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万見
- PDB-3j2h: Dissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j2h
タイトルDissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reveals the role of RimM
要素16S rRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / 30S subunit assembly / RimM
機能・相同性: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.8 Å
データ登録者Guo, Q. / Goto, S. / Chen, Y. / Muto, A. / Himeno, H. / Deng, H. / Lei, J. / Gao, N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013
タイトル: Dissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reveals the role of RimM and general features of the assembly process.
著者: Qiang Guo / Simon Goto / Yuling Chen / Boya Feng / Yanji Xu / Akira Muto / Hyouta Himeno / Haiteng Deng / Jianlin Lei / Ning Gao /
要旨: Ribosome biogenesis is a tightly regulated, multi-stepped process. The assembly of ribosomal subunits is a central step of the complex biogenesis process, involving nearly 30 protein factors in vivo ...Ribosome biogenesis is a tightly regulated, multi-stepped process. The assembly of ribosomal subunits is a central step of the complex biogenesis process, involving nearly 30 protein factors in vivo in bacteria. Although the assembly process has been extensively studied in vitro for over 40 years, very limited information is known for the in vivo process and specific roles of assembly factors. Such an example is ribosome maturation factor M (RimM), a factor involved in the late-stage assembly of the 30S subunit. Here, we combined quantitative mass spectrometry and cryo-electron microscopy to characterize the in vivo 30S assembly intermediates isolated from mutant Escherichia coli strains with genes for assembly factors deleted. Our compositional and structural data show that the assembly of the 3'-domain of the 30S subunit is severely delayed in these intermediates, featured with highly underrepresented 3'-domain proteins and large conformational difference compared with the mature 30S subunit. Further analysis indicates that RimM functions not only to promote the assembly of a few 3'-domain proteins but also to stabilize the rRNA tertiary structure. More importantly, this study reveals intriguing similarities and dissimilarities between the in vitro and the in vivo assembly pathways, suggesting that they are in general similar but with subtle differences.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22013年3月13日Group: Other
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5510
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: 16S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,8921
ポリマ－496,8921
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 170787319

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: immature ribosomal small subunit from rimm gene deleted E.coli strain treated with RimM in vitro
タイプ: RIBOSOME
分子量値: 0.8 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150mM NH4Cl, 10mM Tris-HCL, 10mM MgCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 150mM NH4Cl, 10mM Tris-HCL, 10mM MgCl2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 手法: Blot for 1 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: Weiner filter
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Reference Projections / 解像度: 18.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 11474
詳細: Details about the particle: This is a classification volume (No. 5) using ML3D methods.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Initial local fitting was done using Chimera and then MDFF was used for flexible fitting DETAILS--ref- Trabuco, L.G., Villa, E., Mitra, K., Frank, J. and Schulten, K. ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Initial local fitting was done using Chimera and then MDFF was used for flexible fitting DETAILS--ref- Trabuco, L.G., Villa, E., Mitra, K., Frank, J. and Schulten, K. (2008) Flexible fitting of atomic structures into electron microscopy maps using molecular dynamics. Structure, 16, 673-683
原子モデル構築PDB-ID: 3OFA

3ofa
PDB 未公開エントリ


PDB chain-ID: A / Accession code: 3OFA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 32892 0 0 32892

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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