[日本語] English
万見
- PDB-1uf2: The Atomic Structure of Rice dwarf Virus (RDV) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uf2
タイトルThe Atomic Structure of Rice dwarf Virus (RDV)
要素
  • Core protein P3
  • Outer capsid protein P8
  • Structural protein P7構造
キーワードVIRUS (ウイルス) / VIRUS COMPONENTS (ウイルス) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by virus of host process / viral outer capsid / host cell cytoplasmic vesicle / カプシド / host cell cytoplasm / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Phytoreovirus outer capsid P8 / Phytoreovirus S7 / Inner layer core protein VP3, Phytoreovirus / Phytoreovirus outer capsid protein P8 / Phytoreovirus S7 protein / Rice dwarf virus p3 / Jelly Rolls - #170 / Inner layer core protein VP3, Reovirus / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein ...Phytoreovirus outer capsid P8 / Phytoreovirus S7 / Inner layer core protein VP3, Phytoreovirus / Phytoreovirus outer capsid protein P8 / Phytoreovirus S7 protein / Rice dwarf virus p3 / Jelly Rolls - #170 / Inner layer core protein VP3, Reovirus / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein P8 / Outer capsid protein P3 / Protein P7
類似検索 - 構成要素
生物種Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molecular Replacement Averaging / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Nakagawa, A. / Miyazaki, N. / Taka, J. / Naitow, H. / Ogawa, A. / Fujimoto, Z. / Mizuno, H. / Higashi, T. / Watanabe, Y. / Omura, T. ...Nakagawa, A. / Miyazaki, N. / Taka, J. / Naitow, H. / Ogawa, A. / Fujimoto, Z. / Mizuno, H. / Higashi, T. / Watanabe, Y. / Omura, T. / Cheng, R.H. / Tsukihara, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The atomic structure of rice dwarf virus reveals the self-assembly mechanism of component proteins.
著者: Nakagawa, A. / Miyazaki, N. / Taka, J. / Naitow, H. / Ogawa, A. / Fujimoto, Z. / Mizuno, H. / Higashi, T. / Watanabe, Y. / Omura, T. / Cheng, R.H. / Tsukihara, T.
履歴
登録2003年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Core protein P3
B: Core protein P3
P: Outer capsid protein P8
C: Outer capsid protein P8
D: Outer capsid protein P8
Q: Outer capsid protein P8
E: Outer capsid protein P8
F: Outer capsid protein P8
R: Outer capsid protein P8
G: Outer capsid protein P8
H: Outer capsid protein P8
S: Outer capsid protein P8
I: Outer capsid protein P8
J: Outer capsid protein P8
T: Outer capsid protein P8
K: Structural protein P7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)889,08416
ポリマ－889,08416
非ポリマー00
水0
1
A: Core protein P3
B: Core protein P3
P: Outer capsid protein P8
C: Outer capsid protein P8
D: Outer capsid protein P8
Q: Outer capsid protein P8
E: Outer capsid protein P8
F: Outer capsid protein P8
R: Outer capsid protein P8
G: Outer capsid protein P8
H: Outer capsid protein P8
S: Outer capsid protein P8
I: Outer capsid protein P8
J: Outer capsid protein P8
T: Outer capsid protein P8
K: Structural protein P7
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,345,053960
ポリマ－53,345,053960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Core protein P3
B: Core protein P3
P: Outer capsid protein P8
C: Outer capsid protein P8
D: Outer capsid protein P8
Q: Outer capsid protein P8
E: Outer capsid protein P8
F: Outer capsid protein P8
R: Outer capsid protein P8
G: Outer capsid protein P8
H: Outer capsid protein P8
S: Outer capsid protein P8
I: Outer capsid protein P8
J: Outer capsid protein P8
T: Outer capsid protein P8
K: Structural protein P7
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 4.45 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,445,42180
ポリマ－4,445,42180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Core protein P3
B: Core protein P3
P: Outer capsid protein P8
C: Outer capsid protein P8
D: Outer capsid protein P8
Q: Outer capsid protein P8
E: Outer capsid protein P8
F: Outer capsid protein P8
R: Outer capsid protein P8
G: Outer capsid protein P8
H: Outer capsid protein P8
S: Outer capsid protein P8
I: Outer capsid protein P8
J: Outer capsid protein P8
T: Outer capsid protein P8
K: Structural protein P7
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 5.33 MDa, 96 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,334,50596
ポリマ－5,334,50596
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Core protein P3
B: Core protein P3
P: Outer capsid protein P8
C: Outer capsid protein P8
D: Outer capsid protein P8
Q: Outer capsid protein P8
E: Outer capsid protein P8
F: Outer capsid protein P8
R: Outer capsid protein P8
G: Outer capsid protein P8
H: Outer capsid protein P8
S: Outer capsid protein P8
I: Outer capsid protein P8
J: Outer capsid protein P8
T: Outer capsid protein P8
K: Structural protein P7
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 13.3 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,336,263240
ポリマ－13,336,263240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)770.000, 795.000, 814.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, -0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699)
3generate(-0.30901699, -0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (0.5, 0.30901699, -0.80901699)
4generate(-0.30901699, -0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, -0.30901699, -0.80901699)
5generate(0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699)
6generate(0.30901699, -0.80901699, -0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, -0.80901699)
7generate(-1), (1), (-1)
8generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
9generate(0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
10generate(0.80901699, -0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5)
11generate(0.80901699, 0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, -0.5)
12generate(-1), (1), (-1)
13generate(-0.80901699, -0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)
14generate(-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, -0.5), (0.80901699, -0.5, 0.30901699)
15generate(0.5, 0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, -0.5, -0.30901699)

-
要素

#1: タンパク質 Core protein P3 / Core capsid protein


分子量: 114400.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Virus particle
由来: (天然) Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
属: Phytoreovirus / 株: O strain / 参照: UniProt: P22472
#2: タンパク質
Outer capsid protein P8 / Outer shell capsid protein


分子量: 46528.781 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Virus particle
由来: (天然) Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
属: Phytoreovirus / 株: O strain / 参照: UniProt: P17379
#3: タンパク質 Structural protein P7 / 構造 / putative RNA-binding protein


分子量: 55409.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Virus particle
由来: (天然) Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
属: Phytoreovirus / 株: O strain / 参照: UniProt: P22473

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 86

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: His-Mg buffer, MgCl2, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Mizuno, H., (1991) J. Mol. Biol., 219, 665.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12851
22851
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-6B21
検出器
タイプID検出器日付詳細
WEISSENBERG1DIFFRACTOMETER1998年10月14日Fused quartz mirror
WEISSENBERG2DIFFRACTOMETER1998年10月23日Pt-coated quartz mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) asymmetrical cut monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) rotated-inclined monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→230 Å / Num. all: 3072898 / Num. obs: 3072898 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Rsym value: 0.783 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
Num. obs: 3001937 / Num. measured all: 17806888

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
RAVEモデル構築
CCP4モデル構築
other jiffy programsモデル構築
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RAVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: Molecular Replacement Averaging
開始モデル: Cryo-electronmicrograph

解像度: 3.5→228.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Isotropic thermal model: Individual / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 138283 5 %random
Rwork0.303 ---
all0.303 3072895 --
obs0.303 2772912 90.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 89.8 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.58 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.85 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→228.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数58130 0 0 0 58130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: constraint
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 18986 4.9 %
Rwork0.388 365391 -
obs-365391 75.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る