+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jv5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structures of pseudouridinilated stop codons with ASLs | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / 30S ribosomal particle / protein synthesis (タンパク質生合成) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.162 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez, I.S. / Ng, C.L. / Kelley, A.C. / Guowei, W. / Yu, Y.T. / Ramakrishnan, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome. 著者: Fernandez, I.S. / Ng, C.L. / Kelley, A.C. / Wu, G. / Yu, Y.T. / Ramakrishnan, V. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jv5.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4jv5.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jv5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/4jv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/4jv5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AXY
#1: RNA鎖 | 分子量: 492372.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: 55771382 |
---|---|
#22: RNA鎖 | 分子量: 1570.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 3170.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 26987.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371 |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 16331.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14298.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11299.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#11: タンパク質 | 分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13875.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13623.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9924.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#17: タンパク質 | 分子量: 11722.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: P0DOY7*PLUS |
#18: タンパク質 | 分子量: 8155.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#19: タンパク質 | 分子量: 8949.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#20: タンパク質 | 分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380 |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2960.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
-非ポリマー , 2種, 18分子
#24: 化合物 | ChemComp-MG / #25: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.26 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 12%MPD 0.1M MES-KOH pH6.5 50mM KCL 10mM NH4-CL 15mM Mg2CL, EVAPORATION, temperature 277.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月2日 |
放射 | モノクロメーター: LENSES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→45.8 Å / Num. all: 241499 / Num. obs: 241499 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.3 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.632 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.162→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.429 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.35 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.521 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.162→29.88 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|