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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sqq | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Bovine Bc1 with Methoxy Acrylate Stilbene (MOAS) | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cytochrome bc1 (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / Qo inhibitor / membrane protein (膜タンパク質) / electron transport (電子伝達系) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain ...mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystallographic studies of quinol oxidation site inhibitors: a modified classification of inhibitors for the cytochrome bc(1) complex. 著者: Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D. #1: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of the cytochrome bc1 complex from bovine heart mitochondria. 著者: Xia, D. / Yu, C.A. / Kim, H. / Xia, J.Z. / Kachurin, A.M. / Zhang, L. / Yu, L. / Deisenhofer, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sqq.cif.gz | 437.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sqq.ent.gz | 347.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sqq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sqq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49266.254 Da / 分子数: 1 / 断片: core protein 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46575.469 Da / 分子数: 1 / 断片: core protein 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase |
-タンパク質 , 2種, 2分子 CD
#3: タンパク質 | 分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome b / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27323.277 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome c1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125 |
-Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske ... , 2種, 2分子 EI
#5: タンパク質 | 分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 断片: iron sulfur protein / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 7964.259 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272 |
-Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ... , 5種, 5分子 FGHJK
#6: タンパク質 | 分子量: 13371.190 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase |
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#7: タンパク質 | 分子量: 9606.027 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase |
#8: タンパク質 | 分子量: 9189.116 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase |
#10: タンパク質 | 分子量: 7209.311 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase |
#11: タンパク質 | 分子量: 6527.604 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase |
-非ポリマー , 5種, 188分子
#12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-UQ2 / | #14: 化合物 | ChemComp-OST / | #15: 化合物 | ChemComp-FES / | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.41 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: 20mM ammonium acetate, 20% glycerol, 12% PEG4000, 0.5M KCl, 0.1% diheptanoyl-phosphatidylcholine , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.736 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SAGITTALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.736 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 67802 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.08 Å / % possible all: 90.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1QCR 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 18.766 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.643 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.458 Å / Luzzati sigma a free: 0.357 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.079 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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