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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j8i | ||||||
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タイトル | Near-Atomic Resolution for One State of F-Actin | ||||||
要素 | Actin, alpha skeletal muscle | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / helical polymer / F-actin (アクチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
データ登録者 | Galkin, V.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Near-atomic resolution for one state of F-actin. 著者: Vitold E Galkin / Albina Orlova / Matthijn R Vos / Gunnar F Schröder / Edward H Egelman / 要旨: Actin functions as a helical polymer, F-actin, but attempts to build an atomic model for this filament have been hampered by the fact that the filament cannot be crystallized and by structural ...Actin functions as a helical polymer, F-actin, but attempts to build an atomic model for this filament have been hampered by the fact that the filament cannot be crystallized and by structural heterogeneity. We have used a direct electron detector, cryo-electron microscopy, and the forces imposed on actin filaments in thin films to reconstruct one state of the filament at 4.7 Å resolution, which allows for building a reliable pseudo-atomic model of F-actin. We also report a different state of the filament where actin protomers adopt a conformation observed in the crystal structure of the G-actin-profilin complex with an open ATP-binding cleft. Comparison of the two structural states provides insights into ATP-hydrolysis and filament dynamics. The atomic model provides a framework for understanding why every buried residue in actin has been under intense selective pressure. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j8i.cif.gz | 335.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j8i.ent.gz | 278 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/3j8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/3j8i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 5 / Rise per n subunits: 27.6 Å / Rotation per n subunits: -166.7 °) |
詳細 | Actin forms a helical filament of indeterminate length. The designation "pentameric" in REMARK 350 is an artifact of the PDB format and can be disregarded. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42096.953 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle骨格筋 / 参照: UniProt: P68135 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Skeletal muscle actin / タイプ: COMPLEX / 詳細: polymer |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月9日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 850 |
-解析
EMソフトウェア |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 166.7 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.6 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC / ピクセルサイズ(公称値): 1.05 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.05 Å / 詳細: (Helical Details: IHRSR) / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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