PDB-4gip: Structure of the cleavage-activated prefusion form of the parainf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gip

タイトル

Structure of the cleavage-activated prefusion form of the parainfluenza virus 5 (PIV5) fusion protein

要素

Fusion glycoprotein F1
Fusion glycoprotein F2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / PIV5 / viral fusion protein /

membrane fusion / protease cleavage-activated form /

ectodomain / trimer / HN (hemagglutinin-neuraminidase)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane /

エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Simian virus 5 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Welch, B.D. / Liu, Y. / Kors, C.A. / Leser, G.P. / Jardetzky, T.S. / Lamb, R.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of the cleavage-activated prefusion form of the parainfluenza virus 5 fusion protein.
著者: Welch, B.D. / Liu, Y. / Kors, C.A. / Leser, G.P. / Jardetzky, T.S. / Lamb, R.A.

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gip.cif.gz	542.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gip.ent.gz	445.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b9bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ejb-1 5ejb-2 2vr2-1 6eqz-d 3mps-d 4tqt-2 6jvb-1 4cnu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F2

D: Fusion glycoprotein F1

B: Fusion glycoprotein F2

E: Fusion glycoprotein F1

C: Fusion glycoprotein F2

F: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	250.930, 140.520, 84.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.84, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Fusion glycoprotein F2

分子量: 8956.415 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Simian virus 5 (ウイルス) / 株: W3 / 遺伝子: F / プラスミド: pBACgus-11 / 発現宿主:

TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04849

#2: タンパク質

Fusion glycoprotein F1

分子量: 43942.520 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP RESIDUES 103-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Simian virus 5 (ウイルス) / 株: W3 / 遺伝子: F / 発現宿主:

TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04849

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 951 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

構成要素の詳細

CHAINS (A,D), (B,E), (C,F) WERE FORMED BY TRYPSIN TREATMENT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.15 M ammonium citrate dibasic pH 5.5, 15% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 122300 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2-2.03	2.7	1	77.8
2.03-2.07	2.9	1	80.9
2.07-2.11	3.2	1	84.2
2.11-2.15	3.4	1	88.9
2.15-2.2	3.7	1	92.5
2.2-2.25	3.9	1	94.2
2.25-2.31	4.2	1	97.7
2.31-2.37	4.4	1	99.4
2.37-2.44	4.7	1	99.9
2.44-2.52	4.8	1	99.9
2.52-2.61	4.9	1	100	0.787
2.61-2.71	5	1	100	0.575
2.71-2.84	5.1	1	100	0.466
2.84-2.99	5.1	1	100	0.314
2.99-3.17	5.2	1	100	0.218
3.17-3.42	5.2	1	100	0.154
3.42-3.76	5.2	1	100	0.127
3.76-4.31	5.1	1	99.9	0.107
4.31-5.43	5.1	1	99.7	0.072
5.43-50	4.9	1	99.2	0.053

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 46.25 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	35.54 Å
Translation	2.5 Å	35.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2B9B

2b9b

解像度: 2→35.54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / 位相誤差: 32.92 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DIFFRACTION DATA WERE ANISOTROPIC WITH A HIGH RESOLUTION CUTOFF BETWEEN 2-3A. THEREFORE, DATA WERE PROCESSED TO 2A AND SUBMITTED TO THE UCLA MBI DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER FOR ELLIPSOIDAL ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	5825	5 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.221	116428	59.8 %
all	-	122300	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.07 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1903 Å²	0 Å²	-1.2057 Å²
2-	-	1.4611 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.7292 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10230	0	154	951	11335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	10539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	14372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.364	3835
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0212	0.1708	5	0.2014	70	X-RAY DIFFRACTION	1
2.0212-2.0449	0.1914	9	0.2319	202	X-RAY DIFFRACTION	3
2.0449-2.0699	0.1798	14	0.2306	339	X-RAY DIFFRACTION	5
2.0699-2.0961	0.3386	25	0.231	458	X-RAY DIFFRACTION	8
2.0961-2.1236	0.2517	29	0.2548	626	X-RAY DIFFRACTION	10
2.1236-2.1527	0.2514	51	0.2484	843	X-RAY DIFFRACTION	14
2.1527-2.1835	0.2766	62	0.2484	1082	X-RAY DIFFRACTION	18
2.1835-2.2161	0.2481	80	0.2447	1401	X-RAY DIFFRACTION	23
2.2161-2.2507	0.2648	100	0.2753	1772	X-RAY DIFFRACTION	29
2.2507-2.2876	0.3158	119	0.2561	2242	X-RAY DIFFRACTION	36
2.2876-2.327	0.2954	109	0.2557	2540	X-RAY DIFFRACTION	41
2.327-2.3693	0.2903	150	0.2571	2917	X-RAY DIFFRACTION	47
2.3693-2.4149	0.274	169	0.2713	3243	X-RAY DIFFRACTION	52
2.4149-2.4642	0.2822	160	0.2756	3508	X-RAY DIFFRACTION	57
2.4642-2.5177	0.3027	198	0.2704	3819	X-RAY DIFFRACTION	62
2.5177-2.5763	0.3018	209	0.261	4149	X-RAY DIFFRACTION	67
2.5763-2.6407	0.3042	230	0.2734	4485	X-RAY DIFFRACTION	72
2.6407-2.7121	0.2849	287	0.2672	4738	X-RAY DIFFRACTION	78
2.7121-2.7918	0.2783	271	0.2725	5133	X-RAY DIFFRACTION	84
2.7918-2.8819	0.2803	271	0.271	5587	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8819-2.9849	0.3347	297	0.2711	5985	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9849-3.1043	0.2823	335	0.2639	6136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1043-3.2455	0.2906	350	0.2422	6153	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2455-3.4165	0.2623	324	0.2282	6155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4165-3.6303	0.2207	319	0.2001	6158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6303-3.9103	0.2315	341	0.1862	6157	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9103-4.3032	0.2152	319	0.1755	6129	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3032-4.9245	0.1671	322	0.1672	6141	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9245-6.199	0.2116	338	0.1897	6197	X-RAY DIFFRACTION	100
6.199-35.55	0.2097	332	0.1982	6238	X-RAY DIFFRACTION	99

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