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- PDB-3rwo: Crystal structure of YPT32 in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rwo
タイトルCrystal structure of YPT32 in complex with GDP
要素GTP-binding protein YPT32/YPT11
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTPASES / PROTEIN-GDP COMPLEX / EXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / GOLGI APPARATUS (ゴルジ体) / GTP-BINDING / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / MEMBRANE (生体膜) / NUCLEOTIDE-BINDING / PRENYLATION (プレニル化) / TRANSPORT / Ypt32 / Rab GTPase / GDP / vesicle trafficking (小胞) / Myo2p / effectors
機能・相同性
機能・相同性情報


Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RAB geranylgeranylation / early endosome to Golgi transport / cellular bud neck / エキソサイトーシス / vesicle-mediated transport / recycling endosome / オートファジー / protein transport / mitochondrial outer membrane ...Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RAB geranylgeranylation / early endosome to Golgi transport / cellular bud neck / エキソサイトーシス / vesicle-mediated transport / recycling endosome / オートファジー / protein transport / mitochondrial outer membrane / エンドソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein YPT32/YPT11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sultana, A. / Jin, Y. / Dregger, C. / Franklin, E. / Weisman, L.S. / Khan, A.R.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2011
タイトル: The activation cycle of Rab GTPase Ypt32 reveals structural determinants of effector recruitment and GDI binding.
著者: Sultana, A. / Jin, Y. / Dregger, C. / Franklin, E. / Weisman, L.S. / Khan, A.R.
履歴
登録2011年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GTP-binding protein YPT32/YPT11
A: GTP-binding protein YPT32/YPT11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1416
ポリマ－41,2062
非ポリマー9354
水8,917495
1
B: GTP-binding protein YPT32/YPT11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0713
ポリマ－20,6031
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: GTP-binding protein YPT32/YPT11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0713
ポリマ－20,6031
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.000, 45.200, 73.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE QUATERNARY STRUCTURE OF YPT32 IN SOLUTION IS A MONOMER. THE DIMER THAT WAS OBSERVED IN THE STRUCTURE IS A RESULT OF CRYSTALLOGRAPHIC PACKING.

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein YPT32/YPT11 / Rab GTPase YPT32


分子量: 20603.062 Da / 分子数: 2 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YGL210W, YPT11, YPT32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P51996
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, MGCL2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97849
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→68.75 Å / Num. obs: 44104 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CPJ

3cpj


解像度: 1.7→68.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.362 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2223 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 44104 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å2-0.08 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→68.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 58 495 3253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.973984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7535380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15925.035143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31615495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0071516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7781.51757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41822847
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94431150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0294.51115
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 156 -
Rwork0.242 3087 -
obs--98.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3109-0.0817-0.28080.2973-0.1090.67860.02720.00940.00780.0045-0.0376-0.01980.03060.00480.01030.0243-0.0012-0.00810.0106-0.00980.03222.909-7.30345.407
21.8654-1.45321.51121.1672-1.331.9537-0.04870.15610.356-0.0007-0.1744-0.27570.01290.31390.22310.119-0.01890.0190.08480.01580.13069.892-9.74553.775
35.66581.4315-1.16330.8177-0.57480.45220.0368-0.4353-0.26960.178-0.1581-0.1692-0.02940.13360.12130.2305-0.0023-0.02610.1221-0.00680.096211.842-8.9641.586
40.60550.2993-0.34051.3292-0.76780.92890.05590.0557-0.0122-0.0096-0.0675-0.05670.0431-0.00070.01150.03750.0003-0.00350.0209-0.00970.03421.469-6.14844.427
53.0462-0.3546-0.0471.777-1.0431.0183-0.0340.1690.05070.06530.05710.07190.0135-0.2984-0.02320.0288-0.0293-0.00250.1721-0.00790.0805-6.454-4.55143.797
60.473-0.0334-0.2280.5493-0.17421.40150.04890.05920.00920.02060.00920.03570.0153-0.1935-0.05810.01010.0044-0.00960.0358-0.01150.0545-3.028-6.27244.462
70.5708-0.1182-0.09380.6250.10090.82950.04760.0265-0.00560.0226-0.0566-0.02990.0319-0.00880.0090.01020.0028-0.01190.0091-0.00890.03815.075-8.67345.453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 35
2X-RAY DIFFRACTION1B10 - 35
3X-RAY DIFFRACTION2A36 - 47
4X-RAY DIFFRACTION3B36 - 47
5X-RAY DIFFRACTION4A48 - 68
6X-RAY DIFFRACTION4B48 - 68
7X-RAY DIFFRACTION5A69 - 78
8X-RAY DIFFRACTION5B69 - 78
9X-RAY DIFFRACTION6A79 - 112
10X-RAY DIFFRACTION6B79 - 112
11X-RAY DIFFRACTION7A121 - 178
12X-RAY DIFFRACTION7B121 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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