PDB-3jqo: Crystal structure of the outer membrane complex of a type IV secr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jqo

タイトル

Crystal structure of the outer membrane complex of a type IV secretion system

要素

TraF proteinTNF receptor associated factor
TraN protein
TraO protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Helical outer membrane TM / outer membrane protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Chandran, V. / Fronzes, R. / Duquerroy, S. / Cronin, N. / Navaza, J. / Waksman, G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structure of the outer membrane complex of a type IV secretion system
著者: Chandran, V. / Fronzes, R. / Duquerroy, S. / Cronin, N. / Navaza, J. / Waksman, G.

履歴

登録	2009年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2014年7月23日	Group: Other
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_database_related / struct_conn Item: _pdbx_database_related.content_type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jqo.cif.gz	951.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jqo.ent.gz	786.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/3jqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/3jqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5031 5034 2bhv 2ofq
類似構造データ	3zbi-d 6wpk-d 3w1i-d 21067 1gvh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TraF protein

B: TraO protein

C: TraN protein

D: TraF protein

E: TraO protein

F: TraN protein

G: TraF protein

H: TraO protein

I: TraN protein

J: TraF protein

K: TraO protein

L: TraN protein

M: TraF protein

N: TraO protein

O: TraN protein

P: TraF protein

Q: TraO protein

R: TraN protein

S: TraF protein

T: TraO protein

U: TraN protein

V: TraF protein

W: TraO protein

X: TraN protein

Y: TraF protein

Z: TraO protein

a: TraN protein

b: TraF protein

c: TraO protein

d: TraN protein

e: TraF protein

f: TraO protein

g: TraN protein

h: TraF protein

i: TraO protein

j: TraN protein

k: TraF protein

l: TraO protein

m: TraN protein

n: TraF protein

o: TraO protein

p: TraN protein

ヘテロ分子

606 kDa, 42 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.400, 211.630, 203.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 2種, 28分子 ADGJMPSVYbehknBEHKNQTWZcfilo

#1: タンパク質	TraF protein / TNF receptor associated factor 分子量: 24293.094 Da / 分子数: 14 / 断片: TraF C-terminal domain, UNP residues 160-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: traF / プラスミド: IBA3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q46705
#2: タンパク質	TraO protein 分子量: 15323.768 Da / 分子数: 14 / 断片: TraO C-terminal domain, UNP residues 160-294 / 由来タイプ: 組換発現詳細: All the three genes were expressed under the control of a single tet promoter. 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: traO / プラスミド: IBA3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q46704

#1: タンパク質

TraF protein /

TNF receptor associated factor

分子量: 24293.094 Da / 分子数: 14 / 断片: TraF C-terminal domain, UNP residues 160-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: traF / プラスミド: IBA3C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q46705

#2: タンパク質

TraO protein

分子量: 15323.768 Da / 分子数: 14 / 断片: TraO C-terminal domain, UNP residues 160-294 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: All the three genes were expressed under the control of a single tet promoter.
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: traO / プラスミド: IBA3C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q46704

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 14分子 CFILORUXadgjmp

#3: タンパク質・ペプチド	TraN protein 分子量: 3635.925 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 15-48 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: traN / プラスミド: IBA3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q46702

-
非ポリマー , 3種, 1294分子

#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide 分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	AUTHOR INDICATED THE SEQUENCE IN THE DATABASE (UNIPROT Q46705) AT THIS POSITION IS WRONG. ...AUTHOR INDICATED THE SEQUENCE IN THE DATABASE (UNIPROT Q46705) AT THIS POSITION IS WRONG. SEQUENCING RESULTS AND ELECTRON DENSITY FOR A CLEAR ARG SIDECHAIN CONFIRM THAT RESIDUE 308 IN TRAF IS INDEED AN ARG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20-40% w/v MPD, 100mM Bis-Tris pH 6.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.9755
シンクロトロン	SOLEIL	PROXIMA 1	2	0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2009年2月12日	torroidal focussing mirrors
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2009年1月29日	Adjustable focus mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Channel cut ESRF monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Channel cut cryogenically cooled monochromator crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9755	1
2	0.979	1

反射

解像度: 2.6→52.91 Å / Num. all: 519405 / Num. obs: 496105 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.98 % / B_iso Wilson estimate: 42 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.12

反射シェル

解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 1.98 % / R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 98005 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: EMDB entry 5034, Cryo-EM structure of trypsin digested core TraF/TraN/TraO complex

解像度: 2.6→52.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 8.093 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE SF FILE HAS Fplus and Fminus columns for friedel pairs.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25935	12939	5 %	RANDOM
R_work	0.22725	-	-	-
obs	0.22885	496104	95.5 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.277 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→52.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	37512	0	40	1290	38842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	38268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.985	1.954	51960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.146	5	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.873	24.115	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.088	15	6314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.24	15	308
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	29090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.865	1.5	24374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.678	2	39387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.123	3	13894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.962	4.5	12573

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	D	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	G	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	J	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	M	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	P	768	tight positional	0.06	0.05
1	1	S	768	tight positional	0.06	0.05
1	1	V	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	Y	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	b	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	e	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	h	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	k	768	tight positional	0.05	0.05
1	1	n	768	tight positional	0.05	0.05
2	2	B	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	E	1033	tight positional	0.05	0.05
2	2	H	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	K	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	N	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	Q	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	T	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	W	1033	tight positional	0.05	0.05
2	2	Z	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	c	1033	tight positional	0.05	0.05
2	2	f	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	i	1033	tight positional	0.06	0.05
2	2	l	1033	tight positional	0.05	0.05
2	2	o	1033	tight positional	0.07	0.05
3	3	C	181	tight positional	0.08	0.05
3	3	F	181	tight positional	0.05	0.05
3	3	I	181	tight positional	0.05	0.05
3	3	L	181	tight positional	0.06	0.05
3	3	O	181	tight positional	0.05	0.05
3	3	R	181	tight positional	0.05	0.05
3	3	U	181	tight positional	0.09	0.05
3	3	X	181	tight positional	0.05	0.05
3	3	a	181	tight positional	0.04	0.05
3	3	d	181	tight positional	0.05	0.05
3	3	g	181	tight positional	0.06	0.05
3	3	j	181	tight positional	0.06	0.05
3	3	m	181	tight positional	0.05	0.05
3	3	p	181	tight positional	0.08	0.05
1	1	A	656	loose positional	0.1	5
1	1	D	656	loose positional	0.07	5
1	1	G	656	loose positional	0.06	5
1	1	J	656	loose positional	0.06	5
1	1	M	656	loose positional	0.06	5
1	1	P	656	loose positional	0.06	5
1	1	S	656	loose positional	0.07	5
1	1	V	656	loose positional	0.06	5
1	1	Y	656	loose positional	0.06	5
1	1	b	656	loose positional	0.06	5
1	1	e	656	loose positional	0.11	5
1	1	h	656	loose positional	0.06	5
1	1	k	656	loose positional	0.06	5
1	1	n	656	loose positional	0.07	5
1	1	A	768	tight thermal	0.17	0.5
1	1	D	768	tight thermal	0.15	0.5
1	1	G	768	tight thermal	0.15	0.5
1	1	J	768	tight thermal	0.16	0.5
1	1	M	768	tight thermal	0.17	0.5
1	1	P	768	tight thermal	0.16	0.5
1	1	S	768	tight thermal	0.17	0.5
1	1	V	768	tight thermal	0.15	0.5
1	1	Y	768	tight thermal	0.16	0.5
1	1	b	768	tight thermal	0.15	0.5
1	1	e	768	tight thermal	0.16	0.5
1	1	h	768	tight thermal	0.16	0.5
1	1	k	768	tight thermal	0.17	0.5
1	1	n	768	tight thermal	0.17	0.5
2	2	B	1033	tight thermal	0.18	0.5
2	2	E	1033	tight thermal	0.15	0.5
2	2	H	1033	tight thermal	0.15	0.5
2	2	K	1033	tight thermal	0.15	0.5
2	2	N	1033	tight thermal	0.16	0.5
2	2	Q	1033	tight thermal	0.16	0.5
2	2	T	1033	tight thermal	0.16	0.5
2	2	W	1033	tight thermal	0.15	0.5
2	2	Z	1033	tight thermal	0.16	0.5
2	2	c	1033	tight thermal	0.15	0.5
2	2	f	1033	tight thermal	0.17	0.5
2	2	i	1033	tight thermal	0.16	0.5
2	2	l	1033	tight thermal	0.14	0.5
2	2	o	1033	tight thermal	0.16	0.5
3	3	C	181	tight thermal	0.16	0.5
3	3	F	181	tight thermal	0.13	0.5
3	3	I	181	tight thermal	0.15	0.5
3	3	L	181	tight thermal	0.15	0.5
3	3	O	181	tight thermal	0.15	0.5
3	3	R	181	tight thermal	0.14	0.5
3	3	U	181	tight thermal	0.18	0.5
3	3	X	181	tight thermal	0.14	0.5
3	3	a	181	tight thermal	0.14	0.5
3	3	d	181	tight thermal	0.13	0.5
3	3	g	181	tight thermal	0.15	0.5
3	3	j	181	tight thermal	0.14	0.5
3	3	m	181	tight thermal	0.13	0.5
3	3	p	181	tight thermal	0.15	0.5
1	1	A	656	loose thermal	0.18	10
1	1	D	656	loose thermal	0.17	10
1	1	G	656	loose thermal	0.18	10
1	1	J	656	loose thermal	0.18	10
1	1	M	656	loose thermal	0.18	10
1	1	P	656	loose thermal	0.19	10
1	1	S	656	loose thermal	0.19	10
1	1	V	656	loose thermal	0.18	10
1	1	Y	656	loose thermal	0.19	10
1	1	b	656	loose thermal	0.19	10
1	1	e	656	loose thermal	0.18	10
1	1	h	656	loose thermal	0.19	10
1	1	k	656	loose thermal	0.18	10
1	1	n	656	loose thermal	0.19	10

LS精密化シェル

解像度: 2.602→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	911	-
R_work	0.263	17313	-
obs	-	98005	100 %

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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