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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tp5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PDZ3 domain of PSD-95 protein complexed with a peptide ligand KKETWV | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ-peptide ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / proximal dendrite / receptor localization to synapse ...RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / proximal dendrite / receptor localization to synapse / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / cerebellar mossy fiber / cellular response to potassium ion / protein localization to synapse / vocalization behavior / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / neuron spine / 樹状突起 / AMPA glutamate receptor clustering / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / juxtaparanode region of axon / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / dendritic spine morphogenesis / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / neuron projection terminus / dendritic spine organization / acetylcholine receptor binding / positive regulation of synapse assembly / RAF/MAP kinase cascade / Synaptic adhesion-like molecules / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of dendrite morphogenesis / beta-2 adrenergic receptor binding / cortical cytoskeleton / regulation of neuronal synaptic plasticity / locomotory exploration behavior / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / kinesin binding / AMPA glutamate receptor complex / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / D1 dopamine receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / PDZ domain binding / cell periphery / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / establishment of protein localization / 細胞接着 / cerebral cortex development / kinase binding / cell-cell junction / シナプス小胞 / 細胞結合 / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / postsynapse / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / protein-containing complex assembly / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / signaling receptor binding / 樹状突起 / シナプス / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / 小胞体 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Saro, D. / Wawrzak, Z. / Martin, P. / Vickrey, J. / Paredes, A. / Kovari, L. / Spaller, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein complexed with KKETWV peptide ligand 著者: Saro, D. / Wawrzak, Z. / Martin, P. / Vickrey, J. / Paredes, A. / Kovari, L. / Spaller, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tp5.cif.gz | 40.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tp5.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tp5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/1tp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/1tp5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1be9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12738.067 Da / 分子数: 1 / 断片: third PDZ domain (residues 302-402) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31016 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 791.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the peptide was chemically synthesized |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 10 mM sodium chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月23日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→30 Å / Num. obs: 18320 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.63 Å / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1BE9 解像度: 1.54→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.611 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.235 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→19.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.541→1.58 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.9351 Å / Origin y: 55.2517 Å / Origin z: 37.575 Å
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精密化 TLSグループ |
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