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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u57 | ||||||
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タイトル | NMR structure of the (345-392)Gag sequence from HIV-1 | ||||||
要素 | Gag polyproteinGroup-specific antigen | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Gag polyprotein / particle assembly (粒子) / p2 / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Morellet, N. / Druillennec, S. / Lenoir, C. / Bouaziz, S. / Roques, B.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Helical structure determined by NMR of the HIV-1 (345-392)Gag sequence, surrounding p2: Implications for particle assembly and RNA packaging 著者: Morellet, N. / Druillennec, S. / Lenoir, C. / Bouaziz, S. / Roques, B.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u57.cif.gz | 270.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u57.ent.gz | 234.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/1u57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/1u57 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5256.142 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-48 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: lw12.3 isolate / 参照: UniProt: Q70622 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1mM (211-231)CA-p2-(1-13)NCp7 peptide, 70% H2O, 30% TFE pH 3.5 溶媒系: 70% H2O, 30% TFE |
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試料状態 | pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 478 NOE-derived, distance constraints and 92 dihedral angle restraints | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 19 |