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- PDB-1rvf: FAB COMPLEXED WITH INTACT HUMAN RHINOVIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rvf
タイトルFAB COMPLEXED WITH INTACT HUMAN RHINOVIRUS
要素
  • (FAB 17-IA) x 2
  • (HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT ...) x 4
キーワードVirus/Immune system / POLYPROTEIN (タンパク質分解) / COAT PROTEIN / CORE PROTEIN (カプシド) / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / THIOL PROTEASE (システインプロテアーゼ) / MYRISTYLATION / COMPLEX (COAT PROTEIN-IMMUNOGLOBULIN) / Icosahedral virus / Virus-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Immunoglobulin V-Type / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Immunoglobulin V-set domain / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin V-set domain / Few Secondary Structures / イレギュラー / Immunoglobulin subtype / 抗体 / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Genome polyprotein / Anti-VIPase light chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
Human rhinovirus sp. (ライノウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Smith, T.J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Neutralizing antibody to human rhinovirus 14 penetrates the receptor-binding canyon.
著者: Smith, T.J. / Chase, E.S. / Schmidt, T.J. / Olson, N.H. / Baker, T.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure Determination of an Fab Fragment that Neutralizes Human Rhinovirus 14 and Analysis of the Fab-Virus Complex
著者: Liu, H. / Smith, T.J. / Lee, W.M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Olson, N.H. / Cheng, R.H. / Baker, T.S.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録1996年9月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
L: FAB 17-IA
H: FAB 17-IA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3736
ポリマ－119,3736
非ポリマー00
水0
1
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
L: FAB 17-IA
H: FAB 17-IA
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,162,390360
ポリマ－7,162,390360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
L: FAB 17-IA
H: FAB 17-IA
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 597 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)596,86630
ポリマ－596,86630
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
L: FAB 17-IA
H: FAB 17-IA
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 716 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)716,23936
ポリマ－716,23936
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN
L: FAB 17-IA
H: FAB 17-IA
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 120-MERIC
  • 2.39 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,387,463120
ポリマ－2,387,463120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)372.000, 372.000, 372.000
Angle α, β, γ (deg.)108.40, 108.40, 108.40
Int Tables number146
Space group name H-MR3
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.31272137, -0.94988818, -0.00589133), (0.94516943, 0.31043215, 0.10090488), (-0.09395152, -0.03706633, 0.99488046)
3generate(-0.79945712, -0.5917078, -0.10355186), (0.5795055, -0.80517733, 0.12614411), (-0.15788514, 0.04086029, 0.98660046)
4generate(-0.7995426, 0.57954803, -0.15801806), (-0.59165668, -0.80509405, 0.04083793), (-0.10344678, 0.12608792, 0.98660267)
5generate(0.31258306, 0.94524355, -0.0940195), (-0.94981077, 0.31056689, -0.03712341), (-0.00586839, 0.10083488, 0.99488404)
6generate(-0.65520948, 0.29039074, -0.69752249), (0.2903304, -0.75547685, -0.58734792), (-0.69731267, -0.58729323, 0.41068634)
7generate(0.13510374, 0.73837696, -0.66078961), (-0.56807888, -0.48853489, -0.6622827), (-0.81174081, 0.46483172, 0.35343116)
8generate(0.80222336, 0.12537555, -0.58369677), (-0.57717618, 0.41250286, -0.70484093), (0.15229064, 0.90226131, 0.40330777)
9generate(0.42421273, -0.70146638, -0.57278367), (0.27561064, 0.70243285, -0.65620858), (0.86252297, 0.12048271, 0.49138839)
10generate(-0.4765303, -0.59948138, -0.64313183), (0.81175921, -0.01941831, -0.58359391), (0.33743925, -0.80011263, 0.4959486)
11generate(-0.43000582, 0.69814951, 0.57251595), (0.69811936, -0.14491811, 0.70120799), (0.57239156, 0.7010859, -0.42507607)
12generate(0.47160883, 0.60396443, 0.64256492), (0.01546513, -0.73411378, 0.67888234), (0.88158059, -0.31031236, -0.35552903)
13generate(0.65796094, -0.2843032, 0.69743985), (-0.75280767, -0.26774634, 0.60124), (0.01579384, -0.92055576, -0.3902146)
14generate(-0.12848178, -0.73909771, 0.66130543), (-0.54497212, 0.60968027, 0.57558005), (-0.82848084, -0.28630866, -0.48119849)
15generate(-0.80088221, -0.13190853, 0.58409822), (0.3517501, 0.68559229, 0.63736367), (-0.48448453, 0.715921, -0.50274406)
16generate(0.0852153, -0.98854025, 0.12500655), (-0.98844977, -0.09960504, -0.11386008), (0.12492111, -0.11379267, -0.98561027)
17generate(-0.91943394, -0.39245322, 0.02411601), (-0.39255568, 0.91221652, -0.11750451), (0.02411174, -0.11745303, -0.99278259)
18generate(-0.66072718, 0.75063544, -0.01019122), (0.75047836, 0.6604208, -0.02254318), (-0.01019933, -0.02256584, -0.99969363)
19generate(0.50381165, 0.86101606, 0.0694963), (0.86101815, -0.50701908, 0.0397906), (0.06940465, 0.03973803, -0.99679258)
20generate(0.96482945, -0.21385363, 0.15305311), (-0.21369854, -0.97674088, -0.01664634), (0.15291367, -0.01664325, -0.98808858)

-
要素

-
HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN


分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus B / 株: SEROTYPE 14血清型 / 参照: UniProt: P03303
#2: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN


分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus B / 株: SEROTYPE 14血清型 / 参照: UniProt: P03303
#3: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN


分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus B / 株: SEROTYPE 14血清型 / 参照: UniProt: P03303
#4: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN


分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus sp. (ライノウイルス)
属: Rhinovirusライノウイルス / 株: SEROTYPE 14血清型 / 参照: UniProt: P03303

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#5: 抗体 FAB 17-IA


分子量: 11884.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: EMBL: X79906, UniProt: Q8K1F2*PLUS
#6: 抗体 FAB 17-IA


分子量: 13006.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S38950

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris-HCl1drop
2250-300 mM1dropNaCl
310 mM1dropCaCl2
40.75 %PEG80001drop
510 mMTris-HCl1reservoir
610 mM1reservoirCaCl2
70.75 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月3日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 259123 / % possible obs: 64.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.166
反射 シェル解像度: 4→4.18 Å / 冗長度: 1.5 % / Rsym value: 0.293 / % possible all: 46.9
反射
*PLUS
最高解像度: 4 Å / 最低解像度: 20 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ENVELOPEモデル構築
X-PLOR3.1精密化
ENVELOPE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SEE REFERENCE 1

解像度: 4→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.212 --
obs0.212 259123 64.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8020 0 0 0 8020
Refine LS restraints NCSNCS model details: ICOSAHEDRAL 20-FOLD
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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