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万見
- PDB-3e8k: Crystal structure of HK97 Prohead II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e8k
タイトルCrystal structure of HK97 Prohead II
要素Major capsid protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / HK97 capsid fold / Capsid protein (カプシド) / Virion (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / カプシド / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Major capsid protein gp5 / hypothetical protein PF0899 domain / Major capsid protein gp5 fold / hypothetical protein PF0899 fold / Phage capsid / Phage capsid family / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Gertsman, I. / Speir, J. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: An unexpected twist in viral capsid maturation.
著者: Gertsman, I. / Gan, L. / Guttman, M. / Lee, K. / Speir, J.A. / Duda, R.L. / Hendrix, R.W. / Komives, E.A. / Johnson, J.E.
履歴
登録2008年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.52022年5月11日Group: Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: cell / pdbx_struct_assembly ...cell / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_oper
Item: _cell.Z_PDB / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._cell.Z_PDB / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,1697
ポリマ－208,1697
非ポリマー00
水0
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,490,112420
ポリマ－12,490,112420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.04 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,040,84335
ポリマ－1,040,84335
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.25 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,249,01142
ポリマ－1,249,01142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.12 MDa, 105 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,122,528105
ポリマ－3,122,528105
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)553.033, 574.390, 587.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
6generate(1), (1), (1)
7generate(-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699)
8generate(-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699)
9generate(0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699)
10generate(0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)
13generate(0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699)
14generate(-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699)
15generate(-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5)

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / Gp5 / Head protein


分子量: 29738.361 Da / 分子数: 7 / 変異: W336F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
遺伝子: 5 / 細胞株 (発現宿主): BL21-DE3(plys-S) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49861
配列の詳細THE FIRST 103 RESIDUES ARE CLEAVED. THE SEQUENCE OF PROHEAD II BEGINS AT RESIDUE 104. THERE IS ...THE FIRST 103 RESIDUES ARE CLEAVED. THE SEQUENCE OF PROHEAD II BEGINS AT RESIDUE 104. THERE IS DYNAMICS IN THE N-TERMINUS REGION THEREFORE SOME N-TERMINAL RESIDUES COULD NOT BE MODELED IN THE CRYSTAL STRUCTURE. THE CONSTRUCT WAS ALSO TRUNCATED BETWEEN RESIDUE 159-171 AND REPLACED BY THE LINKER APGD.

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 29

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM CHES pH 9.0, 200mM Manganese Chloride, 2.7% PEG 4k, 200mM NDSB-211(in drop only), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12951
22951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C10.9
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.83
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年2月18日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年4月17日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID単色(M)・ラウエ(L)
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHx-ray2M
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.831
反射解像度: 3.65→35 Å / Num. all: 656590 / Num. obs: 656590 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rsym value: 0.184 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 3.65→3.74 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 11086 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 14.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Prohead II 12A Cryo-EM model and PII 5.2A crystal structure

解像度: 3.65→35 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(I): 0
詳細: cross validation was not used and R-free was not calculated due to the high NCS symmetry (15-fold).
Rfactor反射数%反射
all0.366 656526 -
obs0.365 656526 64.8 %
原子変位パラメータBiso max: 82.86 Å2 / Biso mean: 35.6 Å2 / Biso min: 1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13590 0 0 0 13590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.49
LS精密化 シェル最高解像度: 3.65 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.366 --
obs-656590 64.8 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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