[日本語] English
万見
- PDB-1qjy: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOU... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qjy
タイトルHUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP65099
要素
  • PROTEIN VP1
  • PROTEIN VP2
  • PROTEIN VP3
  • PROTEIN VP4
キーワードVIRUS (ウイルス) / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / RNA-BINDING / TRANSFERASE (転移酵素) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / WIN COMPOUND / PHOSPHOPROTEIN / THIOL PROTEASE (システインプロテアーゼ) / CAPSID PROTEIN (カプシド) / DRUG (薬物) / VIRION (ウイルス) / MEMBRANE (生体膜) / HELICASE (ヘリカーゼ) / PROTEASE (プロテアーゼ) / NUCLEOTIDE-BINDING / HUMAN RHINOVIRUS 16 (ライノウイルス) / RNA REPLICATION (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / ANTIVIRAL COMPOUND / COVALENT PROTEIN-RNA LINKAGE (共有結合) / MYRISTATE (ミリスチン酸) / HYDROLASE (加水分解酵素) / CYTOPLASM (細胞質) / ATP-BINDING / CYTOPLASMIC VESICLE / HOST-VIRUS INTERACTION / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (RNA依存性RNAポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ミリスチン酸 / Chem-W03 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN RHINOVIRUS 16 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hadfield, A.T. / Diana, G.D. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Analysis of Three Structurally Related Antiviral Compounds in Complex with Human Rhinovirus 16
著者: Hadfield, A.T. / Minor, I. / Diana, G.D. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Refined Structure of Human Rhinovirus 16 at 2.15 Angstroms Resolution: Implications for the Viral Life Cycle
著者: Hadfield, A.T. / Lee, W.M. / Zhao, R. / Oliveira, M.A. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: The Structure of Human Rhinovirus 16
著者: Oliveira, M.A. / Zhao, R. / Lee, W.M. / Kremer, M.J. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Diana, G.D. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Mckinlay, M.A. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: A Comparison of the Anti-Rhinoviral Drug Binding Pocket in Hrv14 and Hrv1A
著者: Kim, K.H. / Willingmann, P. / Gong, Z.X. / Kremer, M.J. / Chapman, M.S. / Minor, I. / Oliveira, M.A. / Rossmann, M.G. / Andries, K. / Diana, G.D. / Dutko, F.J. / Mckinlay, M.A. / Pevear, D.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Human Rhinovirus Serotype 1A (Hrv1A)
著者: Kim, S.S. / Smith, T.J. / Chapman, M.S. / Rossmann, M.G. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Felock, P.J. / Diana, G.D. / Mckinlay, M.A.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: The Site of Attachment in Human Rhinovirus 14 for Antiviral Agents that Inhibit Uncoating
著者: Smith, T.J. / Kremer, M.J. / Luo, M. / Vriend, G. / Arnold, E. / Kamer, G. / Rossmann, M.G. / Mckinlay, M.A. / Diana, G.D. / Otto, M.J.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録1999年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
Remark 285 THE VIRION IS ORIENTED WITH ITS TWO FOLD ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO FOLD AXIS IN P 2 21 21. ... THE VIRION IS ORIENTED WITH ITS TWO FOLD ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO FOLD AXIS IN P 2 21 21. SPACE GROUP P 2 21 21 WAS USED SO THAT THE VIRAL TWO-FOLD COINCIDES WITH THE X AXIS. THE COORDINATES ARE IN THE P,Q,R FRAME IN ANGSTROM UNITS AND CORRESPOND TO ICOSAHEDRAL SYMMETRY AXES. THE ORIGIN IS CHOSEN AT THE CENTRE OF THE VIRUS WITH P, Q AND R ALONG MUTUALLY PERPENDICULAR TWO-FOLD AXES OF THE ICOSAHEDRON. THEY SHOULD REMAIN IN THAT FRAME FOR THE EASE OF THE USER IN CREATING THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT VIRAL PARTICLE USING THE 60 ICOSAHEDRAL SYMMETRY OPERATORS. THE GIVEN ORIGX PUTS THE CENTRE OF THE VIRION AT THE ORIGIN, WITH A NON CRYSTALLOGRAPHIC TWO FOLD AXIS ALONG X TO CORRESPOND TO THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO FOLD. THE ORIENTATION CORRESPONDS TO THAT GIVEN IN OTHER RHINOVIRUS STRUCTURES.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: PROTEIN VP1
2: PROTEIN VP2
3: PROTEIN VP3
4: PROTEIN VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8007
ポリマ－95,1804
非ポリマー6203
水5,459303
1
1: PROTEIN VP1
2: PROTEIN VP2
3: PROTEIN VP3
4: PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,748,021420
ポリマ－5,710,811240
非ポリマー37,210180
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: PROTEIN VP1
2: PROTEIN VP2
3: PROTEIN VP3
4: PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 479 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,00235
ポリマ－475,90120
非ポリマー3,10115
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: PROTEIN VP1
2: PROTEIN VP2
3: PROTEIN VP3
4: PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 575 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)574,80242
ポリマ－571,08124
非ポリマー3,72118
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: PROTEIN VP1
2: PROTEIN VP2
3: PROTEIN VP3
4: PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.87 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,874,011210
ポリマ－2,855,405120
非ポリマー18,60590
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)362.600, 347.100, 334.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.499997, -0.361145, -0.787139), (-0.255564, 0.806893, -0.532559), (0.827459, 0.467422, 0.311144)45.32367, 23.16601, -75.00642
3generate(-0.309032, -0.839903, -0.446149), (-0.774664, 0.494442, -0.394257), (0.551729, 0.223763, -0.803444)118.65952, 70.22075, -50.01245
4generate(-0.309037, -0.774647, 0.551732), (-0.839922, 0.494444, 0.223778), (-0.446139, -0.394249, -0.803441)118.65991, 76.13617, 40.44108
5generate(0.49999, -0.255558, 0.827468), (-0.361153, 0.806896, 0.467442), (-0.787127, -0.532542, 0.311148)45.32429, 32.73736, 71.35048
6generate(-0.809027, -0.478748, 0.34097), (-0.478769, 0.200218, -0.854807), (0.340987, -0.854816, -0.391191)163.98236, 43.39881, -30.90939
7generate(-2.2E-5, 0.065254, 0.997868), (-0.997869, -0.065097, 0.004261), (0.065258, -0.995743, 0.065119)90.64871, 90.45356, -5.91543
8generate(0.809007, 0.519087, 0.275747), (-0.478769, 0.309841, 0.821455), (0.340987, -0.796588, 0.499186)17.31285, 43.39882, -30.90939
9generate(0.50001, 0.255569, -0.827448), (0.361153, 0.80688, 0.46744), (0.787127, -0.532577, 0.311144)45.32244, -32.73736, -71.35048
10generate(-0.49999, -0.361127, -0.787138), (0.361153, 0.739129, -0.568548), (0.787127, -0.568564, -0.239139)135.96918, -32.73736, -71.35048
11generate(0.309037, 0.839905, 0.446142), (0.839922, -0.461089, 0.28626), (0.446139, 0.286252, -0.847948)62.63356, -76.13617, -40.44109
12generate(0.309032, 0.774644, -0.551739), (0.774664, -0.541579, -0.32651), (-0.551729, -0.326496, -0.767454)62.63395, -70.22075, 50.01245
13generate(-0.499997, 0.255554, -0.827465), (0.255564, -0.86938, -0.422937), (-0.827459, -0.422918, 0.369377)135.9698, -23.16601, 75.00642
14generate(-1, 1.0E-6, 8.0E-6), (-0.991483, 0.130238), (0.130238, 0.991483)181.29347, 1.0E-5
15generate(-0.49999, 0.361149, 0.787141), (0.361153, -0.739145, 0.568546), (0.787127, 0.568529, 0.239135)135.96919, -32.73735, -71.35048
16generate(-4.0E-6, 0.997867, -0.06528), (-0.065258, -0.065117, -0.995741), (-0.997869, 0.004281, 0.065122)90.64712, 5.91542, 90.45354
17generate(-0.309037, 0.77466, -0.551731), (-0.839922, -0.494407, -0.223773), (-0.446139, 0.394269, 0.803444)118.65991, 76.13618, 40.44109
18generate(-0.809027, 0.478784, -0.340965), (-0.478769, -0.200197, 0.85481), (0.340987, 0.854801, 0.391189)163.98235, 43.39882, -30.90939
19generate(-0.809005, 0.519129, 0.275746), (0.5191, 0.410925, 0.749443), (0.275729, 0.749438, -0.60192)163.98038, -47.05474, -24.99397
20generate(-0.309002, 0.839939, 0.446129), (0.774664, 0.494408, -0.394261), (-0.551729, 0.223787, -0.803441)118.65671, -70.22075, 50.01245
21generate(0.809005, -0.478795, 0.341001), (-0.5191, -0.309819, 0.796582), (-0.275729, -0.821447, -0.499186)17.31309, 47.05475, 24.99396
22generate(0.809027, -0.519113, -0.275712), (0.478769, 0.30982, 0.821452), (-0.340987, -0.796573, 0.499188)17.31112, -43.39881, 30.9094
23generate(0.309037, -0.839919, -0.446144), (0.839922, 0.461052, -0.286265), (0.446139, -0.286272, 0.847945)62.63357, -76.13617, -40.44108
24generate(4.0E-6, -0.997869, 0.065236), (0.065258, -0.06512, -0.995742), (0.997869, 0.004237, 0.065116)90.64635, -5.91542, -90.45354
25generate(0.309001, -0.774683, 0.551719), (-0.774664, -0.541545, -0.326506), (0.551729, -0.32652, -0.767457)62.63676, 70.22076, -50.01245
26generate(-0.499997, -0.255532, 0.827468), (0.255564, 0.869369, 0.422936), (-0.827459, 0.422954, -0.369372)135.96981, -23.16601, 75.00641
27generate(0.500003, 0.361161, 0.787114), (0.255564, 0.806882, -0.53256), (-0.827459, 0.467459, 0.311149)45.32307, -23.16601, 75.00641
28generate(0.809005, 0.47876, -0.341006), (-0.5191, 0.309842, -0.796579), (-0.275729, 0.82146, 0.499188)17.31309, 47.05474, 24.99396
29generate(-2.2E-5, -0.065254, -0.997868), (-0.997869, 0.065141, -0.004256), (0.065258, 0.99574, -0.065119)90.64871, 90.45356, -5.91543
30generate(-0.809029, -0.519071, -0.275712), (-0.5191, 0.410948, 0.749446), (-0.275729, 0.74945, -0.601918)163.98259, 47.05475, 24.99396

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 PROTEIN VP1 / VIRION PROTEIN 1 / P1D / HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN


分子量: 32501.375 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 569-853 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN RHINOVIRUS 16 (ライノウイルス)
株: SEROTYPE 16血清型 / 参照: UniProt: Q82122
#2: タンパク質 PROTEIN VP2 / VIRION PROTEIN 2 / P1B / HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN


分子量: 28990.615 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 70-330 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN RHINOVIRUS 16 (ライノウイルス)
株: SEROTYPE 16血清型 / 参照: UniProt: Q82122
#3: タンパク質 PROTEIN VP3 / VIRION PROTEIN 3 / P1C / HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN


分子量: 26314.168 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 331-568 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN RHINOVIRUS 16 (ライノウイルス)
株: SEROTYPE 16血清型 / 参照: UniProt: Q82122
#4: タンパク質 PROTEIN VP4 / VIRION PROTEIN 4 / P1A / HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN


分子量: 7374.025 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-69 / 由来タイプ: 天然
詳細: RESIDUE 1 OF CHAIN 4 MYRISTOYLATED (RESIDUE 4000 IS MYRISTATE) ANTIVIRAL COMPOUND VP61209 (FORMERLY WIN 61209) LOCATED IN A POCKET IN VIRAL PROTEIN WITH A POSSIBLE ZINC, LOCATED ON FIVE FOLD AXES
由来: (天然) HUMAN RHINOVIRUS 16 (ライノウイルス)
株: SEROTYPE 16血清型 / 参照: UniProt: Q82122

-
非ポリマー , 4種, 306分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-W03 / 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2-METHYL-4-ISOXAZOLYL]-PHENOL / WIN65099 / Win-65099


分子量: 326.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O3
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: ALTHOUGH OVERALL COMPLETENESS IS LOW (58.7%) THE PRESENCE OF 30-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY GIVES A DATA -TO-PARAMETER RATIO OF 22:1
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18-10 mg/mlprotein1drop
20.25 mMHEPES1drop
30.5-1.5 %PEG80001drop
40.5-1.5 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91
検出器タイプ: KODAK FILM / 検出器: FILM / 日付: 1994年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 416368 / % possible obs: 36.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.154 / % possible all: 32.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 32.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータ削減
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AYM

1aym


解像度: 2.8→30 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED DISORDERED SIDE CHAINS (2 159, 2 160) WERE MODELLED WITH PREFERRED ROTAMERS WITH GOOD STEREO CHEMISTRY. IN CHAIN 2, RESIDUES 159 AND 160 SIDE CHAINS WERE NOT ...詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED DISORDERED SIDE CHAINS (2 159, 2 160) WERE MODELLED WITH PREFERRED ROTAMERS WITH GOOD STEREO CHEMISTRY. IN CHAIN 2, RESIDUES 159 AND 160 SIDE CHAINS WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS, AND SIDE CHAIN ATOMS WERE INCLUDED USING A LIKELY ROTAMER. FOR CHAIN 4, RESIDUES 8 TO 22 WERE NOT OBSERVED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3318 1 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 391133 38.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6336 0 40 303 6679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 552 1 %
Rwork0.295 38038 -
obs--44.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WINPAR.AHHRV16TOP.AH
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る