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- PDB-3gma: Glutaconyl-coA decarboxylase A subunit from Clostridium symbiosum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gma
タイトルGlutaconyl-coA decarboxylase A subunit from Clostridium symbiosum co-crystallized with glutaryl-CoA
要素Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit AグルタコニルCoAデカルボキシラーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / glutaconyl-CoA decarboxylase (グルタコニルCoAデカルボキシラーゼ) / sodium ion transport / biotin (ビオチン) / glutamate fermentation
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタコニルCoAデカルボキシラーゼ / ligase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Single Helix bin / Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / アセチルCoAカルボキシラーゼ / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...Single Helix bin / Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / アセチルCoAカルボキシラーゼ / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
glutaryl-coenzyme A / Glutaconyl-CoA decarboxylase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium symbiosum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kress, D. / Brugel, D. / Buckel, W. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: An asymmetric model for Na+-translocating glutaconyl-CoA decarboxylases
著者: Kress, D. / Brugel, D. / Schall, I. / Linder, D. / Buckel, W. / Essen, L.-O.
履歴
登録2009年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A
B: Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8114
ポリマ－130,0482
非ポリマー1,7632
水6,341352
1
A: Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A
B: Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A
ヘテロ分子

A: Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A
B: Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,6228
ポリマ－260,0964
非ポリマー3,5274
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area30200 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area69870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.472, 156.472, 141.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYSBB3 - 3793 - 379
21METMETLYSLYSAA3 - 3793 - 379
12SERSERPHEPHEBB382 - 586382 - 586
22SERSERPHEPHEAA382 - 586382 - 586

-
要素

#1: タンパク質 Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A / グルタコニルCoAデカルボキシラーゼ


分子量: 65023.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium symbiosum (バクテリア)
株: HB25 / 遺伝子: gcdA / プラスミド: pASK-IBA7plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)pLysS
参照: UniProt: B7TVP1, グルタコニルCoAデカルボキシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-GRA / glutaryl-coenzyme A / グルタリル-CoA / グルタリルCoA


分子量: 881.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H42N7O19P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.35 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: co-crystallized with substrate analogon glutaryl-CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.594→70.711 Å / Num. obs: 61822 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 6.738
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.59-2.736.10.4551.75027582740.45591.4
2.73-2.96.60.352.25646085890.35100
2.9-3.16.60.2413.25297880440.241100
3.1-3.356.60.174.54978775270.17100
3.35-3.676.60.1116.84582069210.111100
3.67-4.16.60.089.34175063000.08100
4.1-4.736.60.05812.33693555620.058100
4.73-5.86.60.05612.93143347560.056100
5.8-8.26.50.04715.22428737110.047100
8.2-70.786.10.0348.81310321380.03499.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PIX

1pix


解像度: 2.6→68.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.182 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.875 / SU B: 7.099 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / SU Rfree: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20891 700 1.1 %RANDOM
Rwork0.18911 ---
obs0.18934 61000 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.38 Å2 / Biso mean: 36.737 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0.15 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→68.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8692 0 112 352 9156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.98312241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.47651122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.80925.112401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35151494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5971540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.24433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.26202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.55732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82529015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94533723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5634.53224
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 4303 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.020.05
tight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.596→2.664 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 55 -
Rwork0.301 4154 -
all-4209 -
obs--92.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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