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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xfo | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an archaeal aminopeptidase | ||||||
要素 | Frv operon protein FrvX | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / aminopeptidase / self-compartmentalizing / metalloprotease (金属プロテアーゼ) / dinuclear | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Russo, S. / Baumann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of a dodecameric tetrahedral shaped aminopeptidase 著者: Russo, S. / Baumann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xfo.cif.gz | 279.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xfo.ent.gz | 225.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xfo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1vheS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 353 / Label seq-ID: 10 - 357
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詳細 | The physiological dodecamer is generated by the three fold axis at: 1/3, 2/3, z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39510.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O59196 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 400, sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 110425 / Num. obs: 110425 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 63.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VHE 解像度: 1.96→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.51 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.662 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→29.92 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2610 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.958→1.998 Å / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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