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- PDB-1qsv: THE VEGF-BINDING DOMAIN OF FLT-1, 20 NMR STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qsv
タイトルTHE VEGF-BINDING DOMAIN OF FLT-1, 20 NMR STRUCTURES
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1血管内皮細胞増殖因子受容体
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN / I-SET / VEGF RECEPTOR (血管内皮細胞増殖因子受容体) / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding ...vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding / monocyte chemotaxis / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phospholipase C activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity / 受容体型チロシンキナーゼ / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / 遊走 / マイクロフィラメント / 血管新生 / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / 細胞分化 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / エンドソーム / positive regulation of cell migration / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set ...Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING; MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Starovasnik, M.A. / Christinger, H.W. / Wiesmann, C. / Champe, M.A. / de Vos, A.M. / Skelton, N.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the VEGF-binding domain of Flt-1: comparison of its free and bound states.
著者: Starovasnik, M.A. / Christinger, H.W. / Wiesmann, C. / Champe, M.A. / de Vos, A.M. / Skelton, N.J.
履歴
登録1999年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5381
ポリマ－11,5381
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1closest to the average,fewest violations

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要素

#1: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / 血管内皮細胞増殖因子受容体 / FLT-1


分子量: 11538.298 Da / 分子数: 1 / 断片: SECOND EXTRACELLULAR IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: MODIFIED QIAGEN PQE30 CONTAINING HIS-TAG AND GENENASE CLEAVAGE SITE
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17948

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPARATED NOESY
1223D 15N-SEPARATED NOESY
132HNHA
142HNHB
1523D 15N SEPARATED TOCSY (32 AND 96 MS)
1623D 15N SEPARATED ROESY (40MS)
NMR実験の詳細Text: AN ADDITIONAL SAMPLE THAT WAS 15% 13C LABELED WAS USED TO OBTAIN STEREOSPECIFIC ASSIGNMENTS OF PROCHIRAL METHYL GROUPS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N,13C; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS
21MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS
試料状態イオン強度: 150mM / pH: 5.7 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMR910901BRUKERcollection
Felix97MOLECULAR SIMULATIONS, INC.解析
Felix97MOLECULAR SIMULATIONS, INC.データ解析
DGII95MOLECULAR SIMULATIONS, INC.構造決定
Discover95MOLECULAR SIMULATIONS, INC.精密化
Discover95MOLECULAR SIMULATIONS, INC.構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING; MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2054 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 122 DIHEDRAL RESTRAINTS, AND 44 DISTANCE RESTRAINTS FROM HYDROGEN BONDS.
代表構造選択基準: closest to the average,fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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