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- PDB-4gs5: The crystal structure of acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gs5
タイトルThe crystal structure of acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein from Dyadobacter fermentans DSM 18053
要素Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein
キーワードLIGASE (リガーゼ) / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / protein structure initiative / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich ...ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dyadobacter fermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.018 Å
データ登録者Tan, K. / Holowicki, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein from Dyadobacter fermentans DSM 18053
著者: Tan, K. / Holowicki, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,93325
ポリマ－39,6651
非ポリマー2,26824
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.148, 67.148, 176.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
詳細Experimentally unknown. The molecule is predicted to be a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein


分子量: 39665.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dyadobacter fermentans (バクテリア)
株: DSM 18053 / 遺伝子: Dfer_1215 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C6W5A4
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium Iodine, 20% (w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.018→33 Å / Num. all: 27429 / Num. obs: 27429 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1340 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.018→32.981 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 1373 5.02 %Random
Rwork0.1956 ---
all0.1984 27373 --
obs0.1984 27373 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.609 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3829 Å20 Å2-0 Å2
2--3.3829 Å20 Å2
3----6.7658 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.018→32.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 0 60 155 2896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0153768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0121009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0179-2.090.2841200.22762561X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.17370.29091290.21412556X-RAY DIFFRACTION100
2.1737-2.27260.26071320.20932551X-RAY DIFFRACTION100
2.2726-2.39230.2881470.21382549X-RAY DIFFRACTION100
2.3923-2.54220.30821440.22562555X-RAY DIFFRACTION100
2.5422-2.73840.30081430.22242573X-RAY DIFFRACTION100
2.7384-3.01380.28411510.22092586X-RAY DIFFRACTION100
3.0138-3.44950.26451470.2112614X-RAY DIFFRACTION100
3.4495-4.34440.24011390.16752659X-RAY DIFFRACTION100
4.3444-32.98540.19371210.17412796X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26420.3414-0.16961.4320.20476.0224-0.10810.74750.1378-0.4679-0.25690.0528-0.051-0.09330.06020.48370.4504-0.02311.51660.3434-0.196314.817731.2517-18.7229
21.9787-0.8238-0.3180.51330.11880.06510.23931.28610.1043-0.4569-0.35460.0511-0.0686-0.65520.09730.2416-0.0221-0.04230.717-0.11830.150218.864716.8786-10.7174
35.97150.4941-0.55041.33930.28512.86560.25041.12860.6037-0.2995-0.1709-0.09030.02720.0799-0.05590.1880.12540.01780.50160.11350.209417.468629.9914-5.1629
42.9284-0.1727-0.93586.2648-0.24082.68080.12960.14750.5890.1768-0.0185-0.3872-0.24260.1471-0.09410.1040.01010.02450.30160.00110.302124.903233.64447.3907
53.1915-1.3139-1.54164.35064.42834.5756-0.13620.2867-0.16450.1530.03320.09460.3491-0.2450.10180.218-0.01990.02210.2752-0.02630.155919.731519.90639.9259
65.8416-0.22441.28352.8147-0.48114.03490.02320.2828-0.5757-0.2077-0.03460.10411.0239-0.4769-0.03320.391-0.11130.07870.2329-0.07450.285818.67486.89388.9969
74.4267-0.98014.8191.9904-2.57356.52880.0581-0.0196-0.07670.1187-0.212-0.13860.68510.17160.14330.2842-0.00550.03170.1517-0.01120.203826.70519.933419.5539
86.11840.9652-0.72683.00070.58743.20030.1167-0.06850.18190.2106-0.1477-0.32730.2580.5940.03710.33330.10490.01390.19050.11340.273447.83267.267929.0315
93.828-1.8107-2.1751.6073-0.38334.3519-0.41890.2794-0.3098-0.0229-0.24740.04970.95030.56850.52130.48390.16330.09620.34830.0750.394947.16551.408523.7686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:18)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 19:69)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 70:127)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 128:177)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 178:198)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 199:230)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 231:254)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 255:314)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 315:350)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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