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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4upf | ||||||
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タイトル | Assembly principles of the unique cage formed by the ATPase RavA hexamer and the lysine decarboxylase LdcI decamer | ||||||
要素 |
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キーワード | LYASE/HYDROLASE / LYASE-HYDROLASE COMPLEX / LYSINE DECARBOXYLASE / AAA+ ATPASE / ACID STRESS RESPONSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine decarboxylase / lysine catabolic process / lysine decarboxylase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / guanosine tetraphosphate binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MG1655 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, D | ||||||
データ登録者 | Malet, H. / Liu, K. / El Bakkouri, M. / Chan, S.W.S. / Effantin, G. / Bacia, M. / Houry, W.A. / Gutsche, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Assembly principles of a unique cage formed by hexameric and decameric E. coli proteins. 著者: Hélène Malet / Kaiyin Liu / Majida El Bakkouri / Sze Wah Samuel Chan / Gregory Effantin / Maria Bacia / Walid A Houry / Irina Gutsche / 要旨: A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is ...A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is reconstructed by cryo-electron microscopy to 11 Å resolution. Combined with a 7.5 Å resolution reconstruction of the minimal complex between LdcI and the LdcI-binding domain of RavA, and the previously solved crystal structures of the individual components, this work enables to build a reliable pseudoatomic model of this unusual architecture and to identify conformational rearrangements and specific elements essential for complex formation. The design of the cage created via lateral interactions between five RavA rings is unique for the diverse AAA+ ATPase superfamily. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4upf.cif.gz | 41.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4upf.ent.gz | 21.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4upf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4upf_validation.pdf.gz | 755.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4upf_full_validation.pdf.gz | 754.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4upf_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4upf_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/4upf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/4upf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81357.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MG1655 (大腸菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): CF1693 SOURCE 7 / 参照: UniProt: P0A9H3, lysine decarboxylase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12619.461 Da / 分子数: 1 / Fragment: LARA DOMAIN RESIDUES 329-440 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MG1655 (大腸菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD PLYSS / 参照: UniProt: P31473, EC: 3.6.3.1 |
配列の詳細 | THE LARA DOMAIN (FROM GLN329 TO GLU440) WAS PCR AMPLIFIED FROM THE P11-RAVA PLASMID. THE PCR ...THE LARA DOMAIN (FROM GLN329 TO GLU440) WAS PCR AMPLIFIED FROM THE P11-RAVA PLASMID. THE PCR PRODUCT WAS DIGESTED WITH NDEI AND BAMHI (NEB) AND LIGATED INTO AN EMPTY P11 VECTOR TO PRODUCE P11-LARA. THE RESULTING CONSTRUCT HAS AN N-TERMINAL HIS6-TAG FOLLOWED BY A TOBACCO ETCH VIRUS (TEV) CUT SITE THAT LEAVES THE THREE RESIDUES GHM AT THE TERMINUS OF THE CONSTRUCT AFTER TEV CLEAVAGE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: COMPLEX BETWEEN A DECAMER OF INDUCIBLE LYSINE DECARBOXYLASE LDCI AND TEN LARA DOMAINS OF THE ATPASE RAVA タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 50MM MES PH 6.5, 100MM NACL, 0.2MM PLP, 1MM DTT, 0.01% GLUTARALDEHYDE pH: 6.5 詳細: 50MM MES PH 6.5, 100MM NACL, 0.2MM PLP, 1MM DTT, 0.01% GLUTARALDEHYDE |
試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: OTHER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 91, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2012年9月14日 / 詳細: AUTOMATIC DATA ACQUISITION WITH FEI EPU SOFTWARE |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 51660 X / 倍率(補正後): 51660 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 91 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: -0.1 ° |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 911 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPING | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: CROSS-COMMON LINE, PROJECTION MATCHING / 解像度: 7.5 Å / 粒子像の数: 23540 / ピクセルサイズ(公称値): 1.464 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.464 Å 詳細: CROSS-COMMON LINE, PROJECTION MATCHING SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2681. (DEPOSITION ID: 12595). 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--FLEXIBLE FOR 3N75, RIGID FOR 3NBX REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 7.5 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 7.5 Å
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