+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u25 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1. | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / RNA (リボ核酸) / transfer / exit / peptidyl / 30S / 70S / 16S (16SリボソームRNA) / ribosomal subunit (リボソーム) / antibiotic (抗生物質) / streptogramin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
Model details | This structure consists of multiple PDB entries | |||||||||
データ登録者 | Noeske, J. / Huang, J. / Olivier, N.B. / Giacobbe, R.A. / Zambrowski, M. / Cate, J.H.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014 タイトル: Synergy of streptogramin antibiotics occurs independently of their effects on translation. 著者: Noeske, J. / Huang, J. / Olivier, N.B. / Giacobbe, R.A. / Zambrowski, M. / Cate, J.H. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4u25.cif.gz | 7.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4u25.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4u25.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u25 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | There are 2 biological units in the assymetric unit. |
-要素
-RNA鎖 , 3種, 6分子 AACABADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌) 参照: GenBank: 359330873 #22: RNA鎖 | 分子量: 941306.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌) 参照: GenBank: 359330873 #23: RNA鎖 | 分子量: 38483.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌) 参照: GenBank: 359330873 |
---|
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#2: タンパク質 | 分子量: 24253.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V0 #3: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V3 #4: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V8 #5: タンパク質 | 分子量: 15804.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W1 #6: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02358 #7: タンパク質 | 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02359 #8: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W7 #9: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7X3 #10: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R5 #11: タンパク質 | 分子量: 12487.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R9 #12: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3 #13: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S9 #14: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG59 #15: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADZ4 #16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T3 #17: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG63 #18: タンパク質 | 分子量: 6466.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T7 #19: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U3 #20: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U7 #21: タンパク質 | 分子量: 6067.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68679 |
---|
+50S ribosomal protein ... , 30種, 59分子 BCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDPBQDQ...
-非ポリマー , 4種, 2225分子
#54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 化合物 | #56: 化合物 | #57: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8k, MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→70 Å / Num. obs: 1127134 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 47.17 Å2 / Rmerge F obs: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 3.89 / Num. measured all: 2375603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.9→69.413 Å / FOM work R set: 0.8074 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE ELECTRON DENSITY MAPS OF THE FIRST RIBOSOME ARE BETTER THAN THOSE OF THE SECOND RIBOSOME IN THE ASYMMETRIC UNIT. THEREFORE, SUBUNIT AND ANTIBIOTIC COORDINATES OF THE FIRST RIBOSOME ...詳細: THE ELECTRON DENSITY MAPS OF THE FIRST RIBOSOME ARE BETTER THAN THOSE OF THE SECOND RIBOSOME IN THE ASYMMETRIC UNIT. THEREFORE, SUBUNIT AND ANTIBIOTIC COORDINATES OF THE FIRST RIBOSOME (CHAINS START WITH A AND B) ARE OF BETTER QUALITY THAN THOSE OF THE SECOND RIBOSOME (CHAINS START WITH C AND D).
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 217.49 Å2 / Biso mean: 61.37 Å2 / Biso min: 1.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→69.413 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
|