PDB-2q2q: Structure of D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase from Pseudomonas putida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q2q

タイトル

Structure of D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase from Pseudomonas putida

要素

Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) / SDR

機能・相同性

機能・相同性情報

3-ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ /

3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Paithankar, K.S. / Feller, C. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Grunow, M. / Strater, N.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Cosubstrate-induced dynamics of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Pseudomonas putida.
著者: Paithankar, K.S. / Feller, C. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Grunow, M. / Strater, N.

履歴

登録	2007年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q2q.cif.gz	369.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q2q.ent.gz	303.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q2vC 2q2wC 1wmbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4trr-2 4urf-1 4dqx-d 4nbv-1 6zzp-1 6ci8-1 3ay7-1 2ztv-d 4k6f-d 3auu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

E: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

F: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

G: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

H: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

216 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

F: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

E: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

F: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

H: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

H: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

G: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

H: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	261.457, 59.913, 116.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.700, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-306- HOH
2	1	F-317- HOH
3	1	H-315- HOH

#1: タンパク質	Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase 分子量: 26507.275 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 遺伝子: bdhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9AE70, 3-ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.55 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 7.1 詳細: 17-20 % PEG 1500, 0.2mM calcium chloride, 10mM acetoacetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→30 Å / Num. obs: 105219 / % possible obs: 96.7 %
反射シェル	解像度: 2.02→2.09 Å / R_merge(I) obs: 0.593 / % possible all: 74.4

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.572 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.297

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	29.95 Å
Translation	3 Å	29.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WMB

1wmb

解像度: 2.02→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 12.117 / SU ML: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	5241	5 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.202	104909	96.4 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.49 Å²	0 Å²	-1.37 Å²
2-	-	3.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14526	0	264	471	15261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	15100
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.281	1.969	20635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.684	5	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.39	24.442	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.869	15	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.099	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.168	0.2	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	7433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	10067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.264	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.16	1.5	10107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.683	2	15509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.041	3	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.186	4.5	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.07 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	273	-
R_work	0.259	5444	-
obs	-	-	71.15 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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