[日本語] English
万見
- PDB-4kwm: Structure of a/anhui/5/2005 h5 ha -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kwm
タイトルStructure of a/anhui/5/2005 h5 ha
要素(Hemagglutininヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yang, H. / Shore, D.A. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Stevens, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and antigenic variation among diverse clade 2 H5N1 viruses.
著者: Shore, D.A. / Yang, H. / Balish, A.L. / Shepard, S.S. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Davis, C.T. / Donis, R.O. / Villanueva, J.M. / Klimov, A.I. / Stevens, J.
履歴
登録2013年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,21410
ポリマ－171,3306
非ポリマー8854
水2,792155
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,65712
ポリマ－171,3306
非ポリマー1,3276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area28330 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area62370 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,9939
ポリマ－171,3306
非ポリマー6643
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area29110 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area61360 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,9939
ポリマ－171,3306
非ポリマー6643
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area30050 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area60830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.372, 114.372, 134.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-311-

HOH

21B-318-

HOH

31D-305-

HOH

41D-307-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13B
23D
14B
24F
15C
25E
16D
26F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 320
2010C0 - 320
1020A0 - 320
2020E0 - 320
1030B10 - 173
2030D10 - 173
1040B10 - 173
2040F10 - 173
1050C0 - 321
2050E0 - 321
1060D10 - 173
2060F10 - 173

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.49384, -0.869547, -0.00312), (-0.869551, 0.493843, -1.6E-5), (0.001555, 0.002705, -0.999995)57.20964, 33.16819, -14.45997
3given(-0.152916, 0.988204, 0.008384), (-0.988239, -0.152915, -0.000832), (0.00046, -0.008412, 0.999965)42.31437, 51.06919, 25.02433

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 36996.680 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 RESIDUES 17-341 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Anhui/1089/2007(H5N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C0LYC6
#2: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 20113.182 Da / 分子数: 3 / 断片: HA2 RESIDUES 346-519 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Anhui/1089/2007(H5N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C0LYC6
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.8
詳細: 20% PEG4000, 100mM Tris-HCl pH 7.8, microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.662
11K, H, -L20.338
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 54303 / Num. obs: 51509 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.118
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.559 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→46.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 18.245 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24674 2834 5.2 %RANDOM
Rwork0.20794 ---
obs0.20995 51369 99.92 %-
all-54303 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.86 Å20 Å20 Å2
2--11.86 Å20 Å2
3----23.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11668 0 56 155 11879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01912008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.94216280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1863.00325503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51151453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39825.366615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.107152058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6861551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A176300.15
12C176300.15
21A170270.16
22E170270.16
31B80700.17
32D80700.17
41B75330.21
42F75330.21
51C171360.16
52E171360.16
61D76600.19
62F76600.19
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 213 -
Rwork0.285 3793 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2050.1057-0.00090.06810.01211.19510.0930.025-0.08450.04290.0174-0.1187-0.12640.1912-0.11050.0771-0.04860.00280.105-0.05710.457619.6245.313-49.5867
20.26620.06551.13950.02970.31775.09360.0820.007-0.03010.0004-0.0033-0.02990.17740.1362-0.07870.1934-0.1346-0.07340.1950.00120.345611.60612.90382.6848
30.18430.0922-0.21230.08530.08451.44010.05040.0415-0.0470.0569-0.02050.0060.2174-0.3974-0.02980.1016-0.1022-0.04310.15370.01770.387242.765319.00935.432
40.11930.06670.70250.04670.34325.7226-0.01410.0598-0.0343-0.02310.05830.01640.18860.0251-0.04430.0534-0.0752-0.00850.1565-0.04020.403548.79224.7817-17.1857
50.4576-0.1715-0.16960.619-0.59982.45920.0058-0.0250.1556-0.1512-0.02090.24610.0989-0.08820.01510.12360.0153-0.09470.023-0.05170.349448.5006-15.1048-75.0079
60.2338-0.12710.07710.2174-0.18440.1738-0.1277-0.1911-0.00670.23990.0786-0.0071-0.2242-0.05730.04910.34990.08190.01550.3178-0.0830.282551.8668-22.355-22.2885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 321
6X-RAY DIFFRACTION6F10 - 173

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る