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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ilv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a glutamine-dependent NAD(+) synthetase from Cytophaga hutchinsonii | ||||||
要素 | Glutamine-dependent NAD(+) synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / NAD(+) synthetase / Cytophaga hutchinsonii / Protein Structure Initiative II(PSI II) / NYSGXRC / 11244e / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / New York SGX Research Center for Structural Genomics / ATP-binding / NAD / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Palani, K. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a glutamine-dependent NAD(+) synthetase from Cytophaga hutchinsonii 著者: Palani, K. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ilv.cif.gz | 129.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ilv.ent.gz | 104.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ilv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/3ilv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/3ilv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72604.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア) 株: ATCC 33406/NCIMB 9469 / 遺伝子: CHU-2417, CHU_2417 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q11SE1, UniProt: A0A6N4STA8*PLUS, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate, 2.0M Sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Si(III) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→39.74 Å / Num. all: 61220 / Num. obs: 57695 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 88.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→39.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 148707.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.413 Å2 / ksol: 0.34815 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→39.74 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.79→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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