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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jct | ||||||
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タイトル | Cryo-em structure of eukaryotic pre-60S ribosomal subunits | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / pre-60S ribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear exosome (RNase complex) / 加水分解酵素 / PeBoW complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / 7S RNA binding / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity ...protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear exosome (RNase complex) / 加水分解酵素 / PeBoW complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / 7S RNA binding / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / proteasome binding / ribosomal subunit export from nucleus / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ATPase activator activity / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / ribonucleoprotein complex binding / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / nuclear periphery / small-subunit processome / proteasome complex / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / オートファジー / protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / metallopeptidase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / protein transport / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ATPase binding / negative regulation of translation / nucleic acid binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, S. / Kumcuoglu, B. / Yan, K.G. / Brown, H. / Zhang, Y.X. / Tan, D. / Gamalinda, M. / Yuan, Y. / Li, Z.F. / Jakovljevic, J. ...Wu, S. / Kumcuoglu, B. / Yan, K.G. / Brown, H. / Zhang, Y.X. / Tan, D. / Gamalinda, M. / Yuan, Y. / Li, Z.F. / Jakovljevic, J. / Ma, C.Y. / Lei, J.L. / Dong, M.Q. / Woolford Jr., J.L. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Diverse roles of assembly factors revealed by structures of late nuclear pre-60S ribosomes. 著者: Shan Wu / Beril Tutuncuoglu / Kaige Yan / Hailey Brown / Yixiao Zhang / Dan Tan / Michael Gamalinda / Yi Yuan / Zhifei Li / Jelena Jakovljevic / Chengying Ma / Jianlin Lei / Meng-Qiu Dong / ...著者: Shan Wu / Beril Tutuncuoglu / Kaige Yan / Hailey Brown / Yixiao Zhang / Dan Tan / Michael Gamalinda / Yi Yuan / Zhifei Li / Jelena Jakovljevic / Chengying Ma / Jianlin Lei / Meng-Qiu Dong / John L Woolford / Ning Gao / 要旨: Ribosome biogenesis is a highly complex process in eukaryotes, involving temporally and spatially regulated ribosomal protein (r-protein) binding and ribosomal RNA remodelling events in the ...Ribosome biogenesis is a highly complex process in eukaryotes, involving temporally and spatially regulated ribosomal protein (r-protein) binding and ribosomal RNA remodelling events in the nucleolus, nucleoplasm and cytoplasm. Hundreds of assembly factors, organized into sequential functional groups, facilitate and guide the maturation process into productive assembly branches in and across different cellular compartments. However, the precise mechanisms by which these assembly factors function are largely unknown. Here we use cryo-electron microscopy to characterize the structures of yeast nucleoplasmic pre-60S particles affinity-purified using the epitope-tagged assembly factor Nog2. Our data pinpoint the locations and determine the structures of over 20 assembly factors, which are enriched in two areas: an arc region extending from the central protuberance to the polypeptide tunnel exit, and the domain including the internal transcribed spacer 2 (ITS2) that separates 5.8S and 25S ribosomal RNAs. In particular, two regulatory GTPases, Nog2 and Nog1, act as hub proteins to interact with multiple, distant assembly factors and functional ribosomal RNA elements, manifesting their critical roles in structural remodelling checkpoints and nuclear export. Moreover, our snapshots of compositionally and structurally different pre-60S intermediates provide essential mechanistic details for three major remodelling events before nuclear export: rotation of the 5S ribonucleoprotein, construction of the active centre and ITS2 removal. The rich structural information in our structures provides a framework to dissect molecular roles of diverse assembly factors in eukaryotic ribosome assembly. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 3jct.cif.gz | 3.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jct.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 3jct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jct | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+60S ribosomal protein ... , 35種, 35分子 ABCDEFGHJLMNOPQRSTUVXYZacdefgh...
-タンパク質 , 9種, 9分子 IKnswyz45
#9: タンパク質 | 分子量: 18546.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08004 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38779 |
#40: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53261 |
#45: タンパク質 | 分子量: 57798.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40010 |
#49: タンパク質 | 分子量: 23001.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08746 |
#51: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
#52: タンパク質 | 分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38202 |
#56: タンパク質 | 分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03862 |
#57: タンパク質 | 分子量: 14460.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53188 |
-Ribosome assembly ... , 2種, 2分子 Wx
#23: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201 |
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#50: タンパク質 | 分子量: 57106.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25382 |
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 bm
#28: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892 |
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#39: タンパク質 | 分子量: 55585.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53742 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 6種, 6分子 oqrtuv
#41: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53927 |
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#43: タンパク質 | 分子量: 52667.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12080 |
#44: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078 |
#46: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40693 |
#47: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915 |
#48: タンパク質 | 分子量: 39665.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36160 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 1236
#53: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: NR_132209.1 |
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#54: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: NR_132211.1 |
#55: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: NR_132224.1 |
#58: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: NR_132210.1 |
-非ポリマー , 3種, 8分子
#59: 化合物 | ChemComp-ZN / #60: 化合物 | #61: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: state1 of pre-60S ribosome subunit / タイプ: RIBOSOME |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年11月7日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.08 Å / 粒子像の数: 191848 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4V88 Accession code: 4V88 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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