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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kvn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Fab 39.29 in complex with Influenza Hemagglutinin A/Perth/16/2009 (H3N2) | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IgG / antibody (抗体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Fong, R. / Swem, L.R. / Lupardus, P.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2013 タイトル: A Novel In vivo Human Plasmablast Enrichment Technique Allows Rapid Identification of Therapeutic Anti-Influenza A Antibodies 著者: Nakamura, G. / Chai, N. / Park, S. / Chiang, N. / Lin, Z. / Chiu, H. / Fong, R. / Yan, D. / Kim, J. / Zhang, J. / Lee, W.P. / Estevez, A. / Coons, M. / Xu, M. / Lupardus, P. / Balazs, M. / Swem, L.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kvn.cif.gz | 196.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kvn.ent.gz | 153.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kvn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3sdyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 3種, 3分子 AHL
#1: 抗体 | 分子量: 56691.535 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular HA0 fragment / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Perth/16/2009(H3N2) / 遺伝子: HA, Hemagglutinin / 細胞株 (発現宿主): Tni 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: C6KNH7 |
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#2: 抗体 | 分子量: 24095.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 抗体 | 分子量: 23450.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-糖 , 3種, 8分子
#4: 多糖 | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 7分子
#7: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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#8: 化合物 | ChemComp-PGE / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M Phosphate/Citrate, 40% PEG 300, and 0.7% 1-butanol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→72.26 Å / Num. all: 25898 / Num. obs: 25898 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 91.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3771 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3SDY 解像度: 3.1→64.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9266 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 81.39 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.542 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→64.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.23 Å / Total num. of bins used: 13
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