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万見
- PDB-2a5x: Crystal Structure of a Cross-linked Actin Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5x
タイトルCrystal Structure of a Cross-linked Actin Dimer
要素Actin, alpha skeletal muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Muscle protein (骨格筋) / Nucleotide-binding / Structural protein (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family ...ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / LATRUNCULIN A / N,N,N-TRIMETHYL-3-SULFOPROPAN-1-AMINIUM / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Kudryashov, D.S. / Sawaya, M.R. / Adisetiyo, H. / Norcross, T. / Hegyi, G. / Reisler, E. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
著者: Kudryashov, D.S. / Sawaya, M.R. / Adisetiyo, H. / Norcross, T. / Hegyi, G. / Reisler, E. / Yeates, T.O.
履歴
登録2005年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE The following transformation matrices produce the lateral and longitudinal protomers in ...BIOMOLECULE The following transformation matrices produce the lateral and longitudinal protomers in the theoretical model of the F-actin filament described in the primary reference. LATERAL -0.9541 -0.2106 -0.2130 48.6183 -0.1870 0.9743 -0.1256 33.0936 0.2340 -0.0800 -0.9689 18.1290 LONGITUDINAL 0.8998 0.0128 0.4361 -8.5982 -0.0332 0.9987 0.0392 53.9677 -0.4350 -0.0497 0.8991 9.2909

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2898
ポリマ－41,8631
非ポリマー1,4277
水93752
1
A: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子

A: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,57816
ポリマ－83,7252
非ポリマー2,85314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)207.377, 54.372, 36.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second of the dimer is generated by a unit cell translation: x,y+1,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / / Alpha-actin 1


分子量: 41862.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135

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非ポリマー , 6種, 59分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-LAR / LATRUNCULIN A / 4-(17-HYDROXY-5,12-DIMETHYL-3-OXO-2,16-DIOXABICYCLO[13.3.1]NONADECA-4,8,10-TRIEN-17-YL)-2-THIAZOLIDINONE / Latrunculin


分子量: 421.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H31NO5S / コメント: 毒素*YM
#5: 化合物 ChemComp-NSB / N,N,N-TRIMETHYL-3-SULFOPROPAN-1-AMINIUM / トリメチルアンモニオプロパンスルホナ-ト


分子量: 182.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16NO3S
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 35% MPD, 100 mM sodium acetate pH 4.7, 20 mM calcium chloride, non-detergent sulfo-betaine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日
放射モノクロメーター: double crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→90 Å / Num. all: 13943 / Num. obs: 13943 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 1390 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1qz5

1qz5


解像度: 2.49→90 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 17.604 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.585 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25011 686 4.9 %RANDOM
Rwork0.19436 ---
all0.19707 13257 --
obs0.19707 13257 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.391 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.85 Å20 Å2-0.48 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---3.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2665 0 89 52 2806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9973833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6025340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35724.052116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.86815466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.21515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21899
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.51751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86322761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.35231216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0364.51072
LS精密化 シェル解像度: 2.493→2.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 59 -
Rwork0.224 848 -
obs--87.04 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.6039 Å / Origin y: 65.3442 Å / Origin z: 25.301 Å
111213212223313233
T-0.0018 Å2-0.0091 Å20.0098 Å2--0.0275 Å20.0115 Å2---0.0582 Å2
L2.3166 °2-0.2684 °20.3609 °2-0.6076 °2-0.0423 °2--0.5409 °2
S0.0323 Å °0.0252 Å °0.0073 Å °-0.0563 Å °-0.0256 Å °-0.0848 Å °-0.0332 Å °0.061 Å °-0.0066 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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