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万見
- PDB-2hi5: Model for bacteriophage fd from cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hi5
タイトルModel for bacteriophage fd from cryo-EM
要素Coat protein B
キーワードVIRUS (ウイルス) / helix (螺旋) / helical VIRUS / structural protein (タンパク質) / DNA binding protein (DNA結合タンパク質)
機能・相同性Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / helical viral capsid / host cell membrane / 生体膜 / Capsid protein G8P
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage fd (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Wang, Y.A. / Yu, X. / Overman, S. / Tsuboi, M. / Thomas, G.J. / Egelman, E.H.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: The structure of a filamentous bacteriophage.
著者: Ying A Wang / Xiong Yu / Stacy Overman / Masamichi Tsuboi / George J Thomas / Edward H Egelman /
要旨: Many thin helical polymers, including bacterial pili and filamentous bacteriophage, have been seen as refractory to high-resolution studies by electron microscopy. Studies of the quaternary structure ...Many thin helical polymers, including bacterial pili and filamentous bacteriophage, have been seen as refractory to high-resolution studies by electron microscopy. Studies of the quaternary structure of such filaments have depended upon techniques such as modeling or X-ray fiber diffraction, given that direct visualization of the subunit organization has not been possible. We report the first image reconstruction of a filamentous virus, bacteriophage fd, by cryoelectron microscopy. Although these thin ( approximately 70 A in diameter) rather featureless filaments scatter weakly, we have been able to achieve a nominal resolution of approximately 8 A using an iterative helical reconstruction procedure. We show that two different conformations of the virus exist, and that in both states the subunits are packed differently than in conflicting models previously proposed on the basis of X-ray fiber diffraction or solid-state NMR studies. A significant fraction of the population of wild-type fd is either disordered or in multiple conformational states, while in the presence of the Y21M mutation, this heterogeneity is greatly reduced, consistent with previous observations. These results show that new computational approaches to helical reconstruction can greatly extend the ability to visualize heterogeneous protein polymers at a reasonably high resolution.
履歴
登録2006年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_single_particle_entity / em_software
Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32019年12月18日Group: Advisory / Other
カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_validate_symm_contact
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.angle_alpha / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1240
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1240
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2441
ポリマ－5,2441
非ポリマー00
水0
1
A: Coat protein B
x 55


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,42055
ポリマ－288,42055
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation54
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 5 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 55 / Rise per n subunits: 17.4 Å / Rotation per n subunits: -34.616 °)
詳細helical polymer

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Coat protein B / Major coat protein


分子量: 5244.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage fd (ファージ)
属: InovirusFf phages / 生物種: Enterobacteria phage M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69539

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID詳細
1Bacteriophage fdVIRUS0
2Coat protein B1viral capsid
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: Gatan
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: IHRSR / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: phase flipping of entire images
3次元再構成手法: IHRSR / 解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 16367 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.4 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.4 Å / 倍率補正: TMV
詳細: The C-N bond distance is 0.09 A between GLN15 and ALA16, 0.12 A between ALA35 and THR36 and 0.44 A between ALA25 and TRP26
対称性のタイプ: HELICAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数315 0 0 0 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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