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万見
- PDB-3b5y: Crystal Structure of MsbA from Salmonella typhimurium with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5y
タイトルCrystal Structure of MsbA from Salmonella typhimurium with AMPPNP
要素Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter / MsbA / lipid flippase / ATP-binding / Hydrolase (加水分解酵素) / Inner membrane / Lipid transport / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Ward, A. / Reyes, C.L. / Yu, J. / Roth, C.B. / Chang, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Flexibility in the ABC transporter MsbA: Alternating access with a twist.
著者: Ward, A. / Reyes, C.L. / Yu, J. / Roth, C.B. / Chang, G.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
C: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
D: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,6598
ポリマ－257,6344
非ポリマー2,0254
水0
1
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8294
ポリマ－128,8172
非ポリマー1,0122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
D: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8294
ポリマ－128,8172
非ポリマー1,0122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)262.929, 121.236, 173.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is a dimer. there are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D)

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要素

#1: タンパク質
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 64408.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: msbA / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P63359, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM NaCl, 18-24% PEG 350MME, 10 mM AMPPNP, 2.5mM MgCl2 and 0.05% beta-UDM, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-211.0063, 1.0089
シンクロトロンALS 8.3.121.0063, 1.0089
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00631
21.00891
反射解像度: 4.5→20 Å / Num. all: 25959 / Num. obs: 25959 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.089
反射 シェル解像度: 4.5→4.78 Å / Num. unique all: 3571 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化解像度: 4.5→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 63239.398 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: This entry contains C-alpha atoms only; BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.343 2606 10 %RANDOM
Rwork0.295 ---
obs-25959 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 126.936 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 220.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-60.2 Å20 Å222.54 Å2
2---50.81 Å20 Å2
3----9.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2288 0 124 0 2412
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 390 9.8 %
Rwork0.472 3571 -
all-3961 -
obs--87.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2atp.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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