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- PDB-1u63: THE STRUCTURE OF A RIBOSOMAL PROTEIN L1-mRNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u63
タイトルTHE STRUCTURE OF A RIBOSOMAL PROTEIN L1-mRNA COMPLEX
要素
  • 49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1
  • 50S ribosomal protein L1Pリボソーム
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / RIBOSOME (リボソーム) / RIBOSOMAL PROTEIN / MRNA-PROTEIN COMPLEX / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1, archaea / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein ...Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1, archaea / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nevskaya, N. / Tishchenko, S. / Gabdoulkhakov, A. / Nikonova, E. / Nikonov, O. / Nikulin, A. / Garber, M. / Nikonov, S. / Piendl, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: Ribosomal protein L1 recognizes the same specific structural motif in its target sites on the autoregulatory mRNA and 23S rRNA.
著者: Nevskaya, N. / Tishchenko, S. / Gabdoulkhakov, A. / Nikonova, E. / Nikonov, O. / Nikulin, A. / Platonova, O. / Garber, M. / Nikonov, S. / Piendl, W.
履歴
登録2004年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年11月30日Group: Other

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1
D: 49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1
A: 50S ribosomal protein L1P
C: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9834
ポリマ－81,9834
非ポリマー00
水0
1
B: 49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1
A: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9912
ポリマ－40,9912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1
C: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9912
ポリマ－40,9912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.290, 68.900, 115.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1


分子量: 15867.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHESIS OF THE RNA FRAGMENT FROM THE PLASMID pUC18, SEQUENCE FROM CELL-FREE(IN VITRO) SYSTEM WITHOUT LIVING ORGANISM
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L1P / リボソーム


分子量: 25123.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rpl1p / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P54050

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 10000, MPD, KCL, NACl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 1000011
2MPD11
3KCL11
4NACl塩化ナトリウム11
5H2O11
6PEG 1000012
7MPD12
8KCL12
9NACl塩化ナトリウム12
10H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.97895, 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978951
21.051
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 17645 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.901 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 9.68
反射 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / 冗長度: 1.84 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique all: 2718 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 3657274.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 941 5.6 %RANDOM
Rwork0.276 ---
obs0.276 16760 92.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.7233 Å2 / ksol: 0.185876 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.98 Å0.88 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 2110 0 0 5510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it16.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it25.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it16.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it20.842.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 133 4.8 %
Rwork0.394 2646 -
obs--92.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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