+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ejs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of yeast elongator subcomplex Elp456 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Elongator subcomplex Elp456 / RecA-ATPase-like domain fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification / transcription elongation factor complex / regulation of translation / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 ...elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification / transcription elongation factor complex / regulation of translation / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.606 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, Z. / Zhao, W. / Long, J. / Shen, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of elongator subcomplex Elp4-6 著者: Lin, Z. / Zhao, W. / Diao, W. / Xie, X. / Wang, Z. / Zhang, J. / Shen, Y. / Long, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ejs.cif.gz | 291.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4ejs.ent.gz | 233.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ejs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ejs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ejs | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42230.098 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-438 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: ELP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02884 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 27623.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-238 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: ELP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38874 |
#3: タンパク質 | 分子量: 30900.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: ELP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04868 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-tris propane, 0.8M DL-Malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→39.8 Å / Num. all: 32981 / Num. obs: 32701 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 51.22 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.606→39.765 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8415 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.804 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 164.03 Å2 / Biso mean: 62.0096 Å2 / Biso min: 18.76 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.606→39.765 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 86.2584 Å / Origin y: -23.2347 Å / Origin z: -22.7508 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|