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- PDB-1ohf: The refined structure of Nudaurelia capensis omega virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ohf
タイトルThe refined structure of Nudaurelia capensis omega virus
要素(p70) x 2
キーワードVIRUS (ウイルス) / VIRAL COAT (エンベロープ (ウイルス)) / AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE / QUASIEQUIVALENCE / NWV / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


V-type ATP synthase subunit C fold - #30 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #70 / V-type ATP synthase subunit C fold - #20 / V-type ATP synthase subunit C fold / Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls ...V-type ATP synthase subunit C fold - #30 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #70 / V-type ATP synthase subunit C fold - #20 / V-type ATP synthase subunit C fold / Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Up-down Bundle / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Helgstrand, C. / Munshi, S. / Johnson, J.E. / Liljas, L.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2004
タイトル: The Refined Structure of Nudaurelia Capensis Omega Virus Reveals Control Elements for a T = 4 Capsid Maturation
著者: Helgstrand, C. / Munshi, S. / Johnson, J.E. / Liljas, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: The Structure Determination of Nudaurelia Capensis W Virus
著者: Munshi, S. / Liljas, L. / Johnson, J.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The 2.8 A Resolution Structure of a T=4 Animal Virus and its Implication for Membrane Translocation of RNA
著者: Munshi, S. / Liljas, L. / Cavarelli, J. / Bomu, W. / Mckinney, B. / Reddy, V. / Johnson, J.E.
履歴
登録2003年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年5月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p70
E: p70
B: p70
F: p70
C: p70
G: p70
D: p70
H: p70
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,73712
ポリマ－279,6408
非ポリマー974
水9,296516
1
A: p70
E: p70
B: p70
F: p70
C: p70
G: p70
D: p70
H: p70
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,784,216720
ポリマ－16,778,383480
非ポリマー5,833240
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: p70
E: p70
B: p70
F: p70
C: p70
G: p70
D: p70
H: p70
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.4 MDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,398,68560
ポリマ－1,398,19940
非ポリマー48620
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: p70
E: p70
B: p70
F: p70
C: p70
G: p70
D: p70
H: p70
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.68 MDa, 48 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,678,42272
ポリマ－1,677,83848
非ポリマー58324
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: p70
E: p70
B: p70
F: p70
C: p70
G: p70
D: p70
H: p70
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 16.8 MDa, 480 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,784,216720
ポリマ－16,778,383480
非ポリマー5,833240
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)413.550, 410.220, 419.670
Angle α, β, γ (deg.)59.13, 58.90, 64.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.337966, -0.691844, 0.638068), (0.476235, 0.710472, 0.518102), (-0.811775, 0.128769, 0.569596)
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4generate(-0.733227, 0.07872, -0.675412), (-0.643192, 0.242005, 0.726455), (0.22064, 0.967076, -0.126812)
5generate(0.337966, 0.476235, -0.811775), (-0.691844, 0.710472, 0.128769), (0.638068, 0.518102, 0.569596)
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19generate(0.530045, 0.741825, -0.410788), (0.741825, -0.640334, -0.199166), (-0.410788, -0.199166, -0.889711)
20generate(0.865888, 0.10744, 0.488563), (0.10744, -0.993813, 0.028132), (0.488563, 0.028132, -0.872075)
21generate(-0.299891, -0.387366, 0.871787), (0.953686, -0.09932, 0.283933), (-0.0234, 0.916561, 0.399211)
22generate(-0.993526, 0.044525, 0.104521), (0.044525, -0.693804, 0.718786), (0.104521, 0.718786, 0.68733)
23generate(-0.399421, 0.732457, -0.551334), (-0.898859, -0.431175, 0.078366), (-0.180322, 0.526872, 0.830596)
24generate(0.66139, 0.725733, -0.189407), (-0.57274, 0.325624, -0.752289), (-0.484285, 0.606037, 0.63102)
25generate(0.722903, 0.033644, 0.69013), (0.572196, 0.530722, -0.625241), (-0.387302, 0.846878, 0.364409)
26generate(-0.443429, 0.878599, 0.177295), (-0.592846, -0.139147, -0.793203), (-0.672238, -0.456838, 0.582576)
27generate(0.124632, 0.953834, 0.273253), (0.377274, 0.209157, -0.902174), (-0.917677, 0.215531, -0.333789)
28generate(0.274551, 0.626633, 0.729351), (0.959476, -0.228587, -0.164783), (0.063462, 0.745037, -0.663998)
29generate(-0.200856, 0.349176, 0.915277), (0.349176, -0.847432, 0.399919), (0.915277, 0.399919, 0.048287)
30generate(-0.644592, 0.5049, 0.574088), (-0.610212, -0.792155, 0.011534), (0.46059, -0.34288, 0.818712)
31generate(-0.22342, -0.554882, -0.801368), (-0.607849, 0.722017, -0.330471), (0.761973, 0.413277, -0.498597)
32generate(0.310768, -0.342848, -0.886498), (0.406685, 0.890955, -0.202005), (0.859087, -0.297749, 0.416311)
33generate(0.66139, -0.57274, -0.484285), (0.725733, 0.325624, 0.606037), (-0.189407, -0.752289, 0.63102)
34generate(0.343899, -0.926855, -0.150573), (-0.09162, -0.192709, 0.976969), (-0.934526, -0.322184, -0.151191)
35generate(-0.202943, -0.915818, -0.346541), (-0.915818, 0.052276, 0.398176), (-0.346541, 0.398176, -0.849333)
36generate(0.96674, 0.063648, -0.247715), (0.247009, -0.483551, 0.839741), (-0.066335, -0.872999, -0.483189)
37generate(0.558126, -0.655511, 0.508725), (-0.828484, -0.406308, 0.385393), (-0.045931, -0.636568, -0.769852)
38generate(-0.53652, -0.78635, 0.306267), (-0.78635, 0.334139, -0.51962), (0.306267, -0.51962, -0.797619)
39generate(-0.804434, -0.148054, -0.575297), (0.315183, 0.714517, -0.6246), (0.503534, -0.683773, -0.528117)
40generate(0.124632, 0.377274, -0.917677), (0.953834, 0.209157, 0.215531), (0.273253, -0.902174, -0.333789)
41generate(-0.299891, 0.953686, -0.0234), (-0.387366, -0.09932, 0.916561), (0.871787, 0.283933, 0.399211)
42generate(0.371822, 0.882032, 0.289428), (-0.922257, 0.315458, 0.223446), (0.105784, -0.350009, 0.930754)
43generate(0.310768, 0.406685, 0.859087), (-0.342848, 0.890955, -0.297749), (-0.886498, -0.202005, 0.416311)
44generate(-0.398679, 0.18456, 0.898328), (0.550139, 0.831855, 0.073249), (-0.733759, 0.523408, -0.433176)
45generate(-0.776087, 0.522625, 0.352921), (0.522625, 0.219831, 0.823734), (0.352921, 0.823734, -0.443745)
46generate(-0.22342, -0.607849, 0.761973), (-0.554882, 0.722017, 0.413277), (-0.801368, -0.330471, -0.498597)
47generate(-0.983538, -0.179169, -0.023468), (-0.179169, 0.950082, 0.255427), (-0.023468, 0.255427, -0.966543)
48generate(-0.398679, 0.550139, -0.733759), (0.18456, 0.831855, 0.523408), (0.898328, 0.073249, -0.433176)
49generate(0.722903, 0.572196, -0.387302), (0.033644, 0.530722, 0.846878), (0.69013, -0.625241, 0.364409)
50generate(0.831219, -0.14348, 0.537111), (-0.423356, 0.462838, 0.778814), (-0.36034, -0.874754, 0.323977)
51generate(0.96674, 0.247009, -0.066335), (0.063648, -0.483551, -0.872999), (-0.247715, 0.839741, -0.483189)
52generate(0.498209, -0.501883, 0.707037), (0.499906, -0.499999, -0.707174), (0.708436, 0.705773, 0.00179)
53generate(-0.644592, -0.610212, 0.46059), (0.5049, -0.792155, -0.34288), (0.574088, 0.011534, 0.818712)
54generate(-0.88235, 0.071729, -0.465095), (0.071729, -0.956268, -0.28356), (-0.465095, -0.28356, 0.838618)
55generate(0.113508, 0.60152, -0.790752), (-0.20098, -0.765541, -0.611191), (-0.972997, 0.2283, 0.033999)
56generate(-0.443429, -0.592846, -0.672238), (0.878599, -0.139147, -0.456838), (0.177295, -0.793203, 0.582576)
57generate(0.113508, -0.20098, -0.972997), (0.60152, -0.765541, 0.2283), (-0.790752, -0.611191, 0.033999)
58generate(0.732503, -0.346612, -0.585918), (-0.346612, -0.930655, 0.117221), (-0.585918, 0.117221, -0.801848)
59generate(0.558126, -0.828484, -0.045931), (-0.655511, -0.406308, -0.636568), (0.508725, 0.385393, -0.769852)
60generate(-0.16864, -0.980665, -0.09928), (0.101711, 0.082871, -0.991356), (0.980416, -0.177281, 0.085769)

-
要素

#1: タンパク質
p70


分子量: 62094.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q4TVS9, UniProt: Q4TVT6*PLUS
#2: タンパク質
p70


分子量: 7815.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q4TVS9
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ALL CHAINS ARE AUTOCATALYTICALLY CLEAVED BETWEEN RESIDUES 570 AND 571
配列の詳細THE SWISSPROT ENTRY HAS TWO SEQUENCE ERRORS THAT WERE DISCOVERED AFTER ITS SUBMISSION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 200

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試料調製

結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Cavarelli, J., (1998) Acta Crystallogr., B47, 23.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.075 MMOPS1reservoirpH7.0
22 %PEG80001reservoir
30.25 M1reservoirCaCl2
40.001 M1reservoirNaN3
58-10 mg/mlvirus1drop
60.07 Msodium acetate1droppH5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.565
検出器検出器: FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 2465275 / % possible obs: 50.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121
反射
*PLUS
% possible obs: 51 % / Rmerge(I) obs: 0.121

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータ削減
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータスケーリング
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGE位相決定
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 1436942.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 24978 1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 2465275 50.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.2338 Å2 / ksol: 0.307644 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17331 0 4 516 17851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 451 1 %
Rwork0.34 45950 -
obs--19.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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