6319 -random
Rwork0.351 ---
all0.353 126629 --
obs0.353 120342 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 249.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error1.4 Å1.19 Å
Luzzati d res low-15 Å
Luzzati sigma a1.18 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19564 35947 0 0 55511
LS精密化 シェル解像度: 5.9→5.94 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 787 5.3 %
Rwork0.367 2325 -
obs--95.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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