PDB-2xlb: Acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus without ligands

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xlb

タイトル

Acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus without ligands

要素

ACETYL XYLAN ESTERASE

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

PARAOXON (パラオキソン) / CE-7 FAMILY /

IRREVERSIBLE INHIBITION (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

アセチルエステラーゼ /

acetylesterase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS PUMILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gil-Ortiz, F. / Montoro-Garcia, S. / Polo, L.M. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of the Cephalosporin Deacetylating Enzyme Acetyl Xylan Esterase Bound to Paraoxon Explains the Low Sensitivity of This Serine Hydrolase to Organophosphate Inactivation.
著者: Montoro-Garcia, S. / Gil-Ortiz, F. / Garcia-Carmona, F. / Polo, L.M. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A.

履歴

登録	2010年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xlb.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xlb.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xlcC 1odsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fvt-2 3fvr-2 3fvr-1 1ods-2 3fvt-1 3fyu-1 1odt-1 1ods-1 3fyt-1 1l7a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACETYL XYLAN ESTERASE

B: ACETYL XYLAN ESTERASE

C: ACETYL XYLAN ESTERASE

D: ACETYL XYLAN ESTERASE

E: ACETYL XYLAN ESTERASE

F: ACETYL XYLAN ESTERASE

G: ACETYL XYLAN ESTERASE

H: ACETYL XYLAN ESTERASE

I: ACETYL XYLAN ESTERASE

J: ACETYL XYLAN ESTERASE

K: ACETYL XYLAN ESTERASE

L: ACETYL XYLAN ESTERASE

434 kDa, 12 ポリマー
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1

G: ACETYL XYLAN ESTERASE

H: ACETYL XYLAN ESTERASE

I: ACETYL XYLAN ESTERASE

J: ACETYL XYLAN ESTERASE

K: ACETYL XYLAN ESTERASE

L: ACETYL XYLAN ESTERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 6 ポリマー
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2

A: ACETYL XYLAN ESTERASE

B: ACETYL XYLAN ESTERASE

C: ACETYL XYLAN ESTERASE

D: ACETYL XYLAN ESTERASE

E: ACETYL XYLAN ESTERASE

F: ACETYL XYLAN ESTERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	143.477, 87.301, 184.291
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	1 - 400
2	1	1	3	B	1 - 400
3	1	1	3	C	1 - 400
4	1	1	3	D	1 - 400
5	1	1	3	E	1 - 400
6	1	1	3	F	1 - 400
7	1	1	3	G	1 - 400
8	1	1	3	H	1 - 400
9	1	1	3	I	1 - 400
10	1	1	3	J	1 - 400
11	1	1	3	K	1 - 400
12	1	1	3	L	1 - 400

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.5284, 0.6623, -0.5312), (0.6662, -0.06444, -0.743), (-0.5263, -0.7465, -0.4071)	36.67, 73, 124.4
2	given	(-0.8111, 0.5246, 0.2586), (0.5213, 0.448, 0.7263), (0.2652, 0.723, -0.6369)	-26.93, -53.79, 126.9
3	given	(-0.9319, -0.07558, -0.3547), (-0.0503, -0.9416, 0.3328), (-0.3591, 0.328, 0.8737)	30.3, -5.7, 6.763
4	given	(-0.5219, 0.6687, -0.5296), (0.6668, -0.06743, -0.7422), (-0.532, -0.7405, -0.4107)	36.44, 73.04, 124.7
5	given	(-0.9319, -0.0711, -0.3556), (-0.0541, -0.942, 0.3302), (-0.3585, 0.327, 0.8744)	30.4, -5.505, 6.812
6	given	(-0.8294, 0.4693, 0.3029), (-0.5211, -0.4546, -0.7224), (-0.201, -0.757, 0.6216)	5.947, 53.55, -43.07

#1: タンパク質	ACETYL XYLAN ESTERASE / CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE 分子量: 36155.762 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PUMILUS (バクテリア) / 株: CECT5072 / プラスミド: PET28A6HIS-AXE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3) PLYS 参照: UniProt: Q9K5F2, アセチルキシランエステラーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE CONFLICTS ARE DUE TO SEQUENCES COMING FROM DIFFERENT BACILLUS PUMILUS STRAINS, PS213 ...SEQUENCE CONFLICTS ARE DUE TO SEQUENCES COMING FROM DIFFERENT BACILLUS PUMILUS STRAINS, PS213 (UNIPROT SEQUENCE) AND CECT 5072 (PDB ENTRY 2XLB)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M NA HEPES PH 7.5 AND 30 % PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9789

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日 / 詳細: MIRRORS

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	1.000H, 1.000K, L	1	0.54
1	1	-1.000H, -1.000K, 1.000H+L	2	0.46

反射

解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 304261 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.661 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ODS

1ods

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.257 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15033	15312	5 %	RANDOM
R_work	0.13649	-	-	-
obs	0.13719	288931	92.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.162 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.77 Å²	0 Å²	-2.19 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30050	0	0	1504	31554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	30914
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	20476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.951	42107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.394	3	49732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.452	5	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.85	23.758	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.491	15	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.827	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	34884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.38	1.5	18924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.146	1.5	7680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.741	2	30359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.221	3	11990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.828	4.5	11748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1830	tight positional	0.03	0.05
2	B	1830	tight positional	0.03	0.05
3	C	1830	tight positional	0.02	0.05
4	D	1830	tight positional	0.03	0.05
5	E	1830	tight positional	0.03	0.05
6	F	1830	tight positional	0.03	0.05
7	G	1830	tight positional	0.02	0.05
8	H	1830	tight positional	0.02	0.05
9	I	1830	tight positional	0.02	0.05
10	J	1830	tight positional	0.02	0.05
11	K	1830	tight positional	0.03	0.05
12	L	1830	tight positional	0.03	0.05
1	A	2339	loose positional	0.11	5
2	B	2339	loose positional	0.09	5
3	C	2339	loose positional	0.09	5
4	D	2339	loose positional	0.05	5
5	E	2339	loose positional	0.07	5
6	F	2339	loose positional	0.05	5
7	G	2339	loose positional	0.06	5
8	H	2339	loose positional	0.06	5
9	I	2339	loose positional	0.05	5
10	J	2339	loose positional	0.06	5
11	K	2339	loose positional	0.05	5
12	L	2339	loose positional	0.05	5
1	A	1830	tight thermal	0.09	0.5
2	B	1830	tight thermal	0.09	0.5
3	C	1830	tight thermal	0.1	0.5
4	D	1830	tight thermal	0.09	0.5
5	E	1830	tight thermal	0.08	0.5
6	F	1830	tight thermal	0.08	0.5
7	G	1830	tight thermal	0.07	0.5
8	H	1830	tight thermal	0.08	0.5
9	I	1830	tight thermal	0.09	0.5
8	H	1830	tight thermal	0.08	0.5
11	K	1830	tight thermal	0.09	0.5
12	L	1830	tight thermal	0.08	0.5
1	A	2339	loose thermal	0.09	10
2	B	2339	loose thermal	0.08	10
3	C	2339	loose thermal	0.09	10
4	D	2339	loose thermal	0.08	10
5	E	2339	loose thermal	0.08	10
6	F	2339	loose thermal	0.08	10
7	G	2339	loose thermal	0.07	10
8	H	2339	loose thermal	0.07	10
9	I	2339	loose thermal	0.08	10
10	J	2339	loose thermal	0.07	10
11	K	2339	loose thermal	0.08	10
12	L	2339	loose thermal	0.07	10

LS精密化シェル

解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	1039	-
R_work	0.179	19111	-
obs	-	-	83.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7615	0.3714	0.0972	0.9032	0.3647	1.0694	0.093	-0.1624	0.0111	0.1024	-0.0769	-0.0372	0.0023	-0.0379	-0.0161	0.0848	-0.0067	-0.0117	0.0333	0.026	0.0454	-4.059	-2.014	115.405
2	1.2896	0.8692	0.2841	2.1574	0.7381	0.2534	0.0029	0.0104	-0.0383	-0.0012	-0.0263	0.077	0.0035	-0.0111	0.0235	0.0586	-0.02	-0.0044	0.0654	0.0212	0.0464	-13.286	-7.157	109.633
3	0.784	0.3286	-0.189	1.3361	-0.2043	0.7425	0.0056	-0.0665	-0.0182	0.1128	-0.0059	0.0227	0.0233	-0.0329	0.0004	0.0455	-0.0113	-0.0147	0.0442	0.018	0.0325	-1.163	0.767	114.392
4	1.9045	0.7285	-0.5133	5.4106	-1.2895	1.2791	-0.0172	-0.0628	0.1396	0.0719	0.021	-0.1406	-0.222	0.1861	-0.0038	0.0663	-0.0201	0.0122	0.069	-0.0028	0.0542	10.188	14.835	106.106
5	0.4966	0.3842	0.0764	0.7472	0.56	0.9022	0.0007	-0.0452	-0.1138	0.0465	-0.0282	-0.0872	0.0965	0.0245	0.0275	0.0535	0.0013	-0.0084	0.0499	0.0146	0.0847	4.557	-9.771	105.433
6	2.2118	0.7962	0.7404	1.8438	1.377	4.6367	0.0947	-0.0885	0.2125	0.0579	-0.034	0.0955	-0.3409	-0.0609	-0.0606	0.1093	0.0319	0.0239	0.0332	0.033	0.1594	-28.036	10.272	79.917
7	1.5727	-3.4896	1.465	10.1066	-3.0871	3.5661	0.1113	0.1093	-0.1088	-0.5332	-0.0633	0.0298	0.2423	-0.0838	-0.0479	0.0714	-0.0317	-0.0142	0.1044	-0.0156	0.1081	-31.34	-17.387	67.464
8	1.5281	0.1868	1.4656	0.882	0.1593	8.0739	0.0978	0.0557	-0.2548	0.016	0.0449	-0.0393	0.3994	0.0824	-0.1427	0.0542	-0.0035	0.0053	0.0082	-0.001	0.1258	-17.523	-26.886	87.187
9	2.0801	0.4795	-0.5986	1.2315	-0.5262	1.6726	0.1221	-0.3253	-0.1488	0.2342	-0.1584	-0.0403	0.0222	0.1868	0.0364	0.0705	-0.0242	-0.0128	0.065	0.0056	0.0913	-19.844	-17.614	91.315
10	0.9335	-0.2963	0.3817	1.2917	-0.5878	2.1913	-0.0017	-0.0892	0.0529	0.0519	-0.0128	-0.0745	0.0452	0.0458	0.0145	0.014	-0.0088	-0.0229	0.0228	0.0109	0.0721	-18.893	-17.476	92.512
11	1.0099	0.3531	-0.4568	1.0406	-0.4005	1.0136	0.0052	0.0465	-0.0369	-0.065	0.0093	0.0399	0.0121	-0.0695	-0.0145	0.0151	-0.0024	-0.0256	0.0211	-0.0113	0.0721	-21.463	-9.898	74.95
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	117 - 243
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	244 - 317
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	1 - 20
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	21 - 38
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	39 - 75
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	76 - 97
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	98 - 119
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	120 - 226
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	227 - 243
50	X-RAY DIFFRACTION	50	G	244 - 286
51	X-RAY DIFFRACTION	51	G	287 - 317
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	1 - 20
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	21 - 37
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	38 - 75
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	76 - 97
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	98 - 119
57	X-RAY DIFFRACTION	57	H	120 - 243
58	X-RAY DIFFRACTION	58	H	244 - 286
59	X-RAY DIFFRACTION	59	H	287 - 317
60	X-RAY DIFFRACTION	60	I	1 - 19
61	X-RAY DIFFRACTION	61	I	20 - 38
62	X-RAY DIFFRACTION	62	I	39 - 75
63	X-RAY DIFFRACTION	63	I	76 - 97
64	X-RAY DIFFRACTION	64	I	98 - 119
65	X-RAY DIFFRACTION	65	I	120 - 243
66	X-RAY DIFFRACTION	66	I	244 - 286
67	X-RAY DIFFRACTION	67	I	287 - 317
68	X-RAY DIFFRACTION	68	J	1 - 19
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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