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- PDB-3jbn: Cryo-electron microscopy reconstruction of the Plasmodium falcipa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jbn
タイトルCryo-electron microscopy reconstruction of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to P-tRNA
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 42
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • P-tRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Translesion Synthesis by POLH / : / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / : / Metalloprotease DUBs ...RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Translesion Synthesis by POLH / : / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / : / Metalloprotease DUBs / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Aggrephagy / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / : / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S12e / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site ...Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S12e / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L30e, conserved site / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L37ae
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L18-2, putative ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / Large ribosomal subunit protein eL43 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein eS12 / 60S ribosomal protein L7, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L32 / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L2 / 40S ribosomal protein S11 / 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L31 / 40S ribosomal protein S17, putative / 60S ribosomal protein L36 / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 40S ribosomal protein S5, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 60S ribosomal protein L11a, putative / 60S ribosomal protein L34 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S15 / 60S ribosomal protein L17, putative / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L6-2, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S21 / 60S ribosomal protein L35ae, putative / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L38 / 40S ribosomal protein S18, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L30e, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 40S ribosomal protein S20e, putative / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S28e, putative / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S5 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L21 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L5, putative / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L10, putative / 40S ribosomal protein S8
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Sun, M. / Li, W. / Blomqvist, K. / Das, S. / Hashem, Y. / Dvorin, J.D. / Frank, J.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2015
タイトル: Dynamical features of the Plasmodium falciparum ribosome during translation.
著者: Ming Sun / Wen Li / Karin Blomqvist / Sanchaita Das / Yaser Hashem / Jeffrey D Dvorin / Joachim Frank /
要旨: Plasmodium falciparum, the mosquito-transmitted Apicomplexan parasite, causes the most severe form of human malaria. In the asexual blood-stage, the parasite resides within erythrocytes where it ...Plasmodium falciparum, the mosquito-transmitted Apicomplexan parasite, causes the most severe form of human malaria. In the asexual blood-stage, the parasite resides within erythrocytes where it proliferates, multiplies and finally spreads to new erythrocytes. Development of drugs targeting the ribosome, the site of protein synthesis, requires specific knowledge of its structure and work cycle, and, critically, the ways they differ from those in the human host. Here, we present five cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of ribosomes purified from P. falciparum blood-stage schizonts at sub-nanometer resolution. Atomic models were built from these density maps by flexible fitting. Significantly, our study has taken advantage of new capabilities of cryo-EM, in visualizing several structures co-existing in the sample at once, at a resolution sufficient for building atomic models. We have discovered structural and dynamic features that differentiate the ribosomes of P. falciparum from those of mammalian system. Prompted by the absence of RACK1 on the ribosome in our and an earlier study we confirmed that RACK1 does not specifically co-purify with the 80S fraction in schizonts. More extensive studies, using cryo-EM methodology, of translation in the parasite will provide structural knowledge that may lead to development of novel anti-malarials.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine.
著者: Wilson Wong / Xiao-chen Bai / Alan Brown / Israel S Fernandez / Eric Hanssen / Melanie Condron / Yan Hong Tan / Jake Baum / Sjors H W Scheres /
要旨: Malaria inflicts an enormous burden on global human health. The emergence of parasite resistance to front-line drugs has prompted a renewed focus on the repositioning of clinically approved drugs as ...Malaria inflicts an enormous burden on global human health. The emergence of parasite resistance to front-line drugs has prompted a renewed focus on the repositioning of clinically approved drugs as potential anti-malarial therapies. Antibiotics that inhibit protein translation are promising candidates for repositioning. We have solved the cryo-EM structure of the cytoplasmic ribosome from the human malaria parasite, Plasmodium falciparum, in complex with emetine at 3.2 Å resolution. Emetine is an anti-protozoan drug used in the treatment of ameobiasis that also displays potent anti-malarial activity. Emetine interacts with the E-site of the ribosomal small subunit and shares a similar binding site with the antibiotic pactamycin, thereby delivering its therapeutic effect by blocking mRNA/tRNA translocation. As the first cryo-EM structure that visualizes an antibiotic bound to any ribosome at atomic resolution, this establishes cryo-EM as a powerful tool for screening and guiding the design of drugs that target parasite translation machinery.
履歴
登録2015年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6456
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 18S ribosomal RNA
7: P-tRNA
D: 40S ribosomal protein uS3
E: 40S ribosomal protein uS4
G: 40S ribosomal protein uS5
I: 40S ribosomal protein uS7
K: 40S ribosomal protein uS8
M: 40S ribosomal protein uS9
W: 40S ribosomal protein eS17
R: 40S ribosomal protein eS12
O: 40S ribosomal protein eS10
Y: 40S ribosomal protein eS19
Z: 40S ribosomal protein eS21
1: 40S ribosomal protein eS24
2: 40S ribosomal protein eS25
3: 40S ribosomal protein eS26
4: 40S ribosomal protein eS27
5: 40S ribosomal protein eS28
6: 40S ribosomal protein eS30
B: 40S ribosomal protein eS1
F: 40S ribosomal protein eS4
H: 40S ribosomal protein eS6
J: 40S ribosomal protein eS7
L: 40S ribosomal protein eS8
N: 40S ribosomal protein uS10
P: 40S ribosomal protein uS11
Q: 40S ribosomal protein uS12
S: 40S ribosomal protein uS13
T: 40S ribosomal protein uS14
U: 40S ribosomal protein uS15
V: 40S ribosomal protein uS17
X: 40S ribosomal protein uS19
C: 40S ribosomal protein uS2
AA: 28S ribosomal RNA
AC: 5.8S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AL: 60S ribosomal protein eL13
A1: 60S ribosomal protein eL27
A2: 60S ribosomal protein eL28
A4: 60S ribosomal protein eL29
A6: 60S ribosomal protein eL30
A7: 60S ribosomal protein eL31
AN: 60S ribosomal protein eL14
A8: 60S ribosomal protein eL32
A9: 60S ribosomal protein eL33
Aa: 60S ribosomal protein eL34
Ab: 60S ribosomal protein eL36
Ad: 60S ribosomal protein eL38
Ae: 60S ribosomal protein eL39
Af: 60S ribosomal protein eL40
AP: 60S ribosomal protein eL15
Ah: 60S ribosomal protein eL43
Ai: 60S ribosomal protein eL44
AI: 60S ribosomal protein eL6
AJ: 60S ribosomal protein eL8
Ac: 60S ribosomal protein eL37
AK: 60S ribosomal protein uL13
AM: 60S ribosomal protein uL14
AS: 60S ribosomal protein eL18
AO: 60S ribosomal protein uL15
AQ: 60S ribosomal protein uL16
AR: 60S ribosomal protein uL18
AW: 60S ribosomal protein uL22
AY: 60S ribosomal protein uL23
AT: 60S ribosomal protein eL19
AZ: 60S ribosomal protein uL24
A3: 60S ribosomal protein uL29
A5: 60S ribosomal protein uL30
AD: 60S ribosomal protein uL2
AE: 60S ribosomal protein uL3
AF: 60S ribosomal protein uL4
AG: 60S ribosomal protein uL5
AU: 60S ribosomal protein eL20
AH: 60S ribosomal protein uL6
AV: 60S ribosomal protein eL21
Ag: 60S ribosomal protein eL41
AX: 60S ribosomal protein eL22
A0: 60S ribosomal protein eL24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,889,42678
ポリマ－2,889,42678
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 A7AAACAB

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 517983.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#2: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24496.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#34: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1027642.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#35: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 48656.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#36: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38104.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 DEGIKMWROYZ123456BFHJLNPQSTUVXC

#3: タンパク質 40S ribosomal protein uS3 /


分子量: 23420.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKH8
#4: タンパク質 40S ribosomal protein uS4 /


分子量: 21711.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R0
#5: タンパク質 40S ribosomal protein uS5 /


分子量: 24995.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IL02
#6: タンパク質 40S ribosomal protein uS7 /


分子量: 21263.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBN5
#7: タンパク質 40S ribosomal protein uS8 /


分子量: 14769.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77395
#8: タンパク質 40S ribosomal protein uS9 /


分子量: 15599.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IAX5
#9: タンパク質 40S ribosomal protein eS17 /


分子量: 12665.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I502
#10: タンパク質 40S ribosomal protein eS12 /


分子量: 12505.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97249
#11: タンパク質 40S ribosomal protein eS10 /


分子量: 9714.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ5
#12: タンパク質 40S ribosomal protein eS19 /


分子量: 17935.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IFP2
#13: タンパク質 40S ribosomal protein eS21 /


分子量: 7966.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHS5
#14: タンパク質 40S ribosomal protein eS24 /


分子量: 14008.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R6
#15: タンパク質 40S ribosomal protein eS25 /


分子量: 7645.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILN8
#16: タンパク質 40S ribosomal protein eS26 /


分子量: 11201.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96258
#17: タンパク質 40S ribosomal protein eS27 /


分子量: 8469.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEN2
#18: タンパク質 40S ribosomal protein eS28 /


分子量: 7220.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKL9
#19: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein eS30 /


分子量: 4925.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96269
#20: タンパク質 40S ribosomal protein eS1 /


分子量: 24524.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97313
#21: タンパク質 40S ribosomal protein eS4 /


分子量: 29357.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIU8
#22: タンパク質 40S ribosomal protein eS6 /


分子量: 24612.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDR9
#23: タンパク質 40S ribosomal protein eS7 /


分子量: 21804.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IET7
#24: タンパク質 40S ribosomal protein eS8 /


分子量: 24717.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IM10
#25: タンパク質 40S ribosomal protein uS10 /


分子量: 11066.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IK02
#26: タンパク質 40S ribosomal protein uS11 /


分子量: 13610.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3U6
#27: タンパク質 40S ribosomal protein uS12 /


分子量: 16035.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97248
#28: タンパク質 40S ribosomal protein uS13 /


分子量: 14920.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIA2
#29: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein uS14 /


分子量: 5798.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4K8
#30: タンパク質 40S ribosomal protein uS15 /


分子量: 17098.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDB0
#31: タンパク質 40S ribosomal protein uS17 /


分子量: 18283.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77381
#32: タンパク質 40S ribosomal protein uS19 /


分子量: 11924.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5C2
#33: タンパク質 40S ribosomal protein uS2 /


分子量: 21925.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJD4

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 ALA1A2A4A6A7ANA8A9AaAbAdAeAfAPAhAiAIAJAcAKAMASAOAQARAWAYATAZ...

#37: タンパク質 60S ribosomal protein eL13 /


分子量: 24964.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IAX6
#38: タンパク質 60S ribosomal protein eL27 /


分子量: 16653.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKM5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein eL28 /


分子量: 13377.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHU0
#40: タンパク質 60S ribosomal protein eL29 /


分子量: 7910.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3J6
#41: タンパク質 60S ribosomal protein eL30 /


分子量: 10644.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJK8
#42: タンパク質 60S ribosomal protein eL31 /


分子量: 12051.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I463
#43: タンパク質 60S ribosomal protein eL14 /


分子量: 17139.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILE8
#44: タンパク質 60S ribosomal protein eL32 /


分子量: 14817.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3B0
#45: タンパク質 60S ribosomal protein eL33 /


分子量: 11982.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHT9
#46: タンパク質 60S ribosomal protein eL34 /


分子量: 12291.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBY4
#47: タンパク質 60S ribosomal protein eL36 /


分子量: 12026.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I713
#48: タンパク質 60S ribosomal protein eL38 /


分子量: 9080.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8II62
#49: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein eL39 /


分子量: 6409.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4H3
#50: タンパク質 60S ribosomal protein eL40 /


分子量: 5971.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ID50
#51: タンパク質 60S ribosomal protein eL15 /


分子量: 24066.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4A6
#52: タンパク質 60S ribosomal protein eL43 /


分子量: 9477.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96184
#53: タンパク質 60S ribosomal protein eL44 /


分子量: 11228.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97231
#54: タンパク質 60S ribosomal protein eL6 /


分子量: 24696.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDV1
#55: タンパク質 60S ribosomal protein eL8 /


分子量: 28384.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL2
#56: タンパク質 60S ribosomal protein eL37 /


分子量: 10155.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4L5
#57: タンパク質 60S ribosomal protein uL13 /


分子量: 23642.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJZ7
#58: タンパク質 60S ribosomal protein uL14 /


分子量: 14255.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE09
#59: タンパク質 60S ribosomal protein eL18 /


分子量: 21377.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5G3
#60: タンパク質 60S ribosomal protein uL15 /


分子量: 16634.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KT23
#61: タンパク質 60S ribosomal protein uL16 /


分子量: 23612.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILV2
#62: タンパク質 60S ribosomal protein uL18 /


分子量: 33473.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL3
#63: タンパク質 60S ribosomal protein uL22 /


分子量: 19071.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDI5
#64: タンパク質 60S ribosomal protein uL23 /


分子量: 11431.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE82
#65: タンパク質 60S ribosomal protein eL19 /


分子量: 21509.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KSY6
#66: タンパク質 60S ribosomal protein uL24 /


分子量: 14281.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77364
#67: タンパク質 60S ribosomal protein uL29 /


分子量: 14173.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIB4
#68: タンパク質 60S ribosomal protein uL30 /


分子量: 26650.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97250
#69: タンパク質 60S ribosomal protein uL2 /


分子量: 26630.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3T9
#70: タンパク質 60S ribosomal protein uL3 /


分子量: 43629.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJC6
#71: タンパク質 60S ribosomal protein uL4 /


分子量: 44081.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I431
#72: タンパク質 60S ribosomal protein uL5 /


分子量: 18605.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ6
#73: タンパク質 60S ribosomal protein eL20 /


分子量: 21304.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDS6
#74: タンパク質 60S ribosomal protein uL6 /


分子量: 21004.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE85
#75: タンパク質 60S ribosomal protein eL21 /


分子量: 18173.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILK3
#76: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein eL41 /


分子量: 4906.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3G4
#77: タンパク質 60S ribosomal protein eL22 /


分子量: 11680.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IB51
#78: タンパク質 60S ribosomal protein eL24 /


分子量: 7383.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEM3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to P-tRNA / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 10 mM HEPES potassium, 50 mM KOAc, 10 mM NH4Cl, 2 mM DTT, 5 mM Mg(OAc)2
pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES potassium, 50 mM KOAc, 10 mM NH4Cl, 2 mM DTT, 5 mM Mg(OAc)2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 300 mesh Copper/Molbydenum holey carton-coated Quantifoil R2/4 grid, containing an additional continuous thin layer of carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
手法: Blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2013年10月13日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 23000 X / 倍率（補正後）: 30120 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: GATAN HELIUM
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 5734

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2MDFFモデルフィッティング
3Arachnid粒子像選択
4RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14696 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.66 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.66 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--Flexible fitting
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13J7A

3j7a

13J7A1PDBexperimental model
23J79

3j79

13J792PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数83613 109448 0 0 193061

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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