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- PDB-3do7: X-ray structure of a NF-kB p52/RelB/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3do7
タイトルX-ray structure of a NF-kB p52/RelB/DNA complex
要素
  • 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'
  • Avian reticuloendotheliosis viral (V-rel) oncogene related B
  • Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / Nucleus (Nucleus) / Activator / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ANK repeat / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm (細胞質) / Disease mutation / DNA-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene (がん遺伝子) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Ubl conjugation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / lymphocyte differentiation / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / chromatin => GO:0000785 / IkBA variant leads to EDA-ID / CD209 (DC-SIGN) signaling ...follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / lymphocyte differentiation / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / chromatin => GO:0000785 / IkBA variant leads to EDA-ID / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / germinal center formation / negative regulation of interferon-beta production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / cellular response to osmotic stress / Interleukin-1 processing / T-helper 1 type immune response / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated NF-kB activation / The NLRP3 inflammasome / antigen processing and presentation / canonical NF-kappaB signal transduction / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / spleen development / transcription repressor complex / extracellular matrix organization / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / response to cytokine / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / PKMTs methylate histone lysines / rhythmic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 炎症 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 自然免疫系 / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / シナプス / chromatin binding / host cell nucleus / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelB / Nuclear factor NF-kappa-B, p100 subunit / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain ...Transcription factor RelB / Nuclear factor NF-kappa-B, p100 subunit / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit / Transcription factor RelB / Transcription factor RelB
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Fusco, A. / Huang, D.B. / Miller, D. / Vu, D. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: NF-kapppaB p52:RelB heterodimer uses different binding modes to recognize different kappaB DNA
著者: Fusco, A. / Huang, D.B. / Miller, D. / Vu, D. / Ghosh, G.
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'
D: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'
E: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'
A: Avian reticuloendotheliosis viral (V-rel) oncogene related B
B: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5405
ポリマ－76,5405
非ポリマー00
水88349
1
C: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'
D: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'
A: Avian reticuloendotheliosis viral (V-rel) oncogene related B
B: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2064
ポリマ－73,2064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-34.9 kcal/mol
Surface area34880 Å2
手法PISA
2
E: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'

E: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6682
ポリマ－6,6682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area840 Å2
ΔGint-10.7 kcal/mol
Surface area4520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.640, 124.130, 189.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量: 3334.186 Da / 分子数: 3 / 断片: kappa B site / 由来タイプ: 合成 / 詳細: kappaB DNA
#2: タンパク質 Avian reticuloendotheliosis viral (V-rel) oncogene related B


分子量: 33514.039 Da / 分子数: 1 / 断片: RHR (UNP residues 88-383) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Relb / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VE46, UniProt: Q04863*PLUS
#3: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit / DNA-binding factor KBF2 / H2TF1 / Lymphocyte translocation chromosome 10 / Oncogene Lyt-10 / Lyt10 ...DNA-binding factor KBF2 / H2TF1 / Lymphocyte translocation chromosome 10 / Oncogene Lyt-10 / Lyt10 / Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit


分子量: 33023.820 Da / 分子数: 1 / 断片: RHR (UNP residues 37-329) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFKB2, LYT10 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q00653
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6% PEG 4000, 50 mM NaCl, 0.1% BOG, 10 mM DTT, 10 mM NaCitrate and 2 mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NaCl塩化ナトリウム11
3BOG11
4DTT11
5NaCitrate11
6Spermidineスペルミジン11
7PEG 400012
8NaCl塩化ナトリウム12
9BOG12
10DTT12
11NaCitrate12
12Spermidineスペルミジン12

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データ収集

回折平均測定温度: 106 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 16342 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 85.7 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1045 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 60

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→29.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 53121.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 851 5.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 14478 81.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10.1666 Å2 / ksol: 0.196009 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 97.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.17 Å20 Å20 Å2
2---21.71 Å20 Å2
3----8.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4595 644 0 49 5288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 62 5.3 %
Rwork0.267 1114 -
obs--40.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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