PDB-4kqz: structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kqz

タイトル

structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike

要素

S protein

Coronavirus spike protein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / core subdomain / strand-dominated receptor binding motif /

receptor binding (受容体) /

CD26 (DPP-4) / viral surface

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell /

membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. /

Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.514 Å

データ登録者

Lu, G. / Hu, Y. / Wang, Q. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Y. / Zhang, Y. / Zhang, W. / Yuan, Y. / Bao, J. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of binding between novel human coronavirus MERS-CoV and its receptor CD26.
著者: Lu, G. / Hu, Y. / Wang, Q. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Y. / Zhang, Y. / Zhang, W. / Yuan, Y. / Bao, J. / Zhang, B. / Shi, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kqz.cif.gz	174.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kqz.ent.gz	143.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/4kqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/4kqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kr0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zpw-1 5vas-d 3kxr-d 4iyk-d 4gn3-3 4n4i-d 4gn3-7 4gn3-8 2if5-1 4gn3-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S protein

B: S protein

ヘテロ分子

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: S protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.977, 108.473, 125.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

S protein /

Coronavirus spike protein

分子量: 27598.953 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 367-606 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス)
遺伝子: S, spike / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: K0BRG7

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M ammonium tartrate dibasic pH7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.03818 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月7日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03818 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 22587 / Num. obs: 22536 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 21.614
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 4.308 / R_sym value: 0.659 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.514→49.813 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2509	1153	5.13 %
R_work	0.2079	-	-
obs	0.2101	22479	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.726 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	19.4021 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-13.935 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.467 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.514→49.813 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3216	0	28	63	3307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.936	4540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.965	1204
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	574

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5139-2.6283	0.4036	136	0.3133	2521	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6283-2.7668	0.3714	142	0.2917	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7668-2.9402	0.3552	153	0.2623	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9402-3.1671	0.2941	135	0.238	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1671-3.4858	0.2539	148	0.2193	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4858-3.99	0.2604	163	0.2003	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-5.0262	0.1988	136	0.1571	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0262-49.8224	0.2007	140	0.1992	2830	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6561	0.3829	0.9528	1.9728	0.1406	1.1408	-0.0795	0.0718	0.1112	-0.2036	0.0054	0.0362	-0.2991	0.0609	-0.0006	0.2813	-0.0318	0.0618	0.2979	0.0359	0.2715	22.7931	-8.5234	-10.196
2	0.8993	1.354	-0.1813	2.0129	-0.3327	0.0587	-0.0584	-0.087	0.1559	-0.0376	0.1788	-0.0129	-0.3632	-0.0468	0.0006	0.2649	0.0373	0.0249	0.3235	-0.0171	0.3143	18.8761	-16.1764	-7.9012
3	1.1572	-0.6459	0.5331	1.7948	-0.0023	1.0138	0.0036	0.0473	-0.0159	-0.2153	0.0999	-0.0615	-0.0559	0.0866	0.0007	0.2153	-0.0158	0.0344	0.3945	-0.0341	0.3594	24.9837	-34.9649	-8.2366
4	0.3723	-0.1998	0.0975	2.2057	-0.9235	1.2873	-0.3941	0.0991	0.3023	-0.5334	0.0824	0.0392	-0.6907	0.2562	-0.0515	0.4276	-0.081	0.0788	0.4243	-0.006	0.4072	25.1136	-5.9246	-8.934
5	0.5743	-0.0614	0.4677	0.6014	0.5062	0.8888	-0.2464	0.3185	-0.2259	-0.1162	0.0776	0.2859	1.0062	-0.2169	-0.0057	0.7714	-0.1088	-0.0351	0.4584	-0.1202	0.6034	7.3397	-60.9243	-22.2293
6	0.6497	-0.2004	-0.7114	0.4912	0.1054	0.7764	-0.3737	-0.1902	-0.0619	0.0466	0.1083	0.0692	0.6556	0.054	0	0.6505	-0.0091	0.0463	0.3353	-0.0392	0.4527	11.5191	-59.6594	-12.2305
7	0.1906	0.1123	-0.1131	0.1181	0.0082	0.1435	0.0183	0.033	0.2617	0.3861	-0.0047	-0.7036	0.086	0.4882	-0	0.5167	0.0991	0.0215	0.5762	-0.0934	0.4331	25.3044	-49.2632	-18.1309
8	0.1338	0.1249	-0.0927	0.0991	-0.0598	0.185	0.2482	-0.068	-0.3162	0.037	-0.1654	0.4583	-0.0083	0.0363	0	0.4261	0.0254	0.0142	0.3755	-0.0608	0.4013	14.587	-44.9053	-18.3762
9	1.1169	0.2733	0.4362	0.3892	0.0136	0.216	-0.1452	0.0076	-0.7281	-0.2227	0.0139	-0.0343	0.7215	0.0278	-0	1.0419	0.1061	0.079	0.463	-0.0818	0.6979	19.887	-64.7286	-22.4485
10	0.7573	-0.1432	-0.6551	0.3246	0.2344	0.8897	0.589	0.3724	0.2707	-1.0406	-0.2862	-0.2341	-0.4953	0.1819	0.0038	0.9058	0.075	0.1337	0.531	-0.0147	0.4404	21.5889	-36.4345	-32.5903
11	0.3397	-0.1187	0.2292	0.4161	-0.3755	0.5692	0.3798	0.3265	0.0168	-0.7027	-0.0941	0.1906	0.0702	0.0278	-0	0.6546	0.0774	-0.0331	0.6471	-0.0727	0.5494	17.673	-45.463	-31.7942
12	0.0468	-0.0353	-0.1049	0.1269	0.2039	0.3851	0.0175	-0.1953	1.0646	-0.2406	0.5728	0.323	-0.537	0.672	0.0214	1.3924	0.0032	0.1632	0.816	0.1641	0.8567	13.9437	-34.9224	-40.3357
13	1.2521	0.8932	0.5247	0.6356	0.5237	1.3226	-0.1328	0.0277	0.2131	-0.7962	0.3123	0.0173	0.4532	0.1123	0.0027	0.653	0.0335	0.0971	0.3936	-0.0081	0.4249	20.2127	-53.231	-25.7438
14	0.9046	-0.3168	0.9696	1.0181	-0.2163	1.0457	0.0785	-0.5881	0.2645	0.2218	-0.1961	1.22	0.5741	-1.0166	0.187	0.8802	-0.2	0.2896	0.6597	-0.2115	0.8626	-3.3481	-59.3314	-8.1682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 381:456)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 457:495)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 496:562)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 563:588)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 381:410)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 411:447)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 448:462)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 463:476)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 477:495)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 496:515)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 516:539)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 540:552)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 553:576)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 577:588)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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