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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mam | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE TO 2.45 A RESOLUTION OF A MONOCLONAL FAB SPECIFIC FOR THE BRUCELLA A CELL WALL POLYSACCHARIDE ANTIGEN | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Rose, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure to 2.45 A resolution of a monoclonal Fab specific for the Brucella A cell wall polysaccharide antigen. 著者: Rose, D.R. / Przybylska, M. / To, R.J. / Kayden, C.S. / Oomen, R.P. / Vorberg, E. / Young, N.M. / Bundle, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mam.cif.gz | 90.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mam.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/1mam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/1mam | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THR L 43 - VAL L 44 OMEGA ANGLE = 34.342 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO L 95 / 3: CIS PROLINE - PRO L 141 4: SER H 79 - ILE H 80 OMEGA ANGLE = 139.405 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: CIS PROLINE - PRO H 105 6: GLY H 135 - ASP H 136 OMEGA ANGLE = 245.392 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 7: SER H 141 - VAL H 142 OMEGA ANGLE = 140.185 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 8: CIS PROLINE - PRO H 153 9: SER H 155 - VAL H 156 OMEGA ANGLE = 122.634 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 10: SER H 166 - SER H 167 OMEGA ANGLE = 263.733 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 11: CIS PROLINE - PRO H 195 |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23772.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23156.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01867 |
配列の詳細 | THE RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL WITHIN EACH CHAIN. THE SEQUENTIAL NUMBERING OF THE LIGHT CHAIN ...THE RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.42 Å / Num. all: 17763 / Num. obs: 15355 / Num. measured all: 37288 / Rmerge(I) obs: 0.0517 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.215 / 最高解像度: 2.45 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.45 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / Num. reflection obs: 3296 / Rfactor obs: 0.215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 2.6 Å / Num. reflection obs: 1750 / Rfactor obs: 0.27 |