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- PDB-4d67: Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d67
タイトルCryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state
要素
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 42
  • 28S RRNA28SリボソームRNA
  • 5.8S RRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S RRNA5SリボソームRNA
  • UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / CRPV IRES / TERMINATION / RELEASE FACTORS
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Muhs, M. / Hilal, T. / Mielke, T. / Skabkin, M.A. / Sanbonmatsu, K.Y. / Pestova, T.V. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM of ribosomal 80S complexes with termination factors reveals the translocated cricket paralysis virus IRES.
著者: Margarita Muhs / Tarek Hilal / Thorsten Mielke / Maxim A Skabkin / Karissa Y Sanbonmatsu / Tatyana V Pestova / Christian M T Spahn /
要旨: The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the ...The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the CrPV IRES jumpstarts translation in the elongation phase from the ribosomal A site. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 complexes, revealing a previously unseen binding state of the IRES and directly rationalizing that an eEF2-dependent translocation of the IRES is required to allow the first A-site occupation. During this unusual translocation event, the IRES undergoes a pronounced conformational change to a more stretched conformation. At the same time, our structural analysis provides information about the binding modes of eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and eRF1 in a minimal system. It shows that neither eRF3 nor ABCE1 are required for the active conformation of eRF1 at the intersection between eukaryotic termination and recycling.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月23日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_formal_charge / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 2.12019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "VB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "fA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2813
  • Jmolによる作画
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  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-2813
  • + PDB-4d61
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8
B: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3
C: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4
D: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
E: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6
F: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
G: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A
H: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
I: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
J: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
L: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13
M: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14
N: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15
O: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
P: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17
Q: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18
R: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19
S: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A
T: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
U: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22
V: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23
W: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24
X: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A
Y: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26
Z: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27
a: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
b: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29
c: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
d: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
e: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
f: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A
g: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34
h: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35
i: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
j: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37
k: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38
l: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39
m: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
n: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41
o: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
p: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A
t: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28
u: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10A
2: 28S RRNA
3: 5.8S RRNA
4: 5S RRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,579,34146
ポリマ－2,579,34146
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 42種, 42分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#1: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#2: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL3 / HIV-1 TAR RNA-BINDING PROTEIN B / TARBP-B


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#3: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#4: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#5: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL6 / NEOPLASM-RELATED PROTEIN C140 / TAX-RESPONSIVE ENHANCER ELEM ENT- ...60S RIBOSOMAL PROTEIN EL6 / NEOPLASM-RELATED PROTEIN C140 / TAX-RESPONSIVE ENHANCER ELEM ENT-BINDING PROTEIN 107 / TAXREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#6: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#7: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL8 / PLA-X POLYPEPTIDE / SURFEIT LOCUS PROTEIN 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#8: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#9: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL16 / LAMININ RECEPTOR HOMOLOG / PROTEIN QM / TUMOR SUPPRESSOR QM


分子量: 24657.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#10: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL5 / CLL-ASSOCIATED ANTIGEN KW-12


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#11: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL13 / BREAST BASIC CONSERVED PROTEIN 1


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#12: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL14 / CAG-ISL 7


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#13: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#14: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL13 / 23 KDA HIGHLY BASIC PROTEIN


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#15: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL22 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#16: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#17: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#18: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#19: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#20: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL22 / EBER-ASSOCIATED PROTEIN / EAP / EPSTEIN-BARR VIRUS SMALL RNA- ...60S RIBOSOMAL PROTEIN EL22 / EBER-ASSOCIATED PROTEIN / EAP / EPSTEIN-BARR VIRUS SMALL RNA- ASSOCIATED PROTEIN / HEPARIN-BINDING PROTEIN HBP15


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#21: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL14 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#22: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL24 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#23: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#24: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#25: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#26: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#27: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL29 / CELL SURFACE HEPARIN-BINDING PROTEIN HIP


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#28: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#29: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#30: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#31: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL33 / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 33 PROTEIN


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#32: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#33: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#34: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#35: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL37 / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#36: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#37: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#39: タンパク質・ペプチド 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL41 / HG12


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#40: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL44 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44 / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 15 PROTEIN / ...60S RIBOSOMAL PROTEIN EL44 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44 / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 15 PROTEIN / CELL MIGRATION-INDUCING GENE 6 PROTEIN


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#41: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#42: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#43: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10A / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL1 / CSA-19 / NEURAL PRECURSOR CELL EXPRESSED DEVELOPMENTALLY DOWN-REGULATED ...60S RIBOSOMAL PROTEIN UL1 / CSA-19 / NEURAL PRECURSOR CELL EXPRESSED DEVELOPMENTALLY DOWN-REGULATED PROTEIN 6 / NEDD-6


分子量: 23174.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 m

#38: タンパク質 UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL40 / EP52 / UBIQUITIN A-52 RESIDUE RIBOSOMAL PROTEIN FUSION PRODUCT 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 234

#44: RNA鎖 28S RRNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#45: RNA鎖 5.8S RRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#46: RNA鎖 5S RRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

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詳細

配列の詳細AUTHORS HAVE USED HUMAN SEQUENCE FOR MODEL BUILDING, WITH FOLLOWING PDB-GENBANK OR UNIPROT RESIDUE ...AUTHORS HAVE USED HUMAN SEQUENCE FOR MODEL BUILDING, WITH FOLLOWING PDB-GENBANK OR UNIPROT RESIDUE MAPPING: CHAIN: A 1-257 UNP P62917 1- 257 CHAIN: B 1-403 UNP P39023 1- 403 CHAIN: C 1-427 UNP P36578 1- 427 CHAIN: D 1-297 UNP P46777 1- 297 CHAIN: E 1-288 UNP Q02878 1- 288 CHAIN: F 1-248 UNP P18124 1- 248 CHAIN: G 1-266 UNP P62424 1- 266 CHAIN: H 1-192 UNP P32969 1- 192 CHAIN: I 1-214 UNP P27635 1- 214 CHAIN: J 1-178 UNP P62913 1- 178 CHAIN: L 1-211 UNP P26373 1- 211 CHAIN: M 1-215 UNP P50914 1- 215 CHAIN: N 1-204 UNP P61313 1- 204 CHAIN: O 1-203 UNP P40429 1- 203 CHAIN: P 1-184 UNP P18621 1- 184 CHAIN: Q 1-188 UNP Q07020 1- 188 CHAIN: R 1-196 UNP P84098 1- 196 CHAIN: S 1-176 UNP Q02543 1- 176 CHAIN: T 1-160 UNP P46778 1- 160 CHAIN: U 1-128 UNP P35268 1- 128 CHAIN: V 1-140 UNP P62829 1- 140 CHAIN: W 1-157 UNP P83731 1- 157 CHAIN: X 1-156 UNP P62750 1- 156 CHAIN: Y 1-145 UNP P61254 1- 145 CHAIN: Z 1-136 UNP P61353 1- 136 CHAIN: a 1-148 UNP P46776 1- 148 CHAIN: b 1-159 UNP P47914 1- 159 CHAIN: c 1-115 UNP P62888 1- 115 CHAIN: d 1-125 UNP P62899 1- 125 CHAIN: e 1-135 UNP P62910 1- 135 CHAIN: f 1-110 UNP P18077 1- 110 CHAIN: g 1-117 UNP P49207 1- 117 CHAIN: h 1-123 UNP P42766 1- 123 CHAIN: i 1-105 UNP Q9Y3U8 1- 105 CHAIN: j 1- 97 UNP P61927 1- 97 CHAIN: k 1- 70 UNP P63173 1- 70 CHAIN: l 1- 51 UNP P62891 1- 51 CHAIN: m 1-128 UNP P62987 1- 128 CHAIN: n 1- 25 UNP P62945 1- 25 CHAIN: o 1-106 UNP P83881 1- 106 CHAIN: p 1- 92 UNP P61513 1- 92 CHAIN: t 1-137 UNP P46779 1- 137 CHAIN: u 1-210 UNP P62906 1- 210

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RIBOSOMAL 80S TERMINATION COMPLEX WITH CRPV IRES- RNA, ERF1 AND ERF3
タイプ: RIBOSOME / 詳細: MICROGRAPH SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT
緩衝液名称: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP
pH: 7.5
詳細: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP
試料濃度: 1.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年11月5日 / 詳細: MINIMAL DOSE SYSTEM
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 115000 X / 倍率（補正後）: 194805 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 2000
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2SPARX３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUPS
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 64902 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.56 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.56 Å
倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITH REFERENCE STRUCTURE
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 4CXD

4cxd
PDB 未公開エントリ

精密化最高解像度: 9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53135 0 0 0 53135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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