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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ivk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Catalytic Core of an RNA Polymerase Ribozyme Complexed with an Antigen Binding Antibody Fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | immune system / RNA (免疫系) / catalytic RNA (リボザイム) / protein RNA complex / RNA polymerase ribozyme / RNA hairpin epitope / immune system - RNA complex (免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Koldobskaya, Y. / Duguid, E.M. / Shechner, D.M. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Bartel, D.P. / Piccirilli, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Crystal structure of the catalytic core of an RNA-polymerase ribozyme. 著者: Shechner, D.M. / Grant, R.A. / Bagby, S.C. / Koldobskaya, Y. / Piccirilli, J.A. / Bartel, D.P. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: A portable RNA sequence whose recognition by a synthetic antibody facilitates structural determination. 著者: Koldobskaya, Y. / Duguid, E.M. / Shechner, D.M. / Suslov, N.B. / Ye, J. / Sidhu, S.S. / Bartel, D.P. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Piccirilli, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ivk.cif.gz | 314.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ivk.ent.gz | 254.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ivk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 2分子 MC
#3: RNA鎖 | 分子量: 41299.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: syn |
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-抗体 , 2種, 4分子 LBHA
#1: 抗体 | 分子量: 23162.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: man / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 23749.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: man / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 4種, 141分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6 詳細: Fab-RNA: 10 mM Tris pH 7.6, 20.1 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA, 150 mM NaCl. Screen solution: 50 mM cacodylate pH 6.0, 20 mM NaCl, 1 mM CdCl2, 32% MPD. Cryo: Paratone-N, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 52330 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / % possible all: 79.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 35.104 / SU ML: 0.283 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.659 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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