[日本語] English
万見
- PDB-3jaa: HUMAN DNA POLYMERASE ETA in COMPLEX WITH NORMAL DNA AND INCO NUCL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jaa
タイトルHUMAN DNA POLYMERASE ETA in COMPLEX WITH NORMAL DNA AND INCO NUCLEOTIDE (NRM)
要素
  • DNA (5'-D(*T*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3')
  • DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE/DNA / POL ETA / POLYMERASE (ポリメラーゼ) / THYMINE DIMER / CPD / XPV / XERODERMA PIGM VARIANT / DNA DAMAGE (DNA修復) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / DNA複製 / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / DNA複製 / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA修復 / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. ...Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DZ4 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22 Å
データ登録者Lau, W.C.Y. / Li, Y. / Zhang, Q. / Huen, M.S.Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Molecular architecture of the Ub-PCNA/Pol η complex bound to DNA.
著者: Wilson C Y Lau / Yinyin Li / Qinfen Zhang / Michael S Y Huen /
要旨: Translesion synthesis (TLS) is the mechanism by which DNA polymerases replicate through unrepaired DNA lesions. TLS is activated by monoubiquitination of the homotrimeric proliferating cell nuclear ...Translesion synthesis (TLS) is the mechanism by which DNA polymerases replicate through unrepaired DNA lesions. TLS is activated by monoubiquitination of the homotrimeric proliferating cell nuclear antigen (PCNA) at lysine-164, followed by the switch from replicative to specialized polymerases at DNA damage sites. Pol η belongs to the Y-Family of specialized polymerases that can efficiently bypass UV-induced lesions. Like other members of the Y-Family polymerases, its recruitment to the damaged sites is mediated by the interaction with monoubiquitinated PCNA (Ub-PCNA) via its ubiquitin-binding domain and non-canonical PCNA-interacting motif in the C-terminal region. The structural determinants underlying the direct recognition of Ub-PCNA by Pol η, or Y-Family polymerases in general, remain largely unknown. Here we report a structure of the Ub-PCNA/Pol η complex bound to DNA determined by single-particle electron microscopy (EM). The overall obtained structure resembles that of the editing PCNA/PolB complex. Analysis of the map revealed the conformation of ubiquitin that binds the C-terminal domain of Pol η. Our present study suggests that the Ub-PCNA/Pol η interaction requires the formation of a structured binding interface, which is dictated by the inherent flexibility of Ub-PCNA.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_sites / cell ...atom_sites / cell / database_2 / em_image_scans
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_software / struct_ref_seq_dif
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_vitrification / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6339
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • PDB-3ja9 との合成表示
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6339
  • + PDB-3ja9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: DNA (5'-D(*T*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3
P: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,87213
ポリマ－55,2903
非ポリマー1,58210
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / / RAD30 homolog A / Xeroderma pigmentosum variant type protein


分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE (RESIDUES 1-432) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9Y253, DNAポリメラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*T*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3


分子量: 3941.584 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA TEMPLATE / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量: 2730.810 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA PRIMER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 412分子

#4: 化合物 ChemComp-DZ4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine


分子量: 490.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O11P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ub-PCNA/Pol eta/DNA / タイプ: COMPLEX
詳細: Monomeric catalytic core of Pol eta binds to one homotrimeric Ub-PCNA
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: YES
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
詳細: 50 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2 (Stain Details Grids with adsorbed protein floated on two 20 ul drops of 2% w/v uranyl acetate solution for 30 seconds)
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
試料支持詳細: Continuous carbon coated copper grids (Ted Pella), glow-discharged for 30 seconds

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2010 / 日付: 2014年11月12日
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 18 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN2３次元再構成
CTF補正詳細: Particles
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Projection matching / 解像度: 22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7330 / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C1) / クラス平均像の数: 227 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 3MR2

3mr2


Accession code: 3MR2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る