[日本語] English
万見
- PDB-4itx: P113S mutant of E. coli Cystathionine beta-lyase MetC inhibited b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4itx
タイトルP113S mutant of E. coli Cystathionine beta-lyase MetC inhibited by reaction with L-Ala-P
要素Cystathionine beta-lyase MetC
キーワードLYASE (リアーゼ) / Cystathionine beta-lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine desulfidase / L-cysteine catabolic process to pyruvate / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / cysteine-S-conjugate beta-lyase / : / alanine racemase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / methionine biosynthetic process / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding ...L-cysteine desulfidase / L-cysteine catabolic process to pyruvate / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / cysteine-S-conjugate beta-lyase / : / alanine racemase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / methionine biosynthetic process / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-lyase, bacterial / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cystathionine beta-lyase, bacterial / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IN5 / Cystathionine beta-lyase MetC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y. / Soo, V.W.C. / Patrick, W.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic and Evolutionary Insights from the Reciprocal Promiscuity of Two Pyridoxal Phosphate-dependent Enzymes.
著者: Soo, V.W. / Yosaatmadja, Y. / Squire, C.J. / Patrick, W.M.
履歴
登録2013年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Structure summary
改定 1.22021年9月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-lyase MetC
B: Cystathionine beta-lyase MetC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2956
ポリマ－86,5022
非ポリマー7934
水9,062503
1
A: Cystathionine beta-lyase MetC
B: Cystathionine beta-lyase MetC
ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-lyase MetC
B: Cystathionine beta-lyase MetC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,59012
ポリマ－173,0054
非ポリマー1,5858
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area18510 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area46090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.970, 153.126, 150.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

21A-755-

HOH

31B-575-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-lyase MetC / CBL / Beta-cystathionase / Cysteine lyase


分子量: 43251.234 Da / 分子数: 2 / 変異: P113S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b3008, JW2975, metC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06721, cystathionine beta-lyase
#2: 化合物 ChemComp-IN5 / {1-[(3-HYDROXY-METHYL-5-PHOSPHONOOXY-METHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-ETHYL}-PHOSPHONIC ACID


分子量: 356.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O8P2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 20% PEG400, 0.15M CACL2, 0.1 M HEPES/NAOH (PH 8.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月24日 / 詳細: osmic
放射モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→19.4 Å / Num. all: 89828 / Num. obs: 89828 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 %
反射 シェル解像度: 1.61→1.69 Å / 冗長度: 9.7 % / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CL1

1cl1


解像度: 1.61→19.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.755 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19532 4280 5 %RANDOM
Rwork0.16154 ---
all0.16325 81153 --
obs0.16325 81153 95.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→19.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5996 0 46 503 6545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0226278
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.021.9498551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1493.00110048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6395811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11123.943279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.366151019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2571538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2090.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2511.53934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.471.51621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87926311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.88432344
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3394.52229
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.612→1.654 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 231 -
Rwork0.265 4279 -
obs--69.31 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る