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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jui | ||||||
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タイトル | crystal structure of tannase from from Lactobacillus plantarum | ||||||
要素 | Tannaseタンナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / gallate / hydrolysis (加水分解) / tannins | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus plantarum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum. 著者: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jui.cif.gz | 301.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jui.ent.gz | 246.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jui.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4jui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4jui | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50806.883 Da / 分子数: 2 / 変異: S163A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: tanLpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Y018 |
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-非ポリマー , 5種, 1145分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3000, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 281K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→65 Å / Num. all: 99532 / Num. obs: 90575 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 83.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→19.523 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.8858 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.33 Å2 / Biso mean: 20.8356 Å2 / Biso min: 3.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.523 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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