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万見
- PDB-3dkn: Sec61 in the Canine ribosome-channel complex from the endoplasmic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dkn
タイトルSec61 in the Canine ribosome-channel complex from the endoplasmic reticulum
要素
  • (Preprotein translocase subunit ...) x 3
  • RNA (32-MER)
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*UP*AP*AP*GP*C)-3')
キーワードprotein transport/RNA / Ribosome-channel complex / co-translational translocation / endoplasmic reticulum (小胞体) / protein transport-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / protein transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Menetret, J.-F. / Akey, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Single copies of Sec61 and TRAP associate with a nontranslating mammalian ribosome.
著者: Jean-François Ménétret / Ramanujan S Hegde / Mike Aguiar / Steven P Gygi / Eunyong Park / Tom A Rapoport / Christopher W Akey /
要旨: During cotranslational protein translocation, the ribosome associates with a membrane channel, formed by the Sec61 complex, and recruits the translocon-associated protein complex (TRAP). Here we ...During cotranslational protein translocation, the ribosome associates with a membrane channel, formed by the Sec61 complex, and recruits the translocon-associated protein complex (TRAP). Here we report the structure of a ribosome-channel complex from mammalian endoplasmic reticulum in which the channel has been visualized at 11 A resolution. In this complex, single copies of Sec61 and TRAP associate with a nontranslating ribosome and this stoichiometry was verified by quantitative mass spectrometry. A bilayer-like density surrounds the channel and can be attributed to lipid and detergent. The crystal structure of an archaeal homolog of the Sec61 complex was then docked into the map. In this model, two cytoplasmic loops of Sec61 may interact with RNA helices H6, H7, and H50, while the central pore is located below the ribosome tunnel exit. Hence, this copy of Sec61 is positioned to capture and translocate the nascent chain. Finally, we show that mammalian and bacterial ribosome-channel complexes have similar architectures.
履歴
登録2008年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1528
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1528
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*UP*AP*AP*GP*C)-3')
E: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
F: RNA (32-MER)
A: Preprotein translocase subunit secY
B: Preprotein translocase subunit secE
C: Preprotein translocase subunit secG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0726
ポリマ－80,0726
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 DEF

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*UP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 6421.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 6 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 5543.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 7 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
#3: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 10289.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 50 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)

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Preprotein translocase subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#4: タンパク質 Preprotein translocase subunit secY / Protein transport protein SEC61 subunit alpha homolog


分子量: 46736.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: Q60175*PLUS
#5: タンパク質 Preprotein translocase subunit secE / Protein transport protein Sec61 gamma subunit homolog


分子量: 7440.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: Q57817*PLUS
#6: タンパク質・ペプチド Preprotein translocase subunit secG / Protein transport protein Sec61 subunit beta homolog


分子量: 3639.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60460*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Ribosome-channel complexesRIBOSOME0
2Sec61 channel1
3large subunitサブユニット1
緩衝液名称: 30mM Hepes 50mM KAc, 10mM Mg acetate and 1.5% digitonin.
pH: 7.5
詳細: 30mM Hepes 50mM KAc, 10mM Mg acetate and 1.5% digitonin.
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: continuous thin carbon on 400 mesh copper grids
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Home-made plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2001年7月27日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 51000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 93 K
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: per micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: projection matching with EMAN / 解像度: 8.7 Å / 粒子像の数: 79000 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.73 Å / 倍率補正: vermiculite crystals
詳細: 8.7 angstrom resolution for the 80S ribosome, 11.1 angstrom resolution for the Sec61 region of the channel density
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--Rigid body, then local flexible fitting
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11RHZ

1rhz

11RHZ1PDBexperimental model
21S72

1s72

11S722PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4072 1482 0 0 5554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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