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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x1p | ||||||
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タイトル | Gelsolin Nanobody | ||||||
要素 | GELSOLIN NANOBODY | ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | LAMA GLAMA (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Van Den Abbeele, A. / Declercq, S. / De Ganck, A. / De Corte, V. / Van Loo, B. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Van De Kerckhove, J. / Gettemans, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2010 タイトル: A Llama-Derived Gelsolin Single-Domain Antibody Blocks Gelsolin-G-Actin Interaction. 著者: Van Den Abbeele, A. / De Clercq, S. / De Ganck, A. / De Corte, V. / Van Loo, B. / Soror, S.H. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Vandekerckhove, J. / Gettemans, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x1p.cif.gz | 117.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x1p.ent.gz | 91.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x1p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x1p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 126 / Label seq-ID: 3 - 126
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13679.952 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 30% PEG 1000, 100 MM PHOSPHATE/ CITRATE PH 4.4, 100 MM LISO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9834 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9834 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→19.75 Å / Num. obs: 204183 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HCV 解像度: 1.1→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 0.817 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.51 Å
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拘束条件 |
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