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- PDB-1z03: 2-Oxoquinoline 8-Monooxygenase Component: Active site Modulation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z03
タイトル2-Oxoquinoline 8-Monooxygenase Component: Active site Modulation by Rieske-[2fe-2S] Center Oxidation/Reduction
要素2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Monooxygenase / Rieske Center / Oxygen Binding/Activation / Substrate bound complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / organonitrogen compound catabolic process / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #680 / Homotrimeric ring hydroxylase, catalytic domain / Homotrimeric ring hydroxylase / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. ...N-terminal domain of TfIIb - #680 / Homotrimeric ring hydroxylase, catalytic domain / Homotrimeric ring hydroxylase / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single Sheet / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / QUINOLIN-2(1H)-ONE / 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Martins, B.M. / Svetlitchnaia, T. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: 2-Oxoquinoline 8-Monooxygenase Oxygenase Component: Active Site Modulation by Rieske-[2Fe-2S] Center Oxidation/Reduction
著者: Martins, B.M. / Svetlitchnaia, T. / Dobbek, H.
履歴
登録2005年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type
改定 1.52021年8月4日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / refine ...pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
B: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
C: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
D: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
E: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
F: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,03624
ポリマ－307,7756
非ポリマー2,26118
水65,4483633
1
A: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
B: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
C: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,01812
ポリマ－153,8873
非ポリマー1,1309
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14720 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area45160 Å2
手法PISA
2
D: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
E: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
F: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,01812
ポリマ－153,8873
非ポリマー1,1309
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14750 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area45110 Å2
手法PISA
3
A: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
B: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
C: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
ヘテロ分子

D: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
E: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
F: 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,03624
ポリマ－307,7756
非ポリマー2,26118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area32950 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area86790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.530, 166.940, 173.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, oxygenase component


分子量: 51295.816 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
参照: UniProt: O05935, EC: 1.14.13.61
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物
ChemComp-OCH / QUINOLIN-2(1H)-ONE / 2-OXOQUINOLINE / 2-ヒドロキシキノリン / 2-Quinolone


分子量: 145.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 279468 / Num. obs: 274366

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 13719 -RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 180964 98.2 %-
all-274365 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20724 0 102 3627 24453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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