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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ny7 | ||||||
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タイトル | COWPEA MOSAIC VIRUS (CPMV) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / COMOVIRUS / VIRAL COAT PROTEIN (カプシド) / COWPEA MOSAIC VIRUS (CPMV) / Icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, T. / Chen, Z. / Usha, R. / Stauffacher, C.V. / Dai, J.-B. / Schmidt, T. / Johnson, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 1999 タイトル: The Refined Crystal Structure of Cowpea Mosaic Virus at 2.8A Resolution 著者: Lin, T. / Chen, Z. / Usha, R. / Stauffacher, C.V. / Dai, J.-B. / Schmidt, T. / Johnson, J.E. #1: ジャーナル: Crystallography in Molecular Biology / 年: 1987 タイトル: The structure of cowpea mosaic virus at 3.5 A resolution 著者: Stauffacher, C.V. / Usha, R. / Harrington, M. / Schmidt, T. / Hosur, M. / Johnson, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ny7.cif.gz | 116.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ny7.ent.gz | 95.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ny7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1ny7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1ny7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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| x 6||||||||||||||||||
5 |
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| x 5||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20961.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) 属: Comovirus / 参照: UniProt: P03599 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 40858.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) 属: Comovirus / 参照: UniProt: P03599 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 8000, potasium phosphate, ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.5 Å |
検出器 | タイプ: KODAK / 検出器: FILM / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. all: 105051 / Num. obs: 89846 / % possible obs: 85.53 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / % possible all: 71.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 102333 / Num. measured all: 285379 / Rmerge(I) obs: 0.109 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換, 分子置換 / 解像度: 3→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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