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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rdw | ||||||
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タイトル | Actin Crystal Dynamics: Structural Implications for F-actin Nucleation, Polymerization and Branching Mediated by the Anti-parallel Dimer | ||||||
要素 | Actin, alpha skeletal muscle | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Anti-parallel dimer / Polymerization (重合反応) / Nucleation (核生成) / Filament | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Reutzel, R. / Yoshioka, C. / Govindasamy, L. / Yarmola, E.G. / Agbandje-Mckenna, M. / Bubb, M.R. / Mckenna, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004 タイトル: Actin crystal dynamics: structural implications for F-actin nucleation, polymerization, and branching mediated by the anti-parallel dimer. 著者: Reutzel, R. / Yoshioka, C. / Govindasamy, L. / Yarmola, E.G. / Agbandje-McKenna, M. / Bubb, M.R. / McKenna, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rdw.cif.gz | 90.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rdw.ent.gz | 67.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rdw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rdw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41862.613 Da / 分子数: 1 / 断片: ACtin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle骨格筋 / 遺伝子: ACTA1, ACTA / 参照: UniProt: P68135 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 化合物 | ChemComp-LAR / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: MgCl2, NH4SO4, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Bubb, M.R., (2002) J. Biol. Chem., 277, 20999. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: CuKalpha / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 22951 / % possible obs: 93.9 % / Rsym value: 0.093 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique all: 22951 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 92.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.093 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1LCU 解像度: 2.3→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.346 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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