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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iyr | ||||||
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タイトル | tmRNA-SmpB: a journey to the center of the bacterial ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN/RNA (リボソーム) / TMRNA (TmRNA) / SMPB / RIBOSOME (リボソーム) / TRANS-TRANSLATION (TmRNA) / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA complex (リボソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13 Å | ||||||
データ登録者 | Weis, F. / Bron, P. / Giudice, E. / Rolland, J.P. / Thomas, D. / Felden, B. / Gillet, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2010 タイトル: tmRNA-SmpB: a journey to the centre of the bacterial ribosome. 著者: Félix Weis / Patrick Bron / Emmanuel Giudice / Jean-Paul Rolland / Daniel Thomas / Brice Felden / Reynald Gillet / 要旨: Ribosomes mediate protein synthesis by decoding the information carried by messenger RNAs (mRNAs) and catalysing peptide bond formation between amino acids. When bacterial ribosomes stall on ...Ribosomes mediate protein synthesis by decoding the information carried by messenger RNAs (mRNAs) and catalysing peptide bond formation between amino acids. When bacterial ribosomes stall on incomplete messages, the trans-translation quality control mechanism is activated by the transfer-messenger RNA bound to small protein B (tmRNA-SmpB ribonucleoprotein complex). Trans-translation liberates the stalled ribosomes and triggers degradation of the incomplete proteins. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of tmRNA-SmpB accommodated or translocated into stalled ribosomes. Two atomic models for each state are proposed. This study reveals how tmRNA-SmpB crosses the ribosome and how, as the problematic mRNA is ejected, the tmRNA resume codon is placed onto the ribosomal decoding site by new contacts between SmpB and the nucleotides upstream of the tag-encoding sequence. This provides a structural basis for the transit of the large tmRNA-SmpB complex through the ribosome and for the means by which the tmRNA internal frame is set for translation to resume. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iyr.cif.gz | 200.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iyr.ent.gz | 147.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iyr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/3iyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/3iyr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 112818.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17483.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RR57 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thermus thermophilus 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME |
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分子量 | 値: 2.3 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5mM Hepes-KOH (pH 7.5), 10mM NH4Cl, 10mM MgOAc, 50mM KCl, 0.1mM EDTA and 6mM BetaME |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 5mM Hepes-KOH (pH 7.5), 10mM NH4Cl, 10mM MgOAc, 50mM KCl, 0.1mM EDTA and 6mM BetaME |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 湿度: 100 % / 手法: Blot for 5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 2200FS / 日付: 2009年7月1日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 45700 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: Eucentric / 温度: 95 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each particle | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 70761 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 | PDB chain-ID: B / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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